在关都地区的某个森林里，有一只孤独的皮丘。那只还年幼的皮丘，有着相遇与离别的经验。这是与小智一起的皮卡丘在开始旅行前，动画《宝可梦》所有故事的开端。

小智和皮卡丘跟大木博士一起了去在关都地区的枯叶市新设立的樱木研究所。在研究所，他们听说了传说的宝可梦出现在枯叶港的情报。小智他们为了跟它对战而前往港口，与此同时，一个来自枯叶市的叫做小豪的少年也确定了传说的宝可梦的身份，于是他也前往了港口……

小智和小豪已经成为了关都地区枯叶市的樱木研究所的特别研究员，他们的第一个任务就是去调查在城市里的妙蛙草的大行进。他们一进城，就看到所有的妙蛙草都走向某个地方。小智和小豪将要去发现有关妙蛙种子、妙蛙草和妙蛙花的秘密！

小智和小豪听说在伽勒尔地区的宝可梦有巨大化现象，为了去调查这个不可思议的现象，他们两个马上前往那里。抵达伽勒尔地区后，对美丽的宫门市和着名的司康饼着迷的两个人，与在这城市中恶作剧的陌生宝可梦们相会……

为了调查宝可梦的巨大化现象，小智和小豪到了伽勒尔地区。在与宁静的草原相连的旷野地带，他们遇到了特别巨大的卡比兽。另一方面，二人在宫门市遇到的宝可梦・炎兔儿，也追着小豪来到了旷野地带……

首次收服到宝可梦炎兔儿的小豪，以收服为目标的他要进一步的收服更多宝可梦而与小智一起到枯叶森林去。由陷入苦战的的绿毛虫收服开始，小豪接连收服虫属性宝可梦。小豪是否能收服到关都地区的所有虫属性宝可梦吗！？

小智与小豪前往丰缘地区参加对战大会“对战开拓区・玻璃哨大会”。首次挑战宝可梦对战的小豪的对手是来自釜炎镇的焙志。要对付焙志派出的大狼犬，小豪须以良好属性的攻击来进行挑战。另一方面，小智展现出连战连胜的快速进攻。这样的小智将派出最重要的难道是那只宝可梦！？

在枯叶市的港口小智和小豪遇见了一只消瘦憔悴的波加曼。将波加曼带回研究所后，从它的训练家美崎那接受了寻找行踪的委托。没想到这只波加曼是从神奥地区游泳过来的。为了将它送回美崎的身边，小智和小豪向着神奥地区出发了！

城都地区的圆朱市报道了目击到传说的宝可梦・凤王的相关情报。小智和小豪前往圆朱市一探究竟，却立刻就发现了形似风王的宝可梦！然而那是少年克里欧制作的假风王。似乎克里欧之所以会这么做，是因为他无论如何都想让祖父杰伊看到凤王。那么真正的凤王究竟能否出现呢？

小智和小豪从樱木博士那里得知了“据说有座快龙们栖息的岛屿”的传闻，为了寻找那座岛屿他们踏上了旅途。搭乘途中小豪收服的白海狮出海的两人卷入了突如其来的暴风雨，被海浪冲走了。当两人在某座岛的海岸醒来时，出现在他们面前的是数量繁多的快龙们！

虽然有身为宝可梦博士的父亲，但小春本人对宝可梦却很冷淡。尽管家里的来电汪与她亲近，但周围充斥着“博士的女儿喜欢宝可梦是理所应当的吧”这样刻板的声音，对此小春很是心怀芥蒂。就在这时，樱木研究所出现了一只让大家头疼的谜之耿鬼……

从樱木博士那里听说角逐世界最强宝可梦训练家的大会“宝可梦世界锦标赛”，得到决赛门票的小智和小豪，为了能够第一时间见证这一刻，两人前往场馆所在地的伽勒尔地区。决赛双方是制霸关都地区四天王杯的阿渡和伽勒尔地区未尝败绩的超级明星丹帝。无败之男·丹帝的实力究竟如何？

