因涉嫌谋杀物理学家海因茨而被追捕的少女艾丽丝，在黑道也被巨额悬赏通缉。赏金女猎人娜蒂在墨西哥的乡村小城中发现了艾丽丝，并从其他赏金猎人手中救下了她。从收留了艾丽丝的老占卜师那接收了神秘的印加玫瑰原石和谜之话语“Winay Marka”的两人，在躲避追兵的同时，朝向艾丽丝的故乡“南方”进发。

艾莉丝与娜蒂因吉普车半途熄火而来到路旁的餐厅。当知道了娜蒂赏金猎人的身份时店主弗丽达表现得十分冷淡，此时娜蒂不小心打坏了店里的器材，二人不得不在餐厅打工偿还。没过多久，谜之少年L·A突然出现在餐厅旁，追捕艾莉丝的赏金猎人也嗅到了二人的踪迹。

当娜蒂在乡村小城中买东西时，城镇警察发现了艾莉丝通缉犯的身份。两人在山道中逃亡却走到了绝路，此时又恰逢山雨。为了避雨，娜蒂与艾莉丝在附近找了一间无人小屋留宿。然而，被偷走吉普车的人妖赏金猎人步步逼近，L·A又再度出现在两人的面前。

受到人妖赏金猎人的追击，娜蒂与艾莉丝逃进了修道院。正当穷途末路之际，修女们与年迈的修道院长向她们伸出了援手。与此同时，中央情报局内，会计监查科的赫瓦德开始秘密侦查罗森伯格的行动。根据苍瞳的报告书，艾莉丝的过去渐渐变得明晰起来。

为了修理吉普车而在某个山村中落脚的娜蒂与艾莉丝，在村里遇见了憧憬大城市的姑娘丽塔。丽塔请求娜蒂将自己带到城里，却被娜蒂以危险为由果断拒绝。不甘心的丽塔摸进商人何塞车里却被逮个正着。从那之后，事态开始急转直下。

到达城镇的娜蒂，偶然遇见了前男友——流浪乐队吉他手米盖尔，但她非但没有感到高兴反而立马狠揍了他一拳。原来少女时代的娜蒂，曾被米盖尔骗去了钱财与感情。然而米盖尔却丝毫没有忏悔的样子，并引诱娜蒂前往酒店。虽然惊于米盖尔厚颜无耻的行为，娜蒂却怎么也放不下这段感情。

已经在野地露宿了好几个晚上的娜蒂与艾莉丝，终于搭上了便车并来到一个奢华的宾馆。在宾馆大厅，两人遇见了等待利卡路德归来的少女莉莉奥。三人很快就成为了朋友，但娜蒂的钱包也因此告急。为了摆脱窘境，娜蒂打电话申请追加补助并暂时出门。暴风雨夜，利卡路德与L·A正在遗迹中对峙。与此同时，艾莉丝与莉莉奥也在宾馆中一同等待着。

在黑手党麇集充满杀气的镇子上，娜蒂不慎卷入了坎德拉家族的内斗被流弹击伤。好在艾莉丝及时发动能力取出了子弹，娜蒂才逃过一劫。目睹了这一切的坎德拉家族二把手塞尼奥尔・桑切斯，将艾莉丝带到了他们的头目恩里克面前。

为了躲避赏金猎人的追杀、无意中来到废弃矿坑中的艾莉丝与娜蒂，遇到了寻找传说中“银之十字架”的奇异少女伊莉丝。伊莉丝虽然打扮得像个不谙世事的大小姐，工作起来却毫不马虎。从伊莉丝那得到了水和汽油的二人，为了报答伊莉丝而帮助她一起挖掘。这时，赏金猎人也悄悄潜入了矿坑之中。

娜蒂与艾莉丝在街头救下了被混混纠缠的男子安东尼奥，并被安东尼奥邀进了他与妻子玛尔加丽塔共同经营的脆塔可饼店里。夫妇俩卿卿我我的背后，安东尼奥一直藏着一个不能对妻子说的秘密。另一方面，赫瓦德潜入了罗森伯格的办公室，并在罗森伯格的抽屉里发现了远超她想像的东西。

旅行途中，娜蒂与艾莉丝路过一座崇拜魔女的奇特村庄。在那里，娜蒂发现被称为魔女的娜塔丽娅就是曾经名噪一时的超能力少女娜斯塔夏。另一方面，娜塔丽娅也察觉到了艾莉丝身上不可思议的力量，并请求艾莉丝与她共同生活。此时，一场有关艾莉丝与利维坦项目的会议正在秘密召开。

苍瞳所属组织中的过激派发动了“夜之律令”，娜蒂与艾莉丝在城镇被身着古怪装束的刺客们袭击。到处寻找电话的两人，幸运地乘上了枪械迷奥特加的改造大货车。对艾莉丝颇感兴趣的奥特加，主动提出要帮助她们。

受印加玫瑰原石的指引，娜蒂与艾莉丝终于到达了目的地。那里是因传染病爆发而毁灭的废弃街区。被耸立在废墟中央的高塔吸引过去的艾莉丝，立马受到了特殊部队的截击。激烈的枪战中，艾莉丝与娜蒂走散了。此时L·A突然出现在孤身一人的艾莉丝面前。废弃的高塔之中，在那里两人终于知晓了真相。

