亚修和亚方终于平安地从造成许多人牺牲的新人训练中生还。首次以Arks的身份开始执行任务的两人和在进行新人训练时拯救的神秘少女玛特伊一起再次造访了那贝利乌斯。三人跟随着指挥官可哈娜开始歼灭在那贝利乌斯上活动愈发频繁的达卡。然而，他们却在途中遭遇到了新的威胁……