一年战争结束七个月后的地球。吉翁公国的残党组织，共和国作为公国的继承者让战争无法结束。战争末期雷霆宙域摩尔同胞团的舰队全灭令人惊异的MS，精神力渣古的驾驶员达里尔，失去了精神力渣古来到了地球，执行侦察联邦内部军阀南洋同盟的任务。另一方面，与达里尔有生死斗过的伊欧，被提拔为试做型MS，阿特拉斯敢达的驾驶员来到了地球。他们新的战场上，殖民星残骸落在被南洋包围着的澳大利亚大陆上的伤痕依然保留着。