十五岁的少年浅永瞬，在既是科学家又是实业家的父亲的公司里发现了不可思议的水晶，瞬在触碰那个水晶的瞬间，突然被卷入地球里侧的世界。另一方面，ENDORA的城里迎来了王子艾米利欧十六岁的生日，艾米利欧对现在的国王德尔塞因有着强烈的憎恨，于是一到继承王位的年龄，他就去复仇，然而由于力量的差距悬殊，艾米利欧被德尔塞因逮捕入狱。突然牢狱的墙壁发生扭曲，瞬出现了。

从地上世界闯进地球的里侧ENDORA的瞬，在那里与王子艾米利欧相遇后，又与王子的青梅竹马艾莉西亚一起行动。然而对ENDORA一无所知的瞬，与什么都不说的艾米利欧总是吵架。他们一行人在森林中与艾米利欧的老相识，被称为帕斯卡尔的老伯相遇。迎接他们到家里的帕斯卡尔，对瞬是地上人的事感到惊讶。

逃亡的瞬、艾米利欧和艾莉西亚三人来到帕斯卡尔的藏身之处，一个深山里的洞穴。没想到看似简陋的洞穴里却应有尽有，这让大家很开心。帕斯卡尔与艾米利欧二人独处，艾米利欧把在监狱里遇到瞬的情景如实相告，但对自己为何被关押的原因只字不提。夕阳下，艾米利欧回忆起与帕斯卡尔的往事，更加坚定了他要杀死德尔塞因的决心。

艾米利欧本来想拉拢伊格纳茨的人帮助自己杀掉德尔赛因，但他的请求非但被人家拒绝，还被对方的头目迪米特里欧吊打。瞬本来想耍帅救王子，没想到自己反而被吊在了树上。就在艾米利欧准备放弃时，瞬开启嘴炮模式，成功引起了对方的注意，于是他们俩就顺理成章成了跑腿的新成员。

迪米特里欧决心拉拢凶残的祖族作为同伴，这让艾米利欧感到颇为不解。现在的队伍尽管表面上一片祥和，但私底下却是暗流涌动。如今的祖族之所以变得如此残暴，是因为ENDORA的长期迫害，究竟ENDORA和祖族还能够再次和平携手吗？到了这么关键的时刻，瞬和艾米利欧却还是吵个不停。

艾米利欧企图刺杀德尔赛因王的事情被大家知道了，帕斯卡尔劝说艾米利欧不要盲目仇恨，应该先确认当年的真相。艾米利欧固执的认为德尔赛因是为夺权而杀害了自己的父亲，因此他陷入了沉默。看着痛苦的艾米利欧，艾莉西亚回忆起两人小时候在皇城的情形。瞬四处寻找迪米特里欧一行人，终于在一家酒馆会合了。

瞬一行人前往祖族居住的小岛，大家来到港口城市阿米提乌斯，准备渡船过运河，大家决定先整顿一晚，明天再出发。艾莉西亚、艾米利欧和瞬外出采购，没想到瞬和艾米利欧都没带钱，艾莉西亚只好先借给他们。就在瞬兴致勃勃地东看西看时，艾米利欧的短剑被一个少年偷走了……

在阿米提乌斯港口，瞬一行人开着废弃的船前往祖族居住的小岛，途中暴风雨突袭，瞬和艾米利欧险些掉入大海。天终于晴朗，大家到达了目的地，旧船变得四分五裂，再也没办法用了。就在大家发愁时，祖族首领现身，将瞬一行人五花大绑，而想要借助祖族的力量，祖族首领提出的代价竟是生命。

迪米特里欧和祖族首领古拉迪多成了拜把兄弟，获得了祖族的支持后，为了实现不流血的革命，迪米特里欧一行人乘船前往德尔赛因的巴比伦。在北大陆，这里完全是冰天雪地，一行人被困在暴风雪中。大家在冰窟中遭遇龙的袭击，危急时刻法拉利昂现真身，没想到他竟然是一条神龙。

瞬一行人距离巴比伦还有一段距离，正当大家愁眉不展时，艾尔裘亚突然昏倒，做了一个非常不详的预知梦。守护ENDORA的力量即将流失，世界面临毁灭，有超乎常理的事要发生了。而另一边，德尔赛因计划重启巴别，几天后就会打开通往地上世界的大门。

瞬和艾米里欧一行人终于抵达了古代都市巴比伦，这里一共有四个入口，但是通往巴比伦的入口只有一个。根据地图的指示，火之神祝融所守护的南门应该是通往巴比伦的入口，于是众人向南门所在的塔前进。旅途之中，迪米特里欧问艾米里欧打倒王之后打算怎么办，艾米里欧的心中开始迷惑。

艾米利欧终于和德尔赛因再度相见，艾米利欧挥刀斩向德尔赛因，却因对方的一句话产生了迟疑。而另一边，为了让身为祖族的父亲和ENDORA人的母亲过上好日子，露易丝加入Truculent，与迪米特里欧厮杀。最终在迪米特里欧的感化下，露易丝勇敢面对自己的心，和大家重归于好。

