公元2020年，网络对于现在和人们的生活而言已经是不可或缺的一部分。但是，人类所不知道的是在网络的另一面有着一个无限的时间——数码世界以及居住在其中的数码宝贝……以首都东京圈为中心发生了大规模网络故障，乱亮乱灭的信号灯、乱码的室外屏幕……新闻上报道是网络恐袭。 住在东京近郊高楼的小学五年级生八神太一，为了准备夏令营而一个人留在家里，去涩谷的妈妈和妹妹嘉儿乘上了一辆无法停止的电车。 为了救妈妈和妹妹，太一急忙赶往涩谷，当他前往车站月台的瞬间发生了不可思议的现象…

太一在网络空间遇到了骑着加鲁鲁兽的少年，这位少年是敌是友呢？另一方面，阿鲁戈兽不断进化并对网络世界进行侵袭。毁坏不断扩大，导弹发射开始计时。面对世界危机，一切希望都托付到太一与亚古兽的身上!!

究极体阿鲁戈兽登场，并放出的光弹直击了暴龙兽和加鲁鲁兽。就在这时，白色巨大的数码宝贝——奥米加兽出现了… …导弹逼近东京，但是人们并不知情这场东京毁灭大危机的到来。面对强敌阿鲁戈兽(究极体)，太一与阿和乘着的奥米加兽能否创造奇迹？

东京内各地发生停电。太一与擅长网络的光子郎担心亚古兽所在的数码世界可能正发生着什么事情。并且，光子郎推算停电状态持续72小时以上，东京城市机能将瘫痪。「这种情况下能做点什么的就只有我们了」太一他们再度前往数码世界。但那里，和此前抵达的世界样貌变化了。太一以为此次同行的是光子郎，意外的发现是太一的青梅竹马的武之内素娜。

太一等人抵达古老的神殿，在神殿出现的迷之数码宝贝告诉了太一他们关于数码世界的秘密、侵袭东京的幕后敌人，以及「被选召孩子」的使命。正当一切谜底即将揭晓的时候，黑暗系数码宝贝向太一他们逼近…

太一和素娜在森林中穿行，被设下的陷阱困住了。这时，一群幼年期数码宝贝种子兽和一个名叫太刀川美美的人类女孩出现了，美美说她是被吸进数码宝贝世界的，她以女王的身份在村子生活。这个陷阱是为了保护自己不受野蛮凶恶的数码宝贝攻击。太一和素娜帮助美美脱身，但奥加兽在密切关注着被选召的孩子，并开始接近他们… …

太一他们终于抵达海岸，他们目光投向一个大陆，和太一来自同一所小学的六年级城户丈和哥玛兽在那里，阿助是一个备考生，他的目标是考中一所名牌中学，他对自己来到数码世界感到困惑。阿助不承认哥玛兽是自己的搭档，并拒绝和太一他们一起前行。太一他们试着说服阿助，但是失败了。就在此时，墨鱼兽出现了，这是一只住在深海里的凶恶数码宝贝，挡住了太一他们的去路。阿助看到哥玛兽与太一他们奋力作战，决定了...

阿助和哥玛兽加入了队伍，孩子们以新大陆为目标漂洋过海。突然，神圣计划的通信功能被切断，他们惊讶地看到登陆大陆的预定地点，那里耸立着一座要塞。要塞的有狙击手金刚兽、观测手日轮兽、负责炮击的坦克兽部队等，为了不让太一等人登陆而进行不断的炮击。面对四处射来的子弹，太一他们束手无策。这是，一位神秘的少年和数码宝贝拯救了他们。那个少年是阿和，还有他的伙伴加布兽…

为了复仇燃起怒火的奥加兽跨越大海，再度现身在太一他们面前，和暴龙兽展开了激烈的单挑决战。但在此时，伴随核龙兽大军，实现了前所未有的最强进化数码宝贝——完全体，钢铁巨龙兽！！

奥加兽指出前往神圣数码宝贝的路线，但是,太一至今也没能找到打败完全体的办法，为了给同伴们开出前进的路，充当诱饵的太一与亚古兽，为了微小的希望堵上了一切，挑战最强的敌人。

横渡沙漠地带的素娜一行人，被潜藏在地底的数码宝贝所侵袭命悬一线。就在此时，加鲁鲁兽发出了咆哮，我行我素的阿和为了同伴们赌上性命之时，发生了奇迹的进化...

