赤司等人作为无明领域调查队的第一期学生被选入IX本部，在本部里赤司遇到了之前事故中的机师霞来夏。高强度的体能训练和繁杂的讲解让赤司等人显得非常疲惫，在驾驶VES的特训中，赤司从事故中捡到的吊坠成为了戒缚的目标，在得知戒缚的本体是丧子的母亲时赤司怀着沉痛的心情结束了它的生命，在这群星坠落之夜，骸之吟唱回荡在他们耳中。

正如真亚梦的小说一般骚扰她的教官被戒缚所杀，这让真亚梦感到非常困惑，而她期望的第二个受害者艾米露看到了小说。跑回来的真亚梦非常慌张，艾米露和伊削平人已经前往废弃的医院寻找死神，乘上死神后平人陷入了痛苦之中，死神凭借自己的意识开始了行动，赶到现场的来夏等人没有办法阻止，现在唯一能关掉死神的便是赤司。

赤司驾驶“死神”的事情让其他组员产生了疑虑，和他们想的一样“死神”和他们所在的小组都是为了应对“骸”而存在的，而新来的笹目让赤司非常在意，他恍惚觉得笹目就是乘坐在骸上的女孩。在赤司继续完成“死神”的特殊训练时戒缚出现了，被过去束缚的戒缚让机库旁的来夏等人陷入了危机，还未完成训练的赤司决定前往。

骸在现世的出现以及石像鬼小队的不安定让政府借机安插眼线，赤司等人被派往南方海岛接受训练，和他们一起前往的还有危险的平人。在无人岛上笹目和皆志能够清楚的感受到大家的不安，笹目随着皆志吹起的口哨唱起了歌来，在皆志的呼唤下众人都开始聚拢，就像是他们曾经经历过的那样，当众人集合后痴狂的平人也找了过来。

赤司等人在荒岛上的情况便是教官所讲的思维同步，而艾米露的搭档却是残暴的平人。思维互通抵消无明领域影响的训练开始了，这次参加训练的便是共鸣率最高的艾米露和平人，他们将要前往无明领域外围十码的地方。逐渐接近无明领域的艾米露发生了异变，而这样正是平人所期待的发展，赶去营救的赤司却让艾米露变化成了戒缚的模样。

戒缚化后的艾米露因为无明领域的侵蚀而全身尸钢化，濒死的她会成为珍贵的样本，这种结果让众人无法接受，曾近无数次被艾米露暗示的赤司更是追悔莫及。为了应对现在的状况石像鬼小队的成员要轮流巡逻，而独自离开的平人和皆志听到了艾米露的声音，与此同时巡逻的赤司等人遇到了骸的攻击，凄美的星落之夜再次降临。

在与骸的战斗中赤司与银的违和感消除了，他和死神终于达到了共信，而基于银而改造的二号机黑也已经完成。通过对石像鬼小队成员的测试来决定黑的适应者，生理上的排斥感让来夏很快便支撑不住，但博士心中适合的驾驶员已经早有人选，被安排见面的赤司和平人发生了争执，而这一切都是博士为了让平人驾驶上黑的刻意安排。

旧市田谷区大藏一丁目附近突然出现的F76型数据仪信号让赤司和平人不得不前往无明领域，而那里正是赤司哥哥的葬身之地。笠音试图劝说赤司放弃进入无明领域，而赤司却认为这一切都是因为想要自己乘上哥哥曾经驾驶过得死神从而完成他遗留的使命，但无明领域内还有笠音不想让赤司看到的真相。

从无明领域内出来的赤司拒绝了笠音伸向自己的手，并且搬离了宿舍。另一方面得知赤司离开消息的后同学们十分担忧赤司的状况。而笠音在博士邀约观看了青司的最后影像痛哭不止。在公园漫步的赤司遇到笹目，面对这夕阳两人谈论起了梦里的歌，笹目在赤司的请求下面对夕阳唱起了那首歌。随后赤司也在博士邀约下观看了青司最后的影像。

受哥哥青司记忆所困扰的赤司，在战斗时发现自己的记忆渐渐的被青司同化。赤司在躲避骸的追击时发现了被困住的平人，随后在赤司见到艾米露并听到艾米露对自己的思念时，却发现艾米露变成了骸。筋疲力尽并且迷路的赤司见到了青司，青司告诉赤司绝对要回去，并为赤司带路。走在青司身后的赤司，对青司述说了自己的思念……

在教授的揭露下赤司等人才知道原来笹目的身体已经被严重侵蚀尸钢化，但是她却独自一人默默忍受，赤司等人被这突如其来的情况震惊了。随后担忧笹目的赤司等人找到教授询问拯救笹目的方法，教授告诉中众人只有打败骸才有可能阻止尸钢化继续侵蚀笹目。随后沉默压抑弥漫在每个人心里，笹目是否会步上艾米露的后尘？赤司又能否拯救她？

赤司为拯救笹目前只身前往无明领域。原本的目只是回收二号机，因信号不良，赤司未能接收到本部发来的迅速撤退命令。面对突然出现的骸，赤司一人坚持着战斗，骸频频猛攻，银受到了非常大的损伤。就在赤司走投无路之时，他想起了与笹目的过去……

在被骸压制至生死关头之际，真木皆志驾驶着MA-Vess将赤司救出。赤司见到MA-Vess之后情绪开始失控。原来MA-Vess能到达无明领域就说明有人成了界连系统，而赤司最不希望的就是笹目成为界连系统。得知这样的消息赤司愤怒无比质问皆志，在皆志的解释下赤司了解了笹目的真实想法……

关东多地开始发生怪异现象，推测是由无明领域中扩散出的金属离子所造成。无明领域还在持续扩大，赤司依然行踪不明。剩下的岩户等人，被称作“神隐之子”，他们都是十年前从无明领域中平安生还的奇迹儿童。1X召集他们的原因渐渐明朗，真亚梦为了实现艾米露的愿望，决心搭乘二号机“SABLE”。

与骸激战之后，赤司的面前出现了幻影。为了保护他，笹目宣布与皆智合为一体。不能接受这一切的赤司痛哭流泪……赤司从梦中惊醒，眼前出现了一位非常像笹目的少女，她不用张口就可以与赤司进行交谈。这时，赤司回想起这位少女就是当初与骸一起出现的那位少女。她究竟是谁？为何要救赤司？

在赤司面前出现的神秘少女，皆志竟然知道她。少女名叫鸫，似乎与赤司从小一起长大，可是赤司对此毫无记忆，而皆志却道出了真相。原来鸫与大家有着很深的渊源，无明领域就是大家与鸫一……

赤司想起了自己在无明领域犯下的罪行。鸫认定其他人都是罪业之子，将错全怪罪于赤司一行人身上。鸫的目的就是为了向赤司在内的其余八人进行复仇。鸫复活后的身躯散发出来的狂气和怒气让真亚梦和皆志战栗不已。为了消除鸫的怨恨，赤司劝说鸫放弃复仇，而被困无明领域长达十年的鸫，早已心里扭曲，完全不听劝阻……