在南国小岛上举行暗杀修行的3年E班的学生在取得与鹰冈的战斗的胜利后，举办了男女配对的试胆大会，并帮助伊莉娜老师追求乌间老师。暑假也要结束了，E班的学生一起和杀老师去了夏日祭典。

因为全国的鸡蛋供大于求无法出货，茅野提出了布丁暗杀计划、同时可兼顾解决大量鸡蛋被废弃的问题。E班的同学合力制作了超大补丁实施了计划。乌间老师对E班学生进行了山中跑酷暗杀版警察抓小偷的训练，学生们使用各种方法逃脱乌间老师和杀老师的抓捕。除此之外，新闻中出现的内衣小偷事件也令人担忧。

被学生怀疑是内衣小偷的杀老师为了证明自己的亲白，亲自去抓捕真正的小偷，并因此和堀部糸成展开了战斗。最终战败的堀部糸成被无情抛弃，并持续暴走。在3年E班同学的鼓励下，堀部糸成道出了自己的过去、解开了心结、磨去了触手、真正融入了班级。

堀部糸成利用自己的特长，想到了操纵遥控玩具车袭击杀老师要害的暗杀计划，并背着女生和班里的男生展开了神秘的计划。因为木村对自己的本命很是介意，E班的每个同学开始互起奇怪的称号。

E班的委员长矶贝悠马为了维持家人的生计，违反校规在餐厅打工，不幸被A班的五英杰发现。A班班长浅野学秀提出了在体育节和E班竞赛、如果E班取得胜利则守住秘密的条件，E班同学竭尽全力和理念截然不同的A班比拼。

在期中考试前的2周，对于自身暗杀技术过于自信的E班学生，不行弄伤了幼稚园年迈的园长。自此，学生们放下期中考试的准备，代替园长管理幼儿园，将幼儿园修缮得耳目一新、并取得了孩子们的喜爱。

伊莉娜老师的生日到了，E班的学生们买了花束，想尽办法让伊莉娜老师所喜欢的乌间老师送花作为礼物，不料却被伊莉娜老师识破。至此之后，伊莉娜再没有出现在学校，令E班的同学很是担忧。此时，自称“死神”的杀手出现，学生们前往解救伊莉娜老师。

对于自称“死神”的杀手，E班的同学毫无办法。此时，乌间老师和杀老师赶到。乌间和“死神”展开了一对一对决，解救了E班的同学。

到了临近毕业商讨今后出路的时候了，E班的同学大多有了打算，但潮田渚却始终不知道自己适合做什么。此时，渚的母亲却强迫潮田渚按照她的想法去走今后的路，在杀老师的帮助下，潮田渚反抗了母亲，让母亲意识到孩子的想法也是重要的。

学校的学园祭到了，为了比拼销售额，A班的同学拉拢了赞助商举办了豪华的活动，E班的同学则自给自足、利用地处山林的自然环境、靠新鲜的食材吸引了顾客。

期末考试要到了，因为理念和父亲不同，A班的班长浅野学秀放下面子请求E班的同学在期末考试中赢得胜利，E班的同学接受了这个请求。

E班和A班的期末考试对决终于到了最后的时刻，特别是难度超大的数学测试，最后一题尤为不易，是属于浅野学秀和赤羽业之间的对决。在互相和难题搏斗的过程中，赤羽业想到了曾经在E班的经历，顺利解答了问题。随着E班在期末考中的大胜，浅野学峰再次对E班进行了刁难。

期末考试后，浅野学峰以解雇胁迫杀老师参与不公正的比试，杀老师成功赢得了胜利、证明了自己的教育理念。三年E班决定在话剧发表会上演出《桃太郎》。

戏剧发表会，仓库收拾的渚和枫，杀老师也作为帮手参加.谈起迄今为止暗杀计划的回忆。杀老师第一次出现在教室里的时候，卡玛休学后回来的时候，营登场的时候，学院主导的布丁炸杀计划。就在这期间，枫树的样子发生了变化.？

受到突然改变的枫树攻击的杀老师，以自己的要害为契机，将阻止失控的她的方法托付给学生们。渚在那里采取的行动是当全班同学再次到来的时候，杀老师开始讲述自己的过去。学生们终于知道“杀老师”是什么人。“你会知道的”

超生物开始谈论。隐藏着人类的记忆.曾经被称为死神的杀手，在制作反物质的柳泽的人体实验对象中，与雪村雅加深了心灵的交流。但是，作为实验体的死神的体内能量超过了极限，明年连同地球一起爆炸的事被判明.柳泽命令他处分。

我得杀了这位老师吗？突如其来的新的难题正因为有强烈的羁绊，为了不杀掉自己心中最重要的感情，以主张相反的渚和业为开端，班级发生了分裂的危机！杀老师向他们提出“像是暗杀教室”的仲裁案？

正因为各自都有认真地想着杀老师的心情，所以意见分歧的暗杀生存者对决，终于成为“不杀人”的渚和“杀人派”的一骑击！？虽是朋友，但彼此之间却处处是外人礼仪的两人认真地互相撞击！？结果呢

E组捕获了在宇宙空间中秘密进行拯救杀老师的研究这一信息。作为班级的代表渚和业为了偷取实验数据潜入预定发射的无人火箭！我想救杀老师！“怀抱这份思念，超越季节的自由研究，开始！

终于考试季节到来了！渚在杀老师的热烈应援下来到会场！情人节的季节。很难把巧克力交给渚的枫叶，卡尔玛和中村呢.？。其他的同学们也在迎接各自的情人节.乌间和伊莉娜也开始行动了！？

决定全体人员的前进方向，努力制作E班毕业相册的杀老师.但是终于政府发动了最终暗杀计划.杀老师作为破坏地球的危险生物被报道，E组被置于监视之下。我想见杀老师！学生们开始下定决心！

离杀老师暗杀期限还有三个小时激光的照射时间也时刻在逼近。学生们钻过政府的警备，在旧校舍里与杀老师重逢。寒蝉定生日后一年后的晚上，一刹那就谈起话来。但是，在那里出现了与柳泽完全不同的第二代死神！

杀老师VS第二代死神！拥有超过杀老师的能力的第二代死神，由自己改造的柳泽来帮忙，进入最后的战斗中！？面对一边保护着学生们一边战斗的杀老师，两人充满着毫不留情的攻击的憎恶。在绝对的绝境中，意外的人物发起攻击.！

充满一年回忆的旧校舍，只有杀老师，乌间，伊莉娜，还有3年E班的学生们。暗杀期限一刻地迫近，剩下的时间只剩下一点了。对E班的学生们给出的答案，满身创伤的杀老师满足地点了点头。

再见杀老师再见，丘中学.像杀老师一样度过的宝物般的一年。E班的学生们踏上了“暗杀教室”的旅程，踏出了坚实的一步。然后时光流逝.

讲述了一个将月球炸掉7成、并扬言一年后将要毁灭地球的不明生物杀老师，担任全校最不被看好的班级3年E班的导师，与学生之间发生的故事。杀老师虽然是个有马赫级神速移动能力、以及奇怪触手的生物，却为学生竭尽心力、赴汤蹈火。使得本来弥漫诡异氛围的课堂，却成为3年E班终生难忘的回忆。而3年E班的同学们与杀老师以羁绊和真挚互动所守护的约定，也陪伴着他们到了7年后的未来。