宝可梦对战大会的决赛后，在体育场上，小智和小豪对面的暴噬龟极巨化了，这时小智的皮卡丘被红光所包围……！？

小智和小豪为了调查沙漠地带度假地发现的“巨神遗迹”而前往合众地区。他们穿过沙漠，终于到达了遗迹。然而在里面等待着他们的是众多陷阱！这是“不要接近巨神”的信息吗？他们能否安全地解开遗迹之谜并出来呢！？

由于樱木研究所的系统故障，小豪回到许久不见的双亲与外祖母的家。但是在久别重逢的喜悦心情下，小豪的父母因为突然的工作而晚些回家。小豪在家附近的公园看到被猴怪袭击的卡拉卡拉，便与炎兔儿一起救助卡拉卡拉。但是卡拉卡拉最重要的骨头被猴怪给拿走了，因此小豪与宝可梦们一起帮忙寻找卡拉卡拉的骨头！

最近在樱木研究所中发生了物品被破坏、房间被弄得一团糟等不可思议的事件。这些事件的犯人竟然就是以前出现在研究所的耿鬼。小智与小豪下定决心要把耿鬼给收服。但就在这时，小智险些摔下台阶、误饮花瓶中的水……小智突然变得奇怪，难道是被耿鬼给诅咒了？

小智和小豪在樱木公园练习着战斗，此时达摩狒狒却过来挑衅道“试着使出火属性招式吧”。炎兔儿受到了挑战，它想使出“火花”却不是很熟练，结果被达摩狒狒当作笨蛋嘲笑了。一边是因为不甘心而不断练习着“火花”的炎兔儿，而另一边是抱着“火花不能用的话就用现在能用的招式战斗就可以了”这种想法的小豪。两人的想法出现了分歧，不知不觉就吵了起来。

以与丹帝的对战为目标，小智决定要挑战“宝可梦世界锦标赛”。值得纪念的初战对手是受枯叶道馆的道馆馆主马志士所托而看守道馆的、擅长使用电属性招式的碧斯葵兹。2对2的宝可梦对战，首先是碧斯葵兹的雷丘对上小智的皮卡丘，到底胜负如何？

火箭队为了推荐女演员武藏而来到电影的拍摄地。在那边有个无法顺利变身让导演愤怒与低落的百变怪。由拍摄地逃出的百变怪，不知什么时候躲入武藏的包包里而被带到火箭队的基地。在那里武藏发出“女演员要重新训练百变怪”的宣言。就在这时，小智和小豪也在寻找不见的百变怪！

在樱木研究所举办的“宝可梦定向越野赛”中，小智和小豪担任领队。与参赛的孩子们一起愉快地进行宝可梦对战与收服的两个人，重新确立各自未竟的“梦想”。在那里，洛奇亚又出现了！？

宝可梦的蛋据说还有很多谜团。小智和小豪实为了寻找蛋而去寻找它，但是蛋并不是那么容易就能找到。在这期间，他们在顺路去的口袋妖怪中心，遇到了长时间孵化不出来的不可思议的蛋。乔伊把这颗宝可梦蛋交给小智那里得到了蛋，让他照顾这颗蛋，里面的宝可梦能否顺利孵化出来呢？

为了调查一年中只发生在限定期间内的“狩猎凤蝶迁徙”现象，小智和小豪来到了丰缘地区的未白镇。在调查时，小豪邀请腾蹴小将一起去捕捉刺尾虫，腾蹴小将却视若无睹。这件事让小豪备受打击。这天晚上，腾蹴小将从他们借宿的宝可梦中心溜了出去。它到底去了哪里？

在樱木公园中，宝可梦的食物不知不觉中消失了！？饿着肚子的宝可梦们开始吵架了！为了抓住犯人，小智和小豪决定夜晚留在樱木公园中。在愈演愈烈的宝可梦们的打斗中，盾甲茧它们出现了进化的征兆……然后，想要保护盾甲茧它们免受骚动的泥偶巨人胸前的封印脱落了，它开始暴走，整个公园陷入了大危机！