美美与巴鲁兽在地下遗迹中开始了冒险，但是美美却被暴走的完全体安杜路兽追击，前往营救的太一等人是否能赶上去营救美美呢？面对一筹莫展的危机，与心地善良的数码兽相遇的美美和巴鲁兽会出现奇迹...

被空中要塞炮蜂兽所捕获的弱小数码宝贝们，抱着必死决心和敌人大编队展开了空中大战，但是无法逃脱。就在全员将被歼灭之时，发誓要拯救那些数码宝贝们，素娜的大爱为比丘兽带来了新的光辉…...

冒险的舞台转移至溪谷大迷宫，被四面八方来袭的古加兽追击，只有光子郎和甲虫兽能救四面楚歌的太一，但是所有的搜查手段和想用的资料都不见了，光子郎究竟能否冲出大迷宫呢？

在宽阔的雪山大冒险中，完全体长毛象兽向阿和一行人逼近，为了解救被冻住身体的素娜，加鲁鲁兽在雪地疾驰。当阿和与素娜走投无路时，阿助与海狮兽挺身而出...

太一他们所抵达地方是仿佛什么都没发生过的和平东京，但城市里发生了许多不可思议的事情，在背后活跃的是令人毛骨茸然的神秘数码宝贝。在谜团重重的东京，他一等人看到了令人震惊的真相...

武之内素娜、泉光子郎、太刀川美美、城户丈等人因遭到恶魔兽的袭击，被丢回到东京的涩谷。另一边，遗留在沙漠中的太一与阿和遇到了巨大的阀门兽。阀门兽负责运输不知名的东西，运输队队长是牛人兽。牛人兽命令众多的兵卒兽攻击太一等人，这时数码抵抗军的首领狮子兽突然出现，对太一等人伸出援手，从沙漠中逃脱出来。但是听到狮子兽计划抢夺阀门兽运输的东西后，不惊想到是否这将会是与神圣数码兽相关的东西…

武之内素娜、泉光子郎、太刀川美美、城户丈等人因遭到恶魔兽的袭击，被丢回到东京的涩谷。另一边，遗留在沙漠中的太一与阿和遇到了巨大的阀门兽。阀门兽负责运输不知名的东西，运输队队长是牛人兽。牛人兽命令众多的兵卒兽攻击太一等人，这时数码抵抗军的首领狮子兽突然出现，对太一等人伸出援手，从沙漠中逃脱出来。但是听到狮子兽计划抢夺阀门兽运输的东西后，不惊想到是否这将会是与神圣数码兽相关的东西…

武之内素娜、泉光子郎、太刀川美美、城户丈等人因遭到恶魔兽的袭击，被丢回到东京的涩谷。另一边，遗留在沙漠中的太一与阿和遇到了巨大的阀门兽。阀门兽负责运输不知名的东西，运输队队长是牛人兽。牛人兽命令众多的兵卒兽攻击太一等人，这时数码抵抗军的首领狮子兽突然出现，对太一等人伸出援手，从沙漠中逃脱出来。但是听到狮子兽计划抢夺阀门兽运输的东西后，不惊想到是否这将会是与神圣数码兽相关的东西…

阿和的弟弟——高石岳，惊现在数码宝贝世界，但是却被黑鹰兽绑架了。 太一和阿和与伙伴数码兽拼命追逐黑鹰兽最终将阿岳解救下来，瞬息之间，太一和阿和却收到了来自黑鹰兽的致命攻击。就在这千钧一发之际，突然有一道闪光飞射而来…

