承接2003年的TV动画版的故事，艾尔利克兄弟各自在两个不同世界生活，想尽办法期望能再次相见。弟弟阿尔冯斯·艾尔利克虽然凭着哥哥爱德华·艾尔利克的炼成而取回肉身，但失去了四年的记忆。他决定跟师傅泉重新修行炼金术，换上哥哥以前的装束的红衣踏上了寻找哥哥的路途。