火箭队的老大坂木命令火箭队的每个人都休假。火箭队三人组的各位在神奥地区的湖畔高级宾馆度假悠闲放松的时候，偶然遇到小智与小豪来调查。说着“这是一个抓住皮卡丘的好机会！”并热血沸腾的火箭队三人组，但在这里工作的话就是违反命令。就在这时，坂木的秘书真鸟率领火箭队的精锐部队出现，夺走了岛上的宝可梦。火箭队三人组隐瞒了身份，协助了小智他们！？

小智决定参加在卡洛斯地区举办的对战大会，这个大会聚集了很多参加宝可梦世界锦标赛的参赛者，是提高排名的绝好机会。顺利晋级的小智与曾经在卡洛斯地区战斗过的道馆馆主可尔妮进行了一场事关能否进入超级球级的对战，小智将如何面对可尔妮的超级路卡利欧呢？

a)小豪报名参加了“鲤鱼王跳高大会”。但是小豪的鲤鱼王胖乎乎的，好像怎么也拿不了优胜。于是小豪参考了大会的绝对王者春旺的肌肉训练动画，开始了对鲤鱼王的特训。b)小智和小豪来到了呆呆兽之岛，那里放眼望去到处都是呆呆兽。接着呆呆王的出现，让小智发生了神秘的变化。

为了观看大型比赛宝可梦世界锦标赛的正式比赛，小智与小豪来到了伽勒尔地区，两人对前八名所属的大师级之间的对决充满期待、十分兴奋。备受瞩目的对战力第一名、小智的目标——最强王者丹帝和他的对手伽勒尔地区的龙之道馆的道馆馆主奇巴纳之间的战斗，热血男儿们的战斗现在开始了。

继续停留在伽勒尔地区的小智与小豪，他们在那里遇到了胆小爱哭的宝可梦泪眼蜥。泪眼蜥很害怕，马上就哭了。由于眼泪中含有的成分影响，小智他们的眼泪也止不住了。泪眼蜥一碰到水就消失了，小智他们的眼泪也止住了，但泪眼蜥的身影却消失了。与此同时，火箭队也来到了伽勒尔地区。

在宝可梦博士之一的樱木博士的家里，今天仍然跟往常一样过着日子。在这里，身为家中一份子的来电汪，发现了一只受伤的豆豆鸽并把它带回了家里。樱木博士的孩子小春与苍太在照顾豆豆鸽的过程中，被它那可爱的样子深深吸引。来电汪好像不喜欢它……

在赢得了宝可梦世界锦标赛的后，利欧路感觉很高兴。但小智只顾着训练利欧路，使得感觉被冷落的皮卡丘忍耐到了极限，最终决定离开樱木研究所！虽然魔墙人偶追上它并尝试着劝它回去，但皮卡丘却心意已决。皮卡丘与魔墙人偶，这两只宝可梦的奇妙旅途的目的地是……真新镇？！

小春的弟弟·苍太，找到小智和小豪寻求帮助，他告诉二人他的朋友波美因为大家都说她的宝可梦一点都不可爱而感到烦恼。她的宝可梦是一只据说是世界上最丑的宝可梦·丑丑鱼。为了得到大家的认可，波美和丑丑鱼想在“水属性宝可梦友好华丽大赛”上获胜。事实上，丑丑鱼隐藏着一个惊人的秘密！！

3年前，小豪在城都地区的桧皮镇的一次家庭旅行中，遇到了一名叫做时畅的想要寻找幻之宝可梦·时拉比的男孩。两位志同道合的男孩决定一起去寻找时拉比的踪迹，但时拉比并不是那么容易就能被找到的，他们最后只好各自回家，并相约“明天再一起寻找”。但第二天时畅并未出现在二人约好见面的地点……时过境迁，当小豪再次拜访桧皮镇时，他们重逢了……

小智和小豪来到了在枯叶市的宝可梦中心举办的“宝可梦交换活动”。二人在那里遇见了想要凯罗斯的训练家、自称“神奥虫宝可女王”的帅蜜。小豪不舍得自己的凯罗斯，决定帮助帅蜜寻找野生的凯罗斯来进行交换。帅蜜利用她的特制甜甜蜜实行引诱凯罗斯出来的作战。不料，被引诱出来的却不是凯罗斯，那些家伙是！？