突如其来的神秘数码兽——骷髅骑士兽把神圣数码兽的蛋抢走，为了追寻骷髅骑士兽，太一、阿和与阿武来到了被黑暗沼泽包围的令人毛骨悚然的塔下。就在阿武靠近这里时出现了一个巨大的洞穴，那里就是关押着神圣数码兽的地方。 也就是说他们到达一直寻找的地方。就在这时突然有一只身形像水虎一样的数码宝贝——激流兽，从沼泽中爬出来准备偷袭了太一等人…

阿岳为了夺回神圣数码兽的蛋，太一等人一直在追寻着骷髅骑士兽的身影。他们将看门的激流兽打倒后，决定潜入被瘴气沼泽包裹的要塞兽的铠甲上建造的城堡里。为了让神圣数码兽堕落进黑暗，使其成为自己的伙伴，骷髅骑士兽将数码蛋浸泡在瘴气之井中，原来这都是恶魔兽的计划。与此同时，身在现实世界中的伙伴，受到了因失去指挥系统的巨型油轮带来的危机…

在崩坏的要塞兽城上，太一和阿和与最凶恶的敌人——恶魔兽战斗。但是，恶魔攻击是变幻自在。这时，拼命阻止油轮暴走的光子郎他们发现了令人吃惊的事实。由于油轮的暴走引起的数码空间的混乱，给了恶魔兽无限的力量。在太一和阿和的面前，进化成更加凶恶的形态——新种恶魔兽。太一他们究竟要用什么方法才能打倒这个强大而压倒性的敌人…

看似好不容易打倒了的恶魔兽，成为但丁恶魔兽后袭来。与此同时，泉光子郎等人观看平板电脑，而得知世界各大海域的大型船只开始陆续暴走了起来。石田大和与兽人加鲁鲁兽一同向但丁恶魔兽展开猛攻却被打乱，八神太一更是被但丁恶魔兽给吞下。因为愤怒而迷失自我导致暴走的钢铁暴龙兽放射出了异样而又强力的光攻击，在倒下的大和身旁无法离开大和的弟弟——高石岳也陷入了危机当中。

原来数码世界的云端大陆是浮游大陆！太一等人都乘在从大陆的绿色往下掉落到空中的黄金乡兽(要塞兽)背上。黄金乡兽(要塞兽)与太一等人无计可施，眼见就要掉进广阔的大海中了。与此同时现实世界中，光子郎正在想方设法阻止世界各地所爆发的大型船只暴走。

从云端大陆掉下的太一等人，来到了新的土地。太一一行人在汪洋大海上前进，并目睹了野生的海龙兽吃掉并吸收掉野生的虾龙兽数据，进化为恶海龙兽的光景。被强大数码兽将弱小数码兽补食的弱肉强食的世界所震惊的太一一行人。恶海龙兽为了吃掉那样的太一等人而发起了袭击。另一边，在现实世界面对着船舶暴走事件的光子郎等人，采取了打倒狡诈兽以阻止暴走的作战。那个身姿，太一的妹妹小光在仔细地观察着。

这是一个只有强者才能生存的弱肉强食大陆，前所未有的强大数码兽接二连三的袭击太一等人，越发激烈的战斗即将展开！黑暗骑士兽的目的究竟是什么？太一等人即将开始在新大陆展开冒险...