巴别之门无法开启，Warp粒子持续减少，这样下去ENDORA世界将无法维持原形。帕斯卡尔发现粒子开始减少的时间与德尔赛因登基的时间正好吻合，王位交替之时究竟发生了什么？艾米利欧大仇得报，但革命才刚刚开始。瞬失去了回家的手段，失落的他和艾米利欧讲起了两人的约定，结果彼此的承诺都被打破了。

德尔赛因死后，ENDORA各地开始发生混乱和战争。另一方面，因为巴别之门的调查没有进展，瞬暂时无法回到地上世界，他开始思考其他的回家之法。这样的状况下，瞬还是很担心意志消沉的艾米利欧，他向艾米利欧提出对战练习。露易丝决心退出伊格纳茨，就在此时岛上的祖族向他们求救。

进入ENDORA的瞬、艾米利欧和迪米特里欧等人决定一边治理各地的混乱和暴动，一边朝着王都前进。在这样的旅程中，他们来到被蛮横领主袭击的邻近村庄，为防止暴动再次发生，艾米利欧提出要与领主直接对话。艾米利欧一行人闯入领主的城堡，在那里等着他们的人竟然是……

为了拯救祖族的岛，迪米特里欧一行人与祖族首领古拉迪多乘船前去查探，帕斯卡尔和约瑟夫开始说明巴别和Warp粒子减少所面临的世界危机，听到世界可能毁灭的消息，众人开始不安。Truculent的头目基多罗也加入了伊格纳茨，这引起了其他成员的不满，双方一言不合就开始对打。

瞬、艾米里欧一行人再次回到王都的城堡，如今的城堡死气沉沉，失去了以前的辉煌。王都日渐混乱，人们弃城而去，现在城堡里仅留下了坚信艾米里欧会归来的少部分人。艾米里欧寂寞地凝视着王座，迪米特里欧出现在他面前，并称现在的ENDORA需要新的国王，艾米里欧也终于下定了决心。

瞬和艾米利欧成功击退了伊贝尔达，伊贝尔达变成怪物，基多罗认为事态危险，于是决心去追他，迪米特里欧派菲利克斯和米希亚去帮忙，艾米利欧也派出军队援助。另一方面，艾米利欧带着瞬来到两人初次相遇的地下牢狱，瞬和艾米利欧跌入一个与地下相连的极深洞穴，在这里等着他们的是……

瞬和艾米利欧在地下牢笼遇到阿尔瑟鲁曾经的部下，就在两人被攻击的瞬间，瞬体内的宝石让他和艾米利欧回到了地上世界。瞬兴高采烈地带着艾米利欧回家，与久违的母亲感动再会。艾米利欧对地上的事物一无所知，于是瞬带着他一边闲逛，一边前往父亲的研究所。没想到瞬的父亲竟然就是幕后黑手，而瞬的生父其实是德尔赛因？！

瞬的养父浅永杀死了阿尔瑟鲁王，瞬对眼前发生的事感到惊讶。愤怒的艾米利欧打算用化宝具对抗浅永，却发现化宝具无法使用。浅永用枪指向艾米利欧，艾米利欧用匕首打落浅永手中的枪，带着瞬成功逃走。这边，浅永回忆起十几年前的事，自己第一次抵达ENDORA 发生的事。

面对难以置信的真相，瞬根本无法接受。另一方面，艾米利欧为了确认真相，一个人去找浅永对峙。艾米利欧质问浅永对瞬的看法，浅永坦白自己爱着这个养子，也希望瞬能作为家人和他们一起生活。艾米利欧把这番话告诉了瞬，瞬找浅永面谈，浅永说出了自己前往ENDORA的目的。

浅永准备枪杀艾米利欧，无处可逃的瞬发动体内的空间移动装置“百林布尔”，带着艾米利欧回到了ENDORA。在从天而降的他们面前，基多罗与伊贝尔达正在战斗。众人攻击不断出现的怪物，艾米利欧和瞬拿出化宝具，合力杀死了伊贝尔达。然而伊贝尔达不但没有倒下，反而变得更大了……

帕斯卡尔遭遇爆炸坠向地面，拉瑟夫和约瑟夫去找帕斯卡尔，迪米特里欧和其他人则解决眼前的怪物。在另一边，为了阻止Warp粒子吸收装置，艾米利欧和瞬骑飞龙前往海中央的遗迹“特那诺格”。终于达到目的地，兄弟俩边吵嘴边破坏吸收装置，就在此时最终BOSS浅永现身，父子大战开始。

在特那诺格，各种罪恶的根源浅永出现，瞬和养父对峙，最终他选择和艾米利欧一起对抗浅永。然而在自由操纵触手化宝具的浅永面前，两人毫无还手之力，瞬还被触手打伤。在战斗中，艾米利欧和瞬的化宝具进化威力大增，但两人还是渐渐落败。就在浅永准备杀死瞬的时候，浅永想起了妻子的话，就在这瞬间艾米利欧杀死了浅永。