两个盗墓贼挖出了一个棺材，想卖给老外，结果在途中棺材掉进了H市自来水厂，污染了中心城区的水。而喝了这水的人会变成“尸兄”。当晚，白小飞烧好了被污染的水后，却由于邻居家的惊叫而没喝到。不一会儿，邻居家的一个女尸兄破门而入。白小飞大惊，慌忙用手里的水果刀把女尸兄的头砍了下来。然后手机铃声响了起来，小飞的朋友大斌告诉小飞现在的H市的自来水被污染了，并且这些喝了污水的感染者即使砍了头也不会死。听到这番话后，小飞又害怕了起来。而他的身后，有一双眼睛正在看着他。

小飞猛然回头，果然发现女尸兄又站了起来，但是从头断开的部分长出来了一只眼睛，然后女尸兄又裂开了。小飞更害怕了，慌忙后退，看见了壁橱上的吹风机。白小飞把吹风机扔过去，打算电死这个女尸兄，却发现插头没插。小飞心想自己死定了，但又想到了女友小薇，于是插上了插头，电死了尸兄。突然小薇向小飞打了电话，兴奋的小飞接了小薇的电话，刚要告诉她发生了什么事，小薇却向小飞提出了分手。第二天，小飞离开家去找小薇，却遇到一只巨大蜈蚣尸兄破土而出。

小飞一路逃跑，来到一座居民楼。但小飞又在走廊里摸到了一些尸兄的舌头，以为是藤蔓，便玩了起来。忽然，一扇门打开了，一个人让小飞快点进去。而此时，小飞后面的尸兄也离小飞越来越近了。

看见“光明之门”的白小飞一个健步冲进屋内，屋里有个女装大叔和一只叫CoCo的企鹅，大叔让白小飞帮他把皮肤下的变异虫子挤出来，一番折腾之后，虫子终于被白小飞取出，可却被饿了三天的CoCo吞了下去，CoCo发生变异，向二人袭来。

白小飞和叔赶紧躲进卧室，并打算从窗户逃走。但叔十分惜财，要去拿走他卖肾换来的手机，结果被CoCo杀死。小飞慌忙跳窗逃走，掉到地上摔晕了过去。傍晚，小飞醒来，发现自己没死很高兴，便回家去了。

白小飞逃回自己的家后，想到尸兄很强大，感到力不从心，就花血本在网上买了强化药KW74。第二天，KW74送来了。小飞刚把药注射进身体，这时门外似乎出现了异样。

CoCo和叔的合体尸兄破门而入，小飞慌忙与其展开激战。交战中尸兄击碎了KW74的解药，白小飞大怒。

白小飞用买药送的刀砍死了尸兄。但是白小飞失去了解药，感觉到越来越痛苦。白小飞仔细想了想想到解药是寒性药剂，于是来到回春堂，自己熬了药喝了。正在小飞休息时，警察小惠被尸兄追杀，一路来到回春堂。随即，出现了一只皮卡丘尸兄。

小飞二话不说便背起了小惠就跑。结果皮卡丘尸兄以极快的速度追了上来。小飞慌忙用一根钢筋向皮卡丘尸兄刺去。突然一阵雷打了下来击中了皮卡丘尸兄，将其劈死了。

白小飞又意识到后面还有大批尸兄，于是带着小惠一路跑到天竺大酒店，进入冷藏室，但小飞晕了过去。与此同时掉进自来水厂的那口棺材里出现了一个身影。晕过去的小惠醒了，觉得自己要被冻死了，就抱住了体温很高的白小飞，倍感温暖。

在H市某撤离点，捷向开胃奶等人讲解了有关尸兄的知识。然后林珑等人的飞机从他们上空路过。在H市的某个楼顶，血莲教的一个手下向左护法报告了教主和圣女来到H市的消息。空中又出现了东瀛大天狗号，里面的东瀛忍者下了飞机。而小飞和小惠仍然还在冷冻室没能出去。然后，自来水厂里的那口棺材释放次声波引来一只鲸鱼尸兄，把棺材里面的尸王放了出去。

在那个撤离点，被送来的矿泉水有问题，有人喝了变成尸兄了。开胃奶等人见状不好，就去了图书馆。另一边，小飞醒来踢破了大门，救出了小惠来到一间房间休息，在小惠醒后又给她找来一件衣服，要送她去撤离点。在路上，小飞听到了奇怪的声音，便走过去，却发现了异样。

小飞发现一只尸兄吞噬了另一只尸兄，从而变得更厉害了。小飞简单打了两下，没打过他，就让小惠到附近的阳光医院等他。然后小飞想到了对付尸兄的方法，一路逃跑，路过阳光幼儿园，却看见一只小熊尸兄追着小鹿。

小飞踢飞小熊，救下了小鹿，让小鹿躲到水管中，然后干掉了追上来的尸兄。然后小飞带小鹿去阳光医院找小惠，却被医院五楼的人用仙人掌砸中。小飞大怒，进入了医院，却遇到了尸兄。