散落到新大陆各地 又一次四分五散的孩子们，身处如果不能超越自身极限就不能生存的世界，为了再一次聚集，孩子们各自展开了生存之战，太一与亚古兽身处喷发大的火焰山，究竟能否战胜火山龙兽呢？

太一等人因为天使兽和黑暗骑士兽激战的影响而分离，为了与同伴汇合而前进着。在这种情况下，太一和亚古兽追着被骷髅骑士兽带走的妹妹光进入丛林，遇到了不喜欢战斗的朽木兽等数码兽。在那里，被凶暴的坦克龙兽袭击的百万龙兽和巨龙兽，丛林被火焰包围。为了拯救栖息在丛林中的数码兽们，太一和亚古兽前往坦克龙兽的军团。太一等人与大军展开苦战。

太一他们带着和平生活的朽木兽们，逃出了被烧毁的丛林。但是，剩下的敌人开始追击。为了让大家安全逃脱，太一和机械暴龙兽决定自己去寻找。太一和机械暴龙兽把敌人吸引到自己身上，这时新的敌人鹦鹉兽出现了。总算是演了势均力敌的战斗，不过，鹦鹉兽接受了来自上空的黑色闪电，变成了究极体的十字兽。

战斗暴龙兽的进化，唤醒了黑大耳兽曾经的在古代被封存的记忆。曾经黑大耳兽率领的光之军，在古代战争中受到来势汹汹的千年兽的威胁，千年兽被称为是率领暗之军的最终兵器，是邪恶而强大的数码宝贝。千年兽虽然被神兽型数码宝贝和究极体六战士打败，但如今正在复苏。为了阻止他的复活，八神太一他们开始了新的战斗。

在宽广的草原中，被獠牙兽追赶的阿武和巴达兽，与骑在可蒙犬兽的太一会合，被他所救。巴达兽因与黑暗骑士兽战斗有所消耗，所以无法进化成天使兽。但是再次骑着可蒙犬兽出发的太一他们，遇到了率领着两个獠牙兽的巨大的沙路比兽。獠牙兽的快速攻击和沙路比兽强大的地狱火焰释放着骇人的威力，可蒙犬兽暴走，无论如何都要甩掉它们。机械暴龙兽和伽楼达兽也向敌人攻击，但是......

另一个神圣数码宝贝的搭档是小光，为了从黑暗骑士手里救出她，太一继续战斗着。正当他们终于再次与小光和黑暗骑士兽见面时，太一发起了战斗。但是，小光没有握住前来救她的太一的手，似乎心甘 情愿地被黑暗骑士兽吸收了......

八个被选中的孩子和八个数码宝贝终于聚在一起了。觉醒的迪路兽表现得像小光的骑士，命令可蒙犬兽立即赶往千年兽的土地-富尔加。在他们奔向富尔加的途中，可蒙犬兽骑着汹涌的洋流在水中穿行。沿途，他们参观了一座巨大的水下城市，这里生活着海天使兽和其他水上数码宝贝。危险正在逼近水下城市。似乎是千年复兴的标志，数码兽们开始变得暴力起来。

太一等人按照海天使兽给的路线前往海底的封印之地法加。在海底洞穴中的刺针兽和龙虾兽突然袭击而来，好不容易穿过山洞后，出现了古代遗迹般“被遗弃的城堡”。弥漫的黑雾里，太一等人被瞄准攻击，并且对迪路兽传来“落入黑暗”的声音。在城堡的最深处，可怕的敌人海魔兽等待着他们。另一方面，现实世界的国际宇宙空间站开始向东京坠落......

SS国际宇宙空间站直击东京的过程中，光子郎终于发现了回避策略。如果从存在于歪斜空间的特异点狙击落下中的ISS的话，也许就能改变那个轨道。但是这个机会只有一次。与太一等人汇合的光子郎，都对着一个或几个不同的空间的狙击这个难度作战挑战。但是在特殊点的上空，敌人的攻击更加激烈，在时间紧迫的情况下他们进退两难。“光子郎，你来狙击！”虽然全部都委托给了光子郎，但是……。

太一和他的小伙伴们继续进行属于他们的旅程，太一和素娜打算找点吃的，结果不小心掉到了河中被卷走了。幸运的是他们来到了美美现在所在的地方。美美有一大批高力兽和矿石兽作为手下，据说一个数码兽在强迫和平的矿石兽工作，并保存了所有挖掘出来的宝石，太一和素娜等人听到这个消息决定消灭这只数码兽。

