勇猛浅葱号在荒岛上紧急着陆后，飞船上的宝可梦呆火鳄失踪了。为了寻找呆火鳄，莉可和新叶喵登上了岛屿。另一方面，生活在离岛上的少年罗伊目击到一只神秘的宝可梦。