为了寻找宝可梦世界锦标赛的下一个对手，小智和小豪因而造访了位于金黄市的格斗道场。虽然小智很想挑战道场的主人空手道大王，但空手道大王正在和其他挑战者进行宝可梦对战。前去观战的小智和小豪看到的却是空手道大王败北的身影！挑战者是来自伽勒尔地区的格斗道馆馆主·彩豆和她的搭档·八爪武师。小智向彩豆提出了挑战！

看着小智与皮卡丘，小豪突然也想收服皮卡丘。从樱木所长那里得知在某个地方大量出现皮卡丘的消息后，小豪立刻决定前往那里。在那里，小豪遇见了以喜欢照顾同伴的雌性皮卡丘为首的大量皮卡丘。皮卡丘们从岩壁上凿出了雷之石，想要使用这股力量进化成雷丘。在这种情况下，小智的皮卡丘也散发出了进化的光芒……

自小智和彩豆的对战以来，小智一直在正式对战中处于失调的状态。在这种情况下，丰缘地区的紫堇市发生了奇怪的巨大沙暴。据说这场沙暴会发出美妙的歌声吸引人们进入。为了确认是不是未知的宝可梦引发的事件，小智与小豪前往当地进行调查。挑战沙暴谜团的两人不久便和强大的宝可梦·沙漠蜻蜓战斗。小智被沙漠蜻蜓的速度所摆布，而小豪则实施了惊奇的作战！

小智与小豪为了收服“阿罗拉的样子”的椰蛋树而来到了阿罗拉地区的美乐美乐岛。小智之后还与库库伊博士以及过去在宝可梦学校的大家和宝可梦们再会。对小豪来说，这是他第一次与大家见面，因而显得有些紧张。在大家于宝可梦学校为两人举办的欢迎派对上，小智的同学卡奇对小豪说“想看清楚你是否适合作为小智的劲敌！”，而向他提出进行宝可梦对战的挑战。小豪决定接受这场挑战！！

小智与小豪参观了在深灰市的科学博物馆举办的“大化石宝可梦展”，小春也为了完成学校的自由研究而一起来到了这里。三人决定参加只要挖到状态完好的化石就能将其复活成宝可梦的充满浪漫的“挖掘化石体验”。为了收服化石宝可梦，全神贯注地寻找化石的小豪挖到了携带古代宝可梦遗传因子的“秘密琥珀”。究竟会是怎样的宝可梦被复活呢？

小智为了与在宝可梦世界锦标赛的正式对战上将他完全打败的伽勒尔地区的道馆馆主·彩豆再战，造访了她在城都地区湛蓝道馆的修行地点。彩豆接受了小智的挑战，在小豪和湛蓝道馆的道馆馆主·阿四的见证下，对战开始了。充满复仇心的小智和利欧路面对上次使他们完全落败的八爪武师的“蛸固”，尝试了某种破解方法。胜负的走向究竟会如何发展呢？

蓝天白云的好天气。突然有一朵巨大的雷云正迫近在樱木研究所开心地享用刨冰的小智等人。他们侦测到强大的生物能量，竟得知传说的宝可梦・闪电鸟可能就在附近。在樱木研究所周边不断停电的情况下，小智与小豪因为小豪的“灵光一闪”而来到某个地方，成功遇到闪电鸟。立刻挑起对战但敌不过对手的两人决定跟在场的令人意想不到的“帮手”合作进行一场团体战!!

