来自帕底亚地区的少女莉可，入读了关都地区的全寄宿学校——石英学园。莉可拿到第一只宝可梦新叶喵之后非常高兴，然而新叶喵却完全不听她的话……莉可为了能够加深与新叶喵的牵绊而努力奋斗着。另一边，为了莉可所佩戴的“不可思议的坠饰”而寻找她的一群可疑人物也出现了？！