公元2027年，Terra展开了对Tokyo Jupiter的渗透行动。与此同时，住在Tokyo Jupiter中的神名绫人如往常一样开始了一天的生活，在去往学校的途中，地铁突发事故，乘客大都受伤昏迷。绫人跑出去求救，意外地遇到了“同学”美屿玲香。而这次相遇也将改变绫人的生活以及世界的命运。