剑心等人回到神谷道场後过着祥和的日子。一天京都的小操来信说京都发生很可怕的事情，有人陈屍在河面，屍体上刻着西洋文字和图样。经葵屋御庭番众调查结果显示，这些人的死跟天主教徒有关，并且那个杀手也练得一身高超的飞天御剑流，并且也习会天翔龙闪。