被森林与湖泊环绕的山庄，那里是年轻的物理学博士海因茨·修奈达与实验体艾莉丝共同生活过的地方。艾莉丝作为实验体成长的同时也开始萌生自我意识，沉溺于其中的海因茨，被罗森伯格委婉暗示。渐渐地，艾莉丝与海因茨之间产生了超越研究员与实验体立场的情感。然而，由罗森伯格编写的悲剧却正要拉开帷幕。

罗森伯格的幕后支持者、参议员汉斯・里德根被临时调查局逮捕，罗森伯格也因为与政界的勾结暴露而下台。尽管对这样的收场疑问重重，苍瞳却还是收到了艾莉丝的回收指令。另一方面在温泉旅店，知道了艾莉丝出生真相的娜蒂犹豫着要不要把这件事告诉她。正当娜蒂下定决心坦白之时，利卡路德与莉莉奥再度出现在二人面前。

解除了与苍瞳的契约之后，娜蒂按照自己的意愿与艾莉丝一同行动。然而，由于苍瞳报复性地将娜蒂的银行账户冻结，两人很快就因为金钱的问题陷入了窘境。万般无奈之下，娜蒂与艾莉丝在一家“老友牌”脆塔可饼店开始了打工赚钱的生活。经过了严格的新人培训、流氓地痞的骚扰、L·A的干预等一系列事件之后，艾莉丝第一次体验到了愤怒的滋味。

为了赚取比打工更多的钱，在艾莉丝的提议下，娜蒂麻利地操起了赏金猎人的旧业。以卷走组织钱财的男子格雷罗为狩猎目标，两人在城镇中搜查时偶然遇见了利卡路德一行，并惊讶地发现双方盯上的是同一个悬赏犯。因为罗森伯格的失势，利卡路德同样也在为金钱犯愁。经过一番讨价还价之后，娜蒂与利卡路德暂时结成了同盟。

娜蒂与艾莉丝寻着L·A留下的标记向永恒之所“Winay Marka”进发。在一座小镇上，因为娜蒂的误判令艾莉丝的挂坠不慎被车轮碾碎，使得艾莉丝很不高兴。两人僵持了一路之后来到了谜一般的老人独自一人经营的旅店，利卡路德与莉莉奥也像是尾随着她们一样在这间旅店住下。茶点途中莉莉奥无意中吹起Kokopelli之笛，勾起了娜蒂的回忆。

娜蒂与艾莉丝在旅途中偶遇了汽车没油的利卡路德一行，在机车修理店，店主出乎意料地将利卡路德与娜蒂错认成夫妇，并送了他们几张特别晚宴的入场券。看着利卡路德与娜蒂在同一桌愉快享用晚餐的样子，艾莉丝不禁妒火中烧。另一方面，从组织那接到了捕获艾莉丝指令的苍瞳一派，正秘密监视着四人所在的高级酒店。

在某个小镇上歇足的时候，娜蒂被L·A操纵的警察逮捕并关进了看守所。艾莉丝急切地想要救回娜蒂，但被利卡路德冷静地劝服。待到夜幕降临，艾莉丝在利卡路德的掩护下潜入了警察局。与此同时在看守所内，愤怒的L·A正疯狂地向娜蒂发起攻击。

苍瞳一直只是确保艾莉丝的安全却从未向前迈进一步。怀疑苍瞳故意拖延捕获计划的议长，为试探苍瞳的真心而对她下达了排除娜蒂的最后通告。万不得已执行狙击任务的苍瞳将来福枪的枪口对准了娜蒂，而此时的娜蒂与艾莉丝却沉浸于捕捉火鸡的过程之中，对背后袭来的杀意浑然不觉。

娜蒂从谜一般的老者那听闻了魔女之村的传说，并确信那里就是她们一直在寻找的“永恒之所”。为了挣取面包钱，两人追捕着被通缉的美洲狮，却在不知不觉中被L・A引诱到了山头遗迹。遗迹石柱上的印加玫瑰石块与艾莉丝手中的原石产生共鸣，使艾莉丝释放出惊人的力量。另一方面，察觉到时机已经成熟的罗森伯格，将恋人留在别墅并开始了行动。

娜蒂因艾莉丝力量的暴走不慎负伤。在病房里，苍瞳向众人诉说着魔女的秘密与罗森伯格的阴谋。跨越过去的固执并见证了彼此真意的苍瞳与娜蒂，两个人之间关系前所未有地融洽起来。然而，此时的艾莉丝却因为害怕再次伤害到娜蒂，选择了独自一人离开。

终于现身的罗森伯格为了唤醒艾莉丝的力量意图枪杀娜蒂，而一旁的利卡路德也将枪口对准了罗森伯格。利卡路德想要杀死罗森伯格，但因为罗森伯格掌握着艾莉丝想要知道的真相，最终被娜蒂阻止。从那里飘然而去的罗森伯格完全控制住了L・A，并对他下达了除掉利卡路德的命令。

一路上相互扶持相互依靠的娜蒂与艾莉丝，历经千辛万苦终于到达了永恒之所“Winay Marka”。在那里身着羽衣的罗森伯格早已等候多时。不慎掉入罗森伯格所设的陷阱之中，艾莉丝魔女的力量开始觉醒。意识渐渐模糊的艾莉丝，向娜蒂下了最后的委托。

罗森伯格一战结束后，娜蒂与艾莉丝开始了安稳的隐居生活。已经成为脆塔可饼店支部经理的苍瞳找到了娜蒂她们的住所，并带来了利卡路德与莉莉奥的消息。然而这样风平浪静的日子并没有持续多久，以人妖赏金猎人的袭击为契机，娜蒂与艾莉丝又再次踏上了未知的旅途。