学园都市新学期开始时，在某起事件受伤的学园都市第一名，“Level5”一方通行仍在医院疗养。最后之作对于一方的康复感到非常开心，策划举办了纪念派对，还动员了“妹妹们”准备。在某个和平的午后，全副武装的“警备员”造访医院。据闻针对一方通行开发的秘密兵器被窃，犯人的目标就是一方通行本人…。