绿化都市，风祭。在以与文明和绿色共存这一理想之下兴建的都市中，和神户小鸟、吉野晴彦等友人一同度过平凡日常的天王寺瑚太朗，开始每夜为灵异现象所困扰……

瑚太朗见到了学园的魔女·千里朱音，并加入了超自然研究会。为了证明超常现象确实存在，瑚太朗和伙伴们一起开始了超自然研究会的活动。

超自然研究会终于正式启动了。作为初次的调查，他们开始寻找野槌蛇……

瑚太朗为了了解有关未确认生物的事情而去寻找老绅士。在经过一番打听而找到的店里，有着那位老绅士和静流的身影……

某天，超自然研究会收到了有关“旭春花”的投稿，于是瑚太朗立即展开调查。

千早和露西娅的矛盾得以解决，超自然研究会的活动再开。在进行着对各种各样超自然现象的探究过程当中，他们开始对“彩虹乐园”展开调查。

自从井上的消息断绝以来已过了5天，朱音突然宣布超自研的活动停止。

自森林事件以来，与朱音、千早、露西娅、静流、小鸟都无法取得联络的瑚太朗面前，出现了一位少女的身影。

为了帮助失忆的篝寻找自我，瑚太朗开始带着篝走到街上……

与小鸟重逢，并得知了小鸟与篝的秘密的瑚太朗。此时，破坏了结界、侵入秘密基地的某人出现了。

在朱音的命令下，千早前往咲夜的所在之处。她在寻找小鸟的秘密基地而彷徨在森林中时，发现了倒在地上的某个人物。

篝的样子变得越来越奇怪了。而御堂也带着地龙破坏了结界，出现在与露西娅、千早会合的瑚太朗的面前。

毁灭之歌响起，世界在被解放的魔物们与自然的威胁下崩坏。此时，篝醒了过来，正当瑚太朗等人为此高兴时，江坂在他们面前出现了……