小飞让小鹿躲在二楼的休息室，然后将面前的尸兄消灭。五楼的人通过摄像头看见了小飞的一举一动，就鼓舞小飞到四楼打更高级的尸兄。白小飞发现了摄像头，将其打烂。五楼的那个人看了，很生气。那人叫穆教授，把病人改造了当做武器使用，还抓了余晓佳。小飞一路向前来到四楼，看见了小惠的玉佩，得知小惠也被抓了。然后迎面来了两个尸兄，又被白小飞干掉。小飞刚准备继续前进，结果迎面来了一个八头尸兄。

小飞将其干掉，来到五楼破门而入，撞飞了手持神之基因的穆教授，神之基因飞到余晓佳的爱犬贝奇身上，贝奇变异。穆教授又给自己也注射了神之基因，把白小飞扔飞。随后，穆教授将目标转向了余晓佳。

穆教授强行给余晓佳注射了神之基因，使其拥有了空气压缩喷射的能力。小飞抓住了二楼的阳台进入二楼化学实验室，做了一堆化学武器，回去干掉了穆教授。大家来到二楼接走了小鹿，而葫芦娃尸兄吃掉了教授变异出的第三只眼。

一行人来到了余晓佳家，休息了一晚。第二天，一行人决定为小鹿找妈妈，就上路了。在紫金路的大桥上，一行人遇上了血莲教左护法。

小飞一行人遇到了血莲教左护法，与其发生了冲突。经过一番战斗，白小飞和余晓佳终于打败了血莲教左护法。然后大家来到了小鹿家所在的楼下面，却遭到了一群文字尸兄的袭击。一只蚊子冲向小鹿，却被击毙。

开枪救下小鹿的是超市里装备精良的保安，在听到小鹿想要见到妈妈的愿望时，保安答应和他们一起进入大厦。经过一番准备后，他们进入大厦寻找小鹿的妈妈，而等待着他们的却是大厦里各种各样的怪物。

小飞一行人好不容易来到了小鹿的家里，但敞开的房门里却没有半个人的影子，看着哭闹着要妈妈的小鹿众人不禁伤感起来，正当众人安慰小鹿时窗外出现了一只双头的壁虎尸兄，小飞等人遇到了危机。

可以再生的壁虎尸兄非常棘手，为了让小飞等人顺利脱逃，保安牺牲了自己。小飞等人沿楼梯下楼，却遇到了许多的蚊子卵。小飞只好尝试电梯，一只尸兄窜了出来。小飞将其杀死，但那个尸兄的流出的血液让蚊卵全部孵化，一行人慌忙躲进一户人家。刚进去，余晓佳就被打飞到楼外了。

打飞余晓佳的是一个青蛙尸兄，面对这个青蛙尸兄，白小飞感到力不从心。忽然白小飞想到利用蚊子吸引青蛙，便那么做了，果然奏效。小飞等人即将逃出大厦时，刚才的青蛙尸兄攻击却让大厦完全坍塌，小飞等人被活埋。而在大楼外面的余晓佳也遇到了尸兄的追击。

在晓佳遇到危险的时候，军队以及炎黄特能队第五小队正在营救图书馆里被困的群众。被困的开胃奶等人靠着自己的力量企图逃离大厦，但在逃跑过程中小捷不幸牺牲。与此同时，小飞靠着血肉之躯为小惠和小鹿在倒塌的废墟中撑起了一片空间。

小飞在昏迷中回忆了他与小薇的事情，随后清醒。小飞等人在废墟里，不知所措。另一方面，五队队长邪罗汉被尸王的手下白·武生斩首，鬼棍救到开胃奶等三人后呼叫支援，却被告知撤离点转移到临时基地。随后余晓佳也得到消息赶往临时基地。但邪罗汉那与指挥部联系的手机，被白·武生交给了尸王。

林珑与尔多、蓝海向一些尸兄发起进攻，但被父亲告知除H市其他地区也有尸兄，最后查出尸兄病毒的源头为一家矿泉水公司。废墟里的小飞为了哄小鹿睡觉，便唱了一首歌，但与此时的环境形成了巨大反差，也反映了小飞此时内心的心情。贝奇也从废墟里爬到他们的身边。而此时，壁虎尸兄也赶到了小飞等人的藏身处。

壁虎尸兄向小飞他们发起了进攻，并把贝奇打飞了。然后葫芦娃尸兄向壁虎尸兄发起攻击，将其吃掉。另一方面，林珑等人在返回途中，飞机遭到巨型鸟类尸兄的攻击，尔多与蓝海便共同对付巨型鸟类尸兄。而小飞和晓佳则从废墟中来到了大厦的地下停车场，小鹿好像发现了什么。

小飞等人终于找到了小鹿的妈妈，但小鹿的妈妈却已经发生了变异，小鹿的哭闹让小飞不忍心对她的妈妈下手，但小鹿的妈妈却已经向他们逼近。一行人慌忙逃走，小鹿妈妈随后追上。白小飞不得已与其展开战斗，但被小鹿拦下。小鹿妈妈感到思想崩溃，便逃走了。小鹿赶紧去追妈妈，小飞赶紧去追小鹿，小惠则被留了下来。