梅菲斯兽用奇怪的动作和咒语控制了虚弱的数码宝贝，其真正的目的是想要将其献给千年兽作为养料，加布兽出于好心试图阻止，但不过很可惜不敌对手战败被俘。阿和现在还没有和太一等人会和，不过机缘巧合遇到了阿助和哥玛兽，三人决定了营救加布兽的计划。目前加布兽被囚禁在悬崖顶上，想要救加布兽，阿和必须要攀爬危险的悬崖。

全新的数码宝贝土豆兽登场，整个地区都是土豆兽的地盘，汉堡兽用美味的汉堡和薯条招待客人。因为同样对炸薯条感兴趣的阿助和土豆兽聊得非常开心，然而当土豆兽看到被扔到地上的炸薯条后，愤怒的情绪让其进化，当时就陷入了暴走的状态。

被热带兽当成水果的太一和亚古兽，以及与超高速的热带兽陷入苦战的空和比丘兽。足球部的绝对王牌——太一和空的必杀组合射门，能打败热带兽吗？

出去寻找食物的石田大和与高石岳兄弟，在大雾的情况下，走进了只有数码宝贝的游乐园“数码兽主题公园”，并且迷路了。大和与阿岳为了陪没有客人来而很寂寞的导游负鼠兽，决定在这里玩一玩。但是，这是负鼠兽组织的恐怖圈套。大和和阿岳被分开，各自跟敌人展开战斗。两个人能平安无事的逃出“数码兽主题公园”吗？！

可蒙犬兽降下来，前往附近探索的太一和亚古兽、泉光子郎和甲虫兽，在看到眼前广阔的垃圾场都被吓了一跳。然后，在这里遇到了垃圾桶兽，芝麻兽和烂泥兽，它们的存在也让太一他们很吃惊。烂泥兽是什么都吃的怪物。继续进行黑色能量研究的科学家垃圾桶兽，因为对烂泥兽的研究而失去众多芝麻兽部下，燃起了复仇的火焰，开发了对烂泥兽使用的特殊火箭。但是一旦对烂泥兽的攻击和火箭炮没有用的话，这个地方充满的黑色能量将会被它吸收。烂泥兽也进化成稀有烂泥兽对他们进行袭击。就在命悬一刻的时候，光子郎想出一个作战方法。

太一等人到访的森林里突然响起了高音量的歌声。声音的主人是一边弹电吉他一边唱歌的猿猴兽。在那里，两个认为自己是最强数码兽的猿猴兽和火山兽互不让步，围绕着数码兽之王的宝座持续争斗着。不知为何袭击过来的猿猴兽和火山兽他们认为打倒太一等人的数码兽就是数码兽之王。在歌声的攻击后，亚古兽等人做出奇怪的行动而变得无力的情况下，美美和巴鲁兽与猿猴兽他们对抗。

在谜一样的DIM卡中记录的数据中，太一他们解析得到了前往法加的道路。在寸草不生的荒野中奔跑，注意到的时候已经骑上了背上拥有巨大森林的数码兽花龙兽的背上。被称为“森林的守护者”的花龙兽，虽然在与使森林枯萎的敌人的战斗中遍体鳞伤，但为了完成自己的使命而前进。依偎在这样的花龙兽上的小光，尊重勉强战斗的花龙兽的骄傲，希望帮忙的光和迪路兽，真的能保护森林吗?