火箭队的喵喵突然病倒了！一直依赖喵喵翻译“小智的皮卡丘在说什么”的武藏和小次郎决定借此机会进行特训让自己也能理解皮卡丘的语言。他们一边看着偷拍的皮卡丘的影片，一边朗读台词配音。小智与小豪在雨后的森林里遇到一只被埋在地里动弹不得的沼跃鱼，正当他们打算想办法帮助沼跃鱼脱身的时候，出现了一只乐天河童。

一天夜里，小智看到他从伽勒尔地区最强的训练家丹帝那里得到的极巨腕带自然地发出了光芒。另一方面，在伽勒尔地区，本来不可能的地方发生了宝可梦极巨化的现象。为了解开极巨腕带的谜团，小智与小豪前往伽勒尔地区打算拜访研究极巨化的第一人木兰博士。但途中两人在被浓雾笼罩的森林里走散，遇到了不可思议的宝可梦们。

在伽勒尔地区，小智和小豪正在分头行动。小智与丹帝一同成功制止了在矿山大闹的超极巨化巨炭山，并遇见来到这里视察的马洛科蒙集团的总裁洛兹。另一方面，偶然重逢的小豪和探索伽勒尔地区的英雄传说的索妮亚一起来到住在木杆镇的木兰博士那里。身为索妮亚祖母的博士所告诉他们的是有关极巨化的秘密!!

为了解开英雄传说之谜而来到溯传镇遗迹的小豪和索妮亚遭遇可疑男子的袭击，在双方进行极巨化对战的过程中，在因冲击而毁坏的壁画深处，他们发现了某两只宝可梦的石像。小豪跟小智通话，告诉他关于英雄传说的新的真相。与此同时，拳关市出现了巨大的冲击和红色光芒！洛兹一直在暗中助其复活的传说的宝可梦・无极汰那，终于飞了出去!!

朝着传说的宝可梦・无极汰那的方向前进的小智和小豪，分别遭到洛兹和奥利薇的阻挠，展开对战。千钧一发之际，小智的利欧路和小豪的腾蹴小将发生了变化…!?另一方面，先一步与无极汰那展开对峙的丹帝，跟它进行了激烈的交战。终于，无极汰那提升力量变为最终形态。在穷途末路的小智和小豪面前，那些宝可梦出现了!!

在远海的孤岛・虚无岛发现了被认为是梦幻的精神能量！小智与小豪满怀期待地前去调查，两人为了找到梦幻，一边和宝可梦相互协作，一边在严酷的岛上前进。在冒险的尽头，他们遇到的是梦幻…不，是超梦！小智与小豪赌上“梦想”的对战，就此开始!!

小豪和贪心栗鼠决定参加在枯叶市举办的“宝可梦大胃王大赛”，在上届大赛的冠军卡比兽以及世界大胃王界的传说火焰鸡等众多强敌云集的情况下，小豪以赢得冠军为目标采取了出人意料的策略。但是，混入工作人员中的火箭队却在密谋着什么……!?

小智与小豪来到了合众地区的飞云市。为了抓到皮卡丘抢先一步抵达这里的火箭队，企图用跟皮卡丘长得一模一样的秘藏机器“差不多皮卡丘”跟皮卡丘掉包。目击到这一幕的闪焰王牌和路卡利欧于是开始对火箭队进行追击，这两只宝可梦的奇妙旅途就此展开。

枯叶市的“伊布进化研究所”是研究伊布及其8种进化型的特别研究机构。在那里，有一只跟水伊布、雷伊布、火伊布等8种进化型生活在一起的“特别的伊布”。这样的伊布偶然遇到了小春的来电汪，从研究所走了出来，好不容易到达的地方竟然是小春所在的学校！

小智和小豪以及小春收到科学博物馆的馆长的委托，来到了伽勒尔调查珍贵的化石。他们在当地研究员的协助下挖掘出了各式各样的化石…

为了宝可梦世界锦标赛而干劲十足的小智和大葱鸭来到出现大量小拳石的岩山隧道进行特训。在那里，他们偶然遇见训练家玄场和他的搭档铁骨土人并进行了正式比赛。大葱与钢骨火花四溅的超力量对决会如何发展？然后，大葱鸭面临的考验又是什么呢!?