林珑的飞机由于被巨型鸟类尸兄袭击而迫降，正好把追小鹿的小飞撞晕了过去。当他醒来时，已经到了临时军事基地。正当小飞关心小鹿和小惠时，临时基地却遭到了忍者的攻击。

鬼棍与忍者地鬼在基地外缠斗，而其他的忍者则潜入基地偷走了实验室的女尸。小飞正好遇到了被忍者重伤的小男孩小猴，为了救小猴的他来到了军火库，在那里他发现了KW74的改良品KW89，随后遭到了花田的袭击。

在小飞与花田打斗的时候，蓝海、尔多和卯兔也在迎战天鬼和豚鬼。小飞与花田战斗，花田占下风，只好带着女尸撤退了，天鬼和豚鬼也撤退了。孙小猴见白小飞这么厉害，决定拜他为师。

小飞带着小猴来到撤离点大厅，遇到了小胖和小鹿，也见到了小惠、晓佳、开胃奶，一行人十分高兴。但子鼠却突然对护送小惠来到基地的龙先生产生了怀疑，并判断其为SSS级感染者。一些幸存者听到后，赶上去要杀了他，却被轻松杀死。随后龙先生现形，原来他是尸王！

东瀛忍者向神皇报告了寻找龙且后人的消息。而小飞等人面前的尸王则轻松干掉了子鼠。尔多和蓝海上前对付尸王，但尔多却被变色龙尸兄变的尸王缠住。蓝海灵魂出窍打算对付尸王本体，却被尸王用次声波重伤本体，其他幸存者也几乎全部昏迷。鬼棍交给白小飞一副黑蛛手套，然后切断了自己的痛觉，干掉了变色龙尸兄变的尸王。尔多受到鼓舞，也服用了自己珍藏的药，进一步强化。二人冲向尸王，与其展开激战。

为了打倒尸王，尔多和鬼棍不惜耗费自己的生命逼出所有潜能与之一战，但拥有强大再生能力的尸王连手榴弹都不怕。而撤离点内，则来了一群被尸王的次声波吸引来的僵尸。没有昏迷的小飞和小胖赶紧与僵尸们展开战斗。在外面，尸王被手榴弹弄生气了，便释放绝招，扔飞了尔多。

随后尸王又对鬼棍展开攻击，废掉了他的左臂和右手。撤离点内，小飞和小胖正在激战僵尸，尸王却回来了。林珑对他用激光炮攻击，却被杀死。尸王又打晕了小飞和小胖，把小惠带走了。

撤离点经过忍者和尸王的先后袭击，士兵都死光了，白小飞和开胃奶等人便共同前往小薇家。撤离点内，蓝海牺牲10年阳寿将林珑的灵魂放在了自己体内，并联系了司令。司令和特能队二队、不朽大师和尼玛乘坐天狼星号前往H市。白小飞等人在接近小薇家时，遭到尸兄袭击，小鹿受到惊吓滚入了尸兄堆里，小飞慌忙去救小鹿，并顺便把尸兄们聚成了一团，将他们吸引走。小胖带其他人先行前往小薇家。但白小飞和小鹿却拐入了死胡同。

尸王回到图书馆泡血浴回复不死体，并向小柔努力学习英语。白小飞利用鬼棍给的黑蛛手套，轻松爬上了墙，进入一栋居民楼，发现了一家“幸存者联盟”，便去按门铃。一个男人开门，让他们进去了。男主人和女主人简单介绍了自己和这个联盟，并让他们先住下来。但白小飞却发现，这里并不简单。

凌晨，白小飞起来上厕所，却发现女主人向屋里的深处走去，便尾随过去，发现了幸存者联盟的秘密。原来他们的女儿变成尸兄了，他们只是为了骗人进去杀了喂他们的女儿。随后男主人也来了，与白小飞展开战斗。战斗中束缚女儿尸兄的链子被白小飞弄断，女儿扑下去吃他母亲，男主人慌忙去拦截。白小飞带小鹿赶紧离开，但女儿尸兄追了上来。白小飞离开楼遇见了小胖，还看见了一位摔倒的老大爷。

然而后面追来了一只大型尸兄，小飞和小胖把老大爷和小鹿安置到一栋楼里，然后把尸兄引到了废铁厂里，利用电磁铁干掉了尸兄。另一方面，尸兄们由于天亮出来活动了，老大爷和小鹿赶紧往里躲。

老大爷和小鹿上楼，遇到了非洲黑人李白。而小飞和小胖又遇到了一名女忍者。女忍者施计让小飞和小胖中毒并产生了幻觉。另一方面，老大爷等人遭到了尸兄的攻击，李白上前对付尸兄。白小飞这边，则又来了一对师兄妹。

那师兄与女忍者展开一番激战，但女忍者收到了集合命令，便撤退了。师妹为小飞和小胖解了毒。炎黄军方又研制出了新型武器，投放到H市诱杀尸兄。尸王在电视里看到这一消息，表示有意思。小柔给尸王带来了电鳗，尸王要获得雷电之力。白小飞等人赶回到老大爷那里，干掉了与李白纠缠的尸兄。然后小飞读了小薇留下的信。