在以富尔加为目的地的旅途中，太一等人终于到达了被抛弃的旧赛场。那里有一位叫音速兽的前赛车选手，至今仍一个人孤独地跑着马拉松。热爱奔跑的加鲁鲁兽载着搭档石田大和，向音速兽挑战胜负。于是音速兽在行驶中，对加鲁鲁兽发动了危险的攻击。这是曾经很流行的“ Tessles”规则，开车时所有的攻击都可以。 但是，听到过去的音速兽是干净赛车手传闻的加鲁鲁兽，提出要进行纯粹的速度比赛。

在继续旅行的太一他们面前，突然出现了一个令人毛骨悚然的数码兽十数兽。因为十数兽放出的奇怪的光芒，太一他们被吸入了体内。十数兽的内部变成了一个不可思议的空间，太一一他们散落在地上，至今为止打倒了无数的数码兽们向他们袭来。不管是消灭再消灭，敌方数码兽都会复活。此外，大和的弟弟高石岳和搭档巴达兽会和因缘很深的恶魔兽见面。

围绕着荒野水源展开激烈争斗的两个数码兽军团，将丈和哥玛兽分别抓走。为了救出亚古兽而独自行动的太一，与称为“水源看守人”的老兵稻草人兽同行。稻草人兽曾经为了守护水源的和平而战，却败下阵来。由于两个数码兽军团为了独占水源而激烈争斗，水源周围一片荒芜。太一听说了稻草人兽的事情后，向两队敌人宣称“一起摧毁它吧！”到底太一的作战计划是什么呢......

太一一行人到达富尔加，却遭遇了恶毒的究极体数码兽无限龙兽。它吸收了比丘兽、巴鲁兽和哥玛兽的数据，使他们无法作战。与此同时，太一收到了来自狮子兽的信息，他正在黄金乡兽上旅行，同时为难民数码兽提供住处：“奇怪的事情正在发生！云端大陆要塌了！”没过多久，连钢铁加鲁鲁的数据都被吸收了，他无法战斗。无限龙兽以其其强大的无限大炮对孩子们和搭档数码兽予以最后一击。太一和战斗暴龙兽冒着生命危险在无限龙兽的冲击下保护着大家。

大和、空和光子郎试图阻止千年兽的复活，但狮鹫兽攻击了钢铁加鲁鲁，这超出了他们的控制。当太一的妹妹小光陷入绝望时，美美试图安慰她。但是小光失去太一深感悲痛。

在千年兽的狂怒中，小光和其他被选中的孩子们不知道太一和战斗暴龙兽是死是活，但他们选择相信自己还活着并战斗。当数码世界即将被黑暗包围的时候，所有的数字世界都在为和平祈祷，唤醒了一场没有人预测到的进化。

孩子们战胜了与千年兽的最后一战，当他们收到垃圾桶兽的信息告诉他们，他在一个叫“信息之树”的地方发现了一个与数码世界上出现的树冠一模一样的东西。孩子们赶紧赶到那里，在那里他们与垃圾桶兽重逢，遇到了在收集数码世界的信息的贤者蒙。在那里，他们找到了一间刻有八个徽章的密室，并了解到被选中的孩子们所承担的更进一步的责任。

为了避免数码世界的“巨大毁灭”，孩子们开始了新的冒险。在被徽章引导的旅途中，太一和空顺道去了火山活动频繁的岛屿。在那里遇到了负责岛屿建设工作的数码兽。为了保护岛上的数码兽们不受即将到来的火山喷发的影响，废品兽努力增设堤坝。虽然空帮助它们，但是途中比丘兽受伤了。为了不让比丘兽勉强自己一个人工作的空和希望和空在一起的比丘兽。两个人的心情慢慢地擦肩而过。

丈和哥玛兽去温泉，他们发现在过去为了治疗巴达兽和迪路兽。然而，他们正在寻找的温泉干涸了，一座巨大的豪宅已经盖好了。这所房子的主人，热爱温泉的怪蛙皇垄断了热水。不仅如此，怪蛙皇喜欢上了哥玛兽并将其抓获，声称哥玛兽是他的妻子。丈和其他人被赶出家门，甚至无法接近怪蛙皇和哥玛兽。然后，丈想出了一个计划。

