梦中，秋叶在一个古典咖啡厅总和一个不认识的女性相遇，她称秋叶为“穿越宇宙的少女”。醒来后秋叶发现睡在自己房间的床上，原来之前在宇宙空间漂浮时被佛利欧所救。媒体宣称不明构造物（=雷欧帕尔德）已被地球的导弹消灭。伊月被ICP公安禁止调查此事，但伊月得知ICP隐瞒着某件事。第二天，来到学校的秋叶被学生会叫去，被会长质问擅用学校的脱出舱的事情，这时一名神秘女孩出现，展现超能力制造混乱，让秋叶得以逃脱。班会课上，一名转校生来到班上，竟然是刚才的那名神秘女孩——河合穗乃香。放学后，秋叶跟踪穗乃香但被穗乃香弄晕，并带去见雷欧帕尔德。被要求去拿作为雷欧帕尔德加农炮的磁力腔“黄金宝玉”，秋叶穿上Q-TECTOR、再次乘上QT-arms，和穗乃香一起侵入某工业设备殖民星。越过保安机器的攻击进入仓库的秋叶，伊月出现在她身后。伊月要秋叶带她去见雷欧帕尔德。这时，一个神秘的巨大蛇形机体出现在二人面前……