公元2199年12月。还在开发中的第十三阶层都市迦具土里出现一名男子-“拉格纳・布莱德艾奇”传说作为史上最高悬赏金额的SS级罪犯并被称呼为“死神”的拉格纳，在他右手里寄宿着最强最凶恶的“苍之魔导书”向着统治机构最深处的“窑”前进的拉格纳、他的目的是要阻止从窑里诞生的少女。面对用着爱慕的眼光直著视自己的少女，拉格纳说道・・・“我来不是要杀你，而是要来破坏你”。

在拉格纳面前出现的男人・白面。对於因恐惧而右手颤抖不能的拉格纳，毫不留情攻击而来・・・另一边，与情报部(谍报部)的哈札马一起行动的统制机构第四师团-诺爱儿・梵蜜莉欧少尉感受到迦具土支部内的异常情况。“总觉得哪里不对・・・”如是说着便朝向迦具土深处前进的诺爱儿・・・

继承了“苍”的诺爱儿。另外，被诺爱儿的”眼”认知了其存在的哈札马取回了应有的力量变回了结城・照美。雷其儿‧艾卡德制止了受照美的挑衅而因憎恨不顾一切杀向照美的拉格纳、并如此说道“如今事象有了变化,面对他你连万分之一的胜算都没有”静止的时间开始流逝、世间万物开始转动。瞄准著拉格纳与诺爱儿的各方人马、都怀着各种心情开始向迦具土前进・・・

在和卡路路的战斗中受伤、暂时在卡卡村疗伤的拉格纳。被叫唤到名为”高天原”的异空间、在那与被人创造出来的存在们会面的雷其儿。对著把世界把玩在手中的这些人、雷其儿阐述着拉格纳的价值。另一方面、诺爱儿与旧识七夜诚的再会。在欣喜之馀从七夜诚口中传来到昔日的好友”弥生‧椿”的…“诺爱儿…你知道椿她现在所属什么部门吗?”ーー

想用术式来统治世界的”世界统制机构” 。想用科学来改变世界的”第七机关” 。为了苍之继承者的诺爱儿与持有苍之魔导书的拉格纳、这两大组织开始有了行动。在这之中、第七机关的研究者”九重”-她为了确保诺爱儿、秘密计划着什么而把协助者”帝卡”送往了迦具土。另一方面、当事人的拉格纳与诺爱儿两人在桃儿卡卡的提议下前往了某处…。“这里就是卡卡族的秘汤‘卡卡温泉’喔喵！ ”— —

被九重所创造、被帝卡召唤到拉格纳面前的λ-NO.11(拉姆达)一边与其战斗一边惊讶於与nu有著同一脸孔λ-NO.11(拉姆达)的拉格纳一个人在迦具土寻找椿与琴恩而迷惘的诺爱儿另一方面、琴恩与正义的追罪人”狮神‧邦哥”相遇为了帮主公复仇而向琴恩挑战的邦哥、对于一击就不胜倒地的琴恩…“这家伙…受伤了吗…?”而后将琴恩带回自己的住处”浪人街”的邦哥ーー

终于再度见面的诺爱儿与桩。相对於再度见到好友,难掩喜悦的诺爱儿在桩的心里,却有着不同於诺爱儿的情感就像被风吹向不同方向的花瓣一样,渐行渐远的两人…以及另一边,怀着不安的情绪赶向诺爱儿与桩的另一位好友-诚诺爱儿、桩与诚…被命运玩弄着的少女们将会…“桩,拜托你了!请你再给我一点时间… … ！”

因为九重的一个不注意,而被传送到迦具土的素体-拉姆达。没有制作者九重指挥的拉姆达，就像个对世界充满着疑惑的小女孩，流动的云、徐徐的微风、左右摇摆的花草…这一切的一切都跟研究所是这么的不同，但是对於人造素体的拉姆达而言这平凡的一切又似乎没有任何意义…..这个时候在拉姆达面前出现了一个人-拉格纳·布莱德艾奇“我可不会请你吃饭喔!!”

决定和诚一起行动的诺爱儿。诚告诉了诺爱儿有关哈札马这个人的危险性以及自己目前正与第七机关的九重博士有所联系的事。诚认为，只要将诺爱儿带去见九重，就能让她了解所有的一切。但诺爱儿因为担心正在逐渐失去视力的桩，无法果断的做出决定...好不容易找到了琴恩行踪的桩，却在见面後才惊觉两人已走向完全相反的道路...另一方面，拉格纳正准备进入统制机构－伽具土分部的核心并把兽兵卫的嘱付铭记於心－－“听好了拉格纳，可别死啊”

由於秩序之力的觉醒，进而领悟到自身意义的琴恩和贯彻与身俱来的正义，单纯为了想保护的人而前进的拉格纳，现在、因缘际会的俩人的战斗······正要开始。另一方面，出现在诺爱儿与诚面前的哈札马露出他真实的面貌—结城照美面对照美的攻击毫无招架之力的诚与只能看著好友受尽折磨的诺爱儿···终于，在诺爱儿体内的限制被解除了！“来吧!诺爱儿,释放你的这份憎恶和疯狂，然后和本大爷我一起坠入黑暗吧!”

被称为最强的魔导书《苍之魔导书》的制作者竟然是照美……！为了救出解除了体内的限制、被仇恨吞噬的诺爱儿…拉格纳与同样持有苍之魔导书的照美展开了廝杀。在俩人廝杀的同时,因为受到强烈的”苍”的波动而加速精炼的茧,从中诞生出来的诺爱儿已成为眼里不再有拉格纳的名为草薙的“弑神之剑”。世界会就这样子朝向照美所计划好的未来吗！？

从茧里孵化完成的诺爱儿已不存在着诺爱儿的意志而觉醒成“弑神之剑-草薙”。“一但让变成弑神之剑的诺爱儿进入到”窑”里，那这个世界就将终结”对于雷其儿的这番话，拉格纳仍不放弃希望，与琴恩联手试图破坏诺爱儿身上充满憎恶的盔甲，不断的呼唤她的名、她的记忆…“你差不多...该给我清醒清醒了！诺爱儿！！”