在前往下一个目的地的途中，太一和他的朋友们进入了一片荒地，那里住着流氓，他们整天在打架。在那里，他们遇到了萌萌兽和叛逆兽。叛逆兽是一个凶猛的数字游戏玩家，他突然攻击太一和其他人。叛逆兽说：可爱的萌萌兽只是一个讨厌的东西，它吵吵嚷嚷地跟着它，然后独自一人去和吵闹的野猪兽搏斗。不过，太一和亚古兽跟着他，两人的团队合作帮助叛逆兽在与野猪兽的比赛中离开了一个糟糕的结局。虽然叛逆兽说他更喜欢独自战斗，但一些已经完全失去的记忆又回到了他的脑海。他曾经是他们认识的奥加兽…

太刀川美美回到他们第一次在数码世界里度过时光的种子兽村。然而，一所数码学校在那里建立了。婆婆兽自称是这所学校的校长，他说服美美和巴鲁兽去尝试这所学校。然而，这些课程是如此的严格，他们觉得他们正在崩溃。他们想逃跑，但渐渐地意识到婆婆兽的严格指示是有原因的。就在这时，因争执而辍学的番长豆豆兽带着他的追随者们来“致哀”

午夜时分，大和和加布兽遇到了像亡灵一样的斩伐兽，它挥舞着巨大的剑，不断地砍倒数码兽们。可怕的是，对斩伐兽来说，所有的攻击都会穿透，所以就连战斗都是不可能的。从帮助了袭击中幸存的数码兽的流光兽那里，两人知道，在一个害怕赞巴蒙的小村落里，曾经有一个像封印斩伐兽的剑士一样的数码兽。要打败斩伐兽，你需要一把剑士用过的传说中的剑

太一的妹妹小光&搭档迪路兽和大和的弟弟岳&搭档巴达兽一起到访花龙兽变成森林的土地。显然这是小光要寻找的目的地。这片森林已经变成了一个地方，在那里，数码蛋，也就是数码兽孵化出来的蛋，得到了培育，这群人与五彩兽和其他人团聚。根据他们的说法，猛鬼兽会时不时出现，以阻止一些数码蛋的孵化，这就是五彩兽和他们最终保护它们的原因。太一和亚古兽加入了他们，但不久之后，他们受到了骷髅巨犀兽的攻击，一个充满盛怒地厌恶“生活”并闻到了神圣数码兽的到来的数码兽。太一和其他人带着即将孵化的数码蛋逃进森林，而小光和神圣天使兽（？）留下来面对骷髅巨犀兽并保护剩下的数码蛋。

太一的妹妹小光&搭档迪路兽和大和的弟弟岳&搭档巴达兽一起到访花龙兽变成森林的土地。显然这是小光要寻找的目的地。这片森林已经变成了一个地方，在那里，数码蛋，也就是数码兽孵化出来的蛋，得到了培育，这群人与五彩兽和其他人团聚。根据他们的说法，猛鬼兽会时不时出现，以阻止一些数码蛋的孵化，这就是五彩兽和他们最终保护它们的原因。太一和亚古兽加入了他们，但不久之后，他们受到了骷髅巨犀兽的攻击，一个充满盛怒地厌恶“生活”并闻到了神圣数码兽的到来的数码兽。太一和其他人带着即将孵化的数码蛋逃进森林，而小光和神圣天使兽（？）留下来面对骷髅巨犀兽并保护剩下的数码蛋。

在“知识之纹章”的指引下，光子郎和他的伙伴甲虫兽回到了岩石重叠的大峡谷。等待他们的是分子兽，一个对知识充满狂热的数码兽。为了确定谁是知识的真正使用者，分子兽向光子郎挑战一个益智游戏。太一与光子郎会合，为了拯救被扣为人质的巨鲸兽，他们面对分子兽准备的地牢。然而，很明显，每当一个谜题在地牢里被错误地解决，他们的一个朋友就会被带走。

由于一个未知的原因，丈和他的搭档哥玛兽住的温泉干涸了。如果不尽快采取措施，所有住在温泉的数码兽都会冻僵。作为领袖，丈决定前往南方的传说天堂。一路上，他恰巧遇到了美美和巴鲁兽，两人会合继续旅程。然而，奥列格兽领导的一伙海盗袭击了他们，丈被当作战俘。