樱木研究所收到了大量的蔬菜和一封来信，这是樱木博士的学生，现从事农业的园藤所赠。据信中所说，最近突然出现地鼠和三地鼠开始糟蹋园藤的田地，所以让他感到非常困扰。地鼠它们为什么要做那种事呢，小智、小豪、小春来到园藤的田地展开调查。

传说的宝可梦水君周游世界，净化污水。小智等人得知那个水君停留在了某个湖上的情报。面对收服传说的宝可梦的机会，小豪突然卯足干劲。立刻赶往湖边的小智和小豪看到的是邪恶的宝可梦猎人集团以及即便受伤也在守护湖的野生宝可梦和水君。

一直都很胆小的小豪的泪眼蜥在跟小豪以及小智一起到访的人气电影的拍摄现场遇到了饰演特工的千面避役。千面避役将突然闯入拍摄现场的火箭队，宛如电影一般华丽地击退。泪眼蜥对自己的最终进化形的身姿抱有强烈的憧憬。这时，发生了宝可梦诱拐事件，泪眼蜥鼓起了小小的勇气。

小春和伊布在樱木研究所找到了一本名叫《与你在迷光森林的故事》的书，那本书里描绘了伽勒尔地区的小火马和烈焰马的故事。对这两只宝可梦十分感兴趣的小春决定跟小智与小豪一同前往伽勒尔地区的迷光森林。在森林中探索的时候，小火马在小春和伊布的面前现身了…!?

正在为大葱鸭进行特训的小智从樱木研究所的助手莲司那里得到情报，据说卡洛斯地区的四天王雁铠会对追求真正强大力量的宝可梦和训练家进行热血指导。于是，小智与大葱鸭以及小豪与飞天螳螂一同前往了位于卡洛斯地区的骑士精神之馆。等待着小智和小豪的四天王雁铠的热血指导究竟是什么呢？

小春和伊布因为意外在樱木研究所的助手菊菜家里参加留宿过夜女子会，买完家常菜和蛋糕而开始的女子会非常热闹。在这样的情况下，小春在菊菜家里看到一张照片，上面拍到了菊菜和一位青年以及一只围着围巾的可达鸭。菊菜看上去对这名青年和可达鸭抱有特别的情感，小春因此为菊菜的恋情而奔走。

火箭队的各位都玩累睡着了，这时，大嘴鸥来了。他们转动火箭队的专用扭蛋机·火箭扭蛋机，溶食兽一只接一只地出来。由于溶食兽的特性“黏着”，小智、小豪以及街上的宝可梦全都黏在了一切，引发了一场大骚动!?在刚刚睡醒的喵喵和果然翁面前，不知为何出现了气氛紧张的咬咬龟和草苗龟。看起来有点相似的两只宝可梦之间的激烈竞赛，现在开始。

小豪梦见变成轰擂金刚猩的父母将弟弟敲音猴托付给他。小豪惊醒后发现，敲音猴竟真像梦里一样睡在他的手臂上！这只敲音猴看上去似乎已经被谁收服了，小智和小豪于是便开始寻找敲音猴的搭档。他们借助来电汪的嗅觉寻找敲音猴的痕迹，发现了冲击性的事实…!?

为了让特训疲劳的大葱鸭和巨钳螳螂恢复体力，小智和小豪前往了宝可梦中心。在那里，宝可梦装置·手机洛托姆接收到了宝可梦世界锦标赛官方对战的申请。不料，对手竟是曾经打败过小智的凛斗和艾路雷朵。小智与大葱鸭能否一雪前耻呢？赌上骑士尊严的对战，现在开始了！

“正负杂务所”的兄妹·楚伊和橙怡来到樱木研究所修理自来水管道。在招牌宝可梦正电拍拍负电拍拍的协助下，自来水管道的故障得以解决！本以为是这样，没想到却因为橙怡的原因而使楚伊受伤了，小智和小豪因此代替楚伊帮助兄妹俩工作。另一方面，负电拍拍似乎对让楚伊受伤的橙怡感到十分生气‥‥‥？

憧憬着千面避役而进行边逃脱边攻击特训的泪眼蜥，在解救了无人知晓的走路草的危机之后，竟然进化成了变涩蜥！但是，深信自己能进化成千面避役的变涩蜥在看到水面上倒映的自己的样子后离开了。变涩蜥躲进洞窟里，疏远了小豪…?

