2114年，在西比拉系统运用之下的东京繁华街道发生了连续爆炸事件。公安局刑事课一系的监视官·常守朱，通过对事件发生后色相恶化的人物的扫描记录进行追踪而锁定了其所在地，和一系、二系的刑警前往现场。面对企图逃亡的潜在犯·喜汰泽旭，朱并没有立即对其进行执行，而是赌上了某个可能性……

二系的监视官失踪，同时也有一把Dominator去向不明。唯一的线索只有残留在现场的神秘信息“WC？”。如果真有能够在西比拉系统的运用下还能隐藏一切痕迹行动的人物，那只有可能是透明人。此时，拘留中的连续爆炸犯的犯罪系数居然下降到了执行对象外的水准……

逃亡的潜在犯在被消除模式执行前不停念着的人物的名字是……鹿矛围。这个人物骗过了扫描系统，似乎还能够让他人的心理指数变得清澈。追寻真相的监视官·常守朱前往潜在犯隔离设施，并与某个男人见面了。朱坚持追寻本不应该存在的存在·鹿矛围，一系的刑警因为她的决定而陷入混乱，然而……

自称救世主的人物占领了心理保健设施，并挟持患者作为人质。犯人呼喊着鹿矛围的名字。在去向不明的监视官引导下来到这所心理保健设施的二系监视官·青柳璃彩，使用Dominator突击犯人。但，这名犯人的犯罪系数却在执行对象外。打算阻止犯人的青柳，手中紧握着玻璃碎片……

三系奉了局长的命令展开作战，其结果是和犯人在一起的人质们的心理指数也恶化，心理保健设施成为了屠杀的现场。事件后，朱为了确认鹿矛围的存在，前往被国防省用作军事多隆研究开发部门的旧港仓库地带。在搜查过程中，军事多隆突然启动并开始了杀戮。操作这些多隆的人的真面目是……

军事多隆毫不留情地追杀着刑警们。持有Dominator的人物现身，向犯罪系数恶化的刑警们射击。常守朱注意到鹿矛围的目的，命令执行官们退后，而改由监视官站到前线。之后朱亲自追逐鹿矛围的行踪，但……。与此同时，街市上多隆的暴走逐渐扩大，产生了大混乱……

在伪装成游戏让一般人操作军事多隆进行的虐杀事件当中，多数的Dominator被夺走了。鹿矛围得到的这些Dominator打算交给谁来使用，以及为何这些Dominator没有被实施停止措施……常守朱向西比拉系统提出这些质问。就在此时，曾经是全息设计师的雏河翔，从鹿矛围所使用的全息投影那里发现了意想不到的线索……

鹿矛围桐斗究竟是何人……鹿矛围驱使着以前死去人们的全息投影，潜藏在各个角落。朱等人从中感觉到了周密的计划性。另一方面，美佳在调查经营着制药公司的东金财团的过程中，发现他们取得了与鹿矛围有关的专利。逼近鹿矛围真实身份的美佳，向公安局局长禾生壤宗提交了报告书，然而……

禾生将西比拉系统的真相告诉了美佳。接受了真相的美佳赞美这个社会，对于自称西比拉神子的东金朔夜不再有任何违抗。与此同时，鹿矛围利用从公安局夺走的多数Dominator向政府官员们露出了獠牙。确认到Dominator的使用，朱与一系的成员迅速赶往现场。在那里，鹿矛围留给朱的讯息是……

透明人终于现形了，并开始了行动。在地铁设置了炸弹并将700人以上的乘客作为人质的鹿矛围，开始使用Dominator对人质进行无差别攻击。注意到鹿矛围目标的朱与局长禾生会面。在那里，她接受了将鹿矛围抹杀的命令，但她并没有遵从这一命令，而是决定赌上一把。朱向鹿矛围所在的地方前进，但阻拦在那里的却是意想不到的人物……

鹿矛围实行制裁之时，这个世界将会改变。如此深信着鹿矛围的人们接连遭到公安局刑警们的逮捕。朱和鹿矛围一同来到西比拉系统的中枢。西比拉与鹿矛围，究竟何者会遭受制裁？如今，世界的规则即将改变……