在旅途中，高石岳和巴达兽与拼命爬山的黄金乡兽重逢。 他们还与狮子兽重逢，狮子兽告诉他们黄金乡兽正试图利用这座山返回云大陆的故乡。 在山脚下，重力兽（经常发表冷嘲热讽）以及狮子兽救出的许多其他数码兽都在注视着艾多拉迪兽的努力。 他们都看得出来，以黄金乡兽的巨大体型，登上山顶是不可能的。 尽管如此，阿岳还是竭尽全力实现了黄金乡兽的愿望。

跟随她的数码机，武之内空和比丘兽来到了耕地，在那里她们帮助问答蒙、废品兽、五彩兽 等数码兽帮助把荒地变成了耕地。 他们计划有一天将这片土地改造成数码兽的天堂。 八神太一和亚古兽与他们见面。 然而，一个偶然的机会，在地下沉睡的古神兽醒了，变得狂暴起来。 太一和暴龙兽面对他，但古神兽的攻击让暴龙兽变回亚古兽，让空和伽楼达兽独自战斗。 在战斗中，古神兽的“古代战争的记忆”涌入了空和伽楼达兽的脑海。 那是对激战中发生的事情的记忆，是古神兽与将他封印的丘比兽之间发生的悲剧。

太一和亚古兽出现在神秘的城堡中。 女武神兽在那里等着他们，将太一和亚古兽分开，将太一丢进了一个充满暴力数码兽的未知世界。 太一对突如其来的事态发展感到困惑，但从即将进攻并寻找出口的哥布林兽手中救了一只幼年黑球兽。 在没有亚古兽帮忙的情况下保护黑球兽时，太一面临着一个又一个挑战。 女武神追求什么？

太一和其他被选召的孩子再次聚集在知识之树。 找到了揭开纹章之谜的钥匙，他们得出了什么答案？ 他们冒险的真相很快就揭晓了。 与此同时，数码世界中的异常现象正在一点一点地涌现。 景色变成白色、空旷的空间，无视物理定律。 Thie是即将到来的“大毁灭”的开始。 能够阻止的只有被选召的孩子和他们的数码兽。 终于，决战开始了！

情报大树上出现的白色龟裂和触手。它在增殖的同时，将空间化为白色的虚无。并且在太一等人面前出现了阿尔戈兽完全体，只把太一等孩子们强行拉进白色的无的世界和亚古兽们分裂，不让他们进化之后说。“这就是负面兽的本能，不久一切都会被吃光，化为无”。这时，两个阿尔戈兽的究极体突然出现，一个袭击白色空间的太一等人，另一个开始袭击情报大树中的亚古兽们。“一定要去太一他们那里!”亚古兽和他的伙伴们，在无数触手和阿尔戈兽究极体的猛攻下，总算和太一他们会合了……

负面兽，他们最危险的敌人，发展Kuzurumon出现在他们的眼前。Kuzurumon在数字世界和现实世界之间自由地跳跃，吞噬它所经过的所有区域，并将它们变成虚无。为了不让他们的世界消失，8个数码宝贝伙伴，从战斗暴龙兽开始，进化到究极体，挑战Kuzurumon。然而，Kuzurumon的力量是巨大的。一个接一个，他们的数码暴龙被吹到未知的空间。由于他们对久鹤门的攻击都失败了，太一和大和继续拼命战斗，即使他们已经崩溃。

Omegamon出现在最后,面对怪物Abaddomon吞噬数字世界和现实世界中把它们变成虚无,以及人形Abaddomon核心,潜伏在它的中心。在绝望的人群中，只有世界上的孩子们相信奥米加兽的胜利。为了战胜邪恶的敌人，承载着无限潜能的天选之子们的愿望，以及他们的数码宝贝伙伴们，为奥米加兽带来了另一个奇迹。