在美浓关学院的校内选拔比赛中获胜的卫藤可奈美，与第二名的柳瀬舞衣一起在镰仓的折神家所举行的御前比赛中出场。属于从五传各校聚集而来的强大的刀使们的剑术大会就此开始。

姬和暗杀折神家当家·折神紫失败后与可奈美一同逃亡。此时，由于折神家当家暗杀未遂，这前所未闻的事件发生，众人为之騒然。然后紫的亲卫队开始追踪，五传的校长们也开始召集。

可奈美和姫和，投靠在曾为美浓关学园出身的刀使·恩田累之下。两人在短暂的休息时间内歇了一会儿。在那里可奈美和姫和得知了，紫被强大之敌大荒魂支配了，还有折神家和刀剑管理局全都在大荒魂的支配下。

解放沙耶香后与累分别的可奈美和姫和，为了与费因曼汇合而前往伊豆。另一方面，在镰仓，古波藏艾莲和益子薰被长船女学院的校长，马庭纱南命令去追击可奈美她们……

可奈美和姬和被艾莲和薰追赶。艾莲她们说她们正在对可奈美她们测试。其实两人是反折神体制组织·舞草的一员。可奈美她们惊了。此时，无数个荒神袭来。一行人在山中的混战中分散。然后亲卫队的狮童真希和此花寿寿花出现在可奈美她们的面前，皐月夜见则出现在了艾莲面前。在亲卫队的压倒性力量的面前，可奈美她们被逼得走投无路，但却勉强成功逃脱。另一方面，艾莲独自前往亲卫队的临时指挥所。

被抓起来的艾莲，在临时指挥所接受寿寿花的审问。另一方面，与薫汇合的可奈美和姫和对打算赶路的薫，追问艾莲不见的事。但是，薫却不予理睬，没有回答。

坐进潜水艇的可奈美她们，与出来迎接的Feynman一同前往舞草的据点。另一方面，在鎌府，沙耶香似乎被雪那注入了荒魂。

可奈美她们在舞草的据点，与折神紫的妹妹，朱音相遇。她们被朱音和Feynman告知20年前相模湾岸大灾祸的真相。那与现在的刀使们被教导的内容有着很大差异。

朱音和Feynman被告知祭祀NORO的意义，可奈美和姫和决定加入提出打倒折神紫的舞草的行列。但是，舞衣被姫和问起战斗意义时却无法回答。

折神家的动作很快，由于涉嫌参与大规模恐怖行动而被长船女学园和美浓関学院强制搜查。被袭击据点的舞草受到了几近于毁灭的伤害，可奈美等人被沉闷的氛围所包围。

使用S装备的容器袭击折神家的可奈美等人，为了讨伐紫而朝着房子的深处前进。S装备的极限运行时间就快临近时，亲卫队们挡住了去路。

赢了真希和寿寿花的可奈美和姫和，终于与紫对峙。两人在其压倒性的力量面前陷入苦境。两人的联合攻击在紫的未来视面前完全无效。沙耶香、舞衣、艾莲、薫四人也加入进来，成了六对一的战斗，但她们却在紫的面前一个接一个地倒下。然而可奈美却突然被母亲藤原美奈都附体般开始压制紫。

自湍津姬将自己分离的一部分散落在关东一带（即“镰仓特别危险废弃物泄露问题”）后，已有四个月。关东的荒魂事件频发，为了让事态平息，可奈美等人在以镰仓为本部的最前线再次挥起了刀。

回到美浓关老家的舞衣，被父亲催促辞掉特别祭祀机动队，而受到打击。同时，刀使部队在和某个狂暴的荒魂战斗的时候，一个神秘的风帽刀使出现了。

在本部部长纱南的命令下薫担任了远征北关东任务的部队长。没有干劲的薫把荒魂探索任务交给部下后尽情地放松。最终本部派遣了沙耶香过来监视她。

可奈美她们6人完成了各自的任务，在镰仓本部久违地聚在一起。五人决定为沙耶香庆祝生日。

可奈美和姫和，同朱音一起在太平洋的船上。为了与在潜水艇内隐身的紫会合。而曾是亲卫队的真希和寿寿花也在那里。她们在那里打听到了一个令人震惊的事实。

可奈美等人以防湍津姬的袭击，在防卫省做田心姬的护卫。朱音和田心姬交涉，摸索着共同战斗的道路。

可奈美她们无法保护田心姬，在失意之中回到了本部。一边对增强力量的湍津姬感到焦虑，一边为任务而到处奔走。真希和寿寿花主张应等湍津姬表态。此时，湍津姬通过媒体出现在了人们的面前。

被穷追到铫子海岸的紫和市杵岛姬，突破近卫队的包围，继续逃亡。可奈美她们从累那里得知两人的行踪，打算乘胜追击。在出击之前，真系忠告可奈美要注意姬和的样子。

和市杵岛姬同化，得到祸神之力的姬和压制了湍津姬。但是，她无法驾驭住其强大的力量而失控，从可奈美的面前消失了。可奈美等人动摇了。另一边，紫只身去追姬和，就像曾经的自己那样，打算教她压住大荒魂的咒术。

连同姬和将市杵岛姬夺走，湍津姬终于得到了三女神所有力量。回到都内的湍津姬，开始打开连接现世和隐世的大门。另一边，为了阻止频繁出现的荒魂所带来的灾害，可奈美不断出击。舞衣等人都知道可奈美在逞强。

持续扩大的隐世之门，即将把都内，整个现世都给吞没。终焉之时时刻在接近。幸运的是可奈美等人救出了姬和，她们将背负所有人的思念去挑战湍津姬。

那一天，可奈美和姬和同湍津姬一起消失在隐世的尽头。在那之后两个月，世界正在慢慢地恢复成原来的样子。而可奈美和姬和依然消息不明。两人各自在时间和方向都很模糊的隐世中彷徨着。