第一次的棒球比赛结束后，为了纪念比赛小毬主办的烤饼聚会召开了。“little Busters”成员都聚齐参加这首次的派对，是笑容满满的大热闹！但是，有同班同学的女生们用苦涩的表情看着快乐的他们。对他们之中的一个成员怀恨在心的她们为了撕裂“Little Busters”的友情而在背地里进行骚扰。愤怒的理树他们，来谷有什么线索呢，冰冷的眼瞳静静地闪着光芒。

来谷照顾因嗜眠症发作而倒下的理树。和伙伴们各自的回忆，快乐的时间渴望能一直持续下去的两个人，总觉得气氛很好……。之后，回到自己房间的理树的样子有点奇怪察觉了的恭介说是“恋爱吗？”，大家一笑。想也不看的言词踌躇了理树，恭介他们的“little love love hunters”作战为来谷和理树的恋情加油。恭介考虑的作战到底是!?

恭介设计的快乐的一夜结束了。来谷那样快乐的夜晚大概已经不会再来了，理树寂寞的微笑。那个夜晚，床中理树漠然的不安。有什么可笑的。时钟的日期，使理树觉得不协调感。睡觉时忘记遭到什么袭击的感觉的理树。已经是6月了，外面下着雪。理树的记忆里、雪白的什么积起来的感觉。

在梦中理树好像有什么东西忘了一样，不可思议的迎来了清晨。在路上呆呆地走着，突然有一个女生向理树告白。之后，知道理树被告白事情的恭介告诉理树，铃也曾经被3年级的男生告白，听到了这事后，理树受到了打击。然后铃交谈也总觉得在意起理树。理树向铃问了被告白的事后，铃提了一个出乎意料的提案。

县议会的议员要来到学校视察，所以要从理树他们班里选出从2名向导出来。猫咪列侬运来的信中写了“成为课外活动的候选人吧”，于是铃和理树战战兢兢地参加向导候选人竞选。认生的铃打算努力成为议员的向导，但是掩饰不住她紧张的样子。但是那样的铃笨拙的态度为何受议员的喜爱。当议员回去后，铃被叫到职员室，被提出意想不到的任务要求。

铃到兄弟学校去了。理树对这全部都和恭介描绘的情节是一样的抱持怀疑，第一次对恭介抱有不信任感。“Little Busters”混乱了。理树对谦吾商量，他也有和自己一样感激的心情。一个人独自旅行的铃在那样环境中悲痛的邮件纷纷送到了，使理树非常苦恼。终于忍不住下决心去迎接铃，但恭介制止了。

铃不知从何时起改变了变得怕生了，只面向理树和孩子们的笑容消失了。恭介也改变了，在独自黑暗的房间里苦闷，上课也没有出现。曾经总是被恭介的手所吸引，那个时候恭介年幼的时候欢笑的“Little Busters”已经回不来了吧？。理树考虑“如果能恢复那天，我能做的事是什么呢？”

为了再次“Little Busters”，理树首先打算邀请真人入队。但是真人邀请拒绝，“从现在开始证明最强”这谜一般的话把理树推开。于是向真人靠近的人都会被他欧一顿……。铃回想年幼的时候“仿佛以前的真人又回来了”。之后理树和铃合作设陷阱，想要设法阻止真人……。

真人之后的下一个要说服的同伴是谦吾。但是谦吾好像知道些什么的样子，就这样前进的话，等待着的是黑暗，说是为了阻止理树聚集同伴，但如何使“Little Busters”维系，这两者成立的办法呢？……理树很苦恼。即便如此，理树成为首领不输给恭介的意志毫不动摇，于是理树和铃决心要用棒球打倒谦吾。

终于有了四个同伴，理树坚定不移的信心，要去迎接把自己关在房间里的恭介。年幼的时候，理树被恭介伸出手救了。这次是理树做恭介以前同样的事吧。另一方面，恭介在深深的黑暗中回想起以前的事情了，5月13日学园回来时候的事。棒球队成立时候的事，理树拯救了那些女孩子时候的事。恭介在那个时候有什么样的想法和行动呢？

恭介成为了伙伴“Little Busters”终于恢复原样了，理树对此充满了喜悦。伙伴们现在打棒球跃跃欲试。但是周围为何奇妙的安静，鼓噪的理树，恭介难过地凝视着。棒球接连回顾了恭介和伙伴们的回忆，终于恭介对理树描述了“这个世界的秘密”——结束的时刻，马上就要来了。

知道了“世界的秘密”的理树抓着铃的手一味地跑。不能再后退了，伙伴们的话使理树的心都快要碎了。……注意到的话，出现两个人的面前是一幅绝望的光景。理树拖着疼痛的身体站了起来。想办法，但即使怎样想也无能为力。一切都已经晚了吧……？极限状态中，铃的脑海里浮现的是伙伴们的回忆，然后在晚霞中和小毬交换的约定。

深深的，深深地——无论到哪里。理树意识到黑暗降临了。非常壮烈的事态正在发生，理树被什么都做不了的无力感折磨着。“为什么会变成这样了呢？”理树自问自答，“是自己的软弱”。为了表现向现实抗争的决心。“这个世界的秘密”的本意为了回应愿望，未来的笑容，为了改变──。