小智和小豪观看了以海为舞台的宝可梦们的障碍赛“宝可梦海上乐园竞泳”的转播。在比赛中获得冠军的水伊布的搭档海利是樱木研究所的助手菊菜的朋友。看到为水伊布着迷的伊布，小春为了让它和憧憬的水伊布见面，决定跟小智和小豪一起去拜访海利。

小智和小豪收到了来自以前和小智对战过的丰缘地区的芳士的委托。不管怎样，芳士的叔叔经营的温泉旅馆的温泉水好像出不来了。镇上的人们都认为这是灾祸宝可梦·阿勃梭鲁的错。真的是因为阿勃梭鲁的原因吗？向丰缘地区出发！

小智收到了一封来信，那是以龙之大师为目标的艾莉丝的对战邀约。小智一行人立刻动身前往了合众地区·双龙道馆。能够感受到龙属性宝可梦心情的艾莉丝察觉到了小智的快龙的心情。小智VS艾莉丝，晋升“宝可梦世界锦标赛”高级级的激烈对战开始了！

有一天，小豪的花蓓蓓們一起進化成花葉蒂，但之後小豪發現5隻當中白色的花蓓蓓不見了，因此四處尋找找到了少了花瓣而無法飛行的白色花蓓蓓。小豪一行人為了幫鬱悶的白色花蓓蓓尋找新的花，而前往收服到花蓓蓓的卡洛斯地方

君莎小姐和刑警来到樱木研究所。根据他们所说，枯木市连续发生了许多住宅电力被盗案件，为了寻找那个犯人，他们想调查一下研究所里的电系宝可梦们。在怀疑来电汪和其他电系宝可梦们的过程中，小智的皮卡丘作为犯人被逮捕了。

小智和小豪久违地来到位于真新镇的大木研究所。小豪从大木博士那听说正式的探寻梦幻的队伍“梦幻计划”正在招募成员。另一方面，小智得知寄放在研究所里的烈焰猴最近都没有露面，于是便跟小豪一起去寻找。在途中，他们竟然遇见了小智的童年玩伴兼劲敌的小茂。

小智，小豪和小春正在一个宝可梦中心，顽皮的猴子和伊布一直让他们很头疼。小豪和小春坚持认为他们的宝可梦实际上是非常好的孩子，小智决定帮助他们，建议他们给宝可梦二人组一个差事。他们的第一次任务会顺利吗?

住在火箭队基地的莫鲁贝可一如既往地贪吃，它把武藏留着的蛋糕和小次郎藏在金库里的粮食全都吃光了，最近的食量也变得更大。火箭队三人组认为这样下去无法完成火箭队的使命，于是考虑将莫鲁贝可放归野生环境…!?

某天，小豪收到了来自“梦幻计划”的邮件，内容是让他前往位于天冠山山脚的研究所。小豪和小智立刻来到研究所，终于被告知了小豪的首个任务，那就是“到天冠山北部广阔的冰川地带收服阿罗拉九尾”。小豪究竟能不能完成任务呢?!

小智、小豪、小春3人得知发现齿轮儿的新进化形的情报，来到了合众地区的帆巴市。在那里，他们发现了通往地下的洞穴。敲音猴和伊布兴致勃勃地跳了进去，小智等人也只好跟上，发现里面简直像迷宫一样。追着小智的皮卡丘的火箭队也跳进洞里，一同遭遇大混乱······!?

来到伽勒尔地区的小智和小豪遇到了默契不佳的列阵兵。因为意外，列阵兵的队长和小兵们失散了，小豪帮助队长，小智帮助小兵们。但是作为队长的列阵兵，好像因为不能很好地指挥其余列阵兵他们而感到失落……！？

小智和小豪得知神奥地区连续发生了人们因噩梦无法入眠的事件，他们为了调查这是不是有能力让人做噩梦的宝可梦达克莱伊的原因而前往当地调查。另一方面，独自来到神奥地区旅行的小春遇到了以前与小智一起旅行的同伴小光以及波加曼！

小光与来到神奥地区旅行的小春进入某个森林后，竟然发现了遍体鳞伤的克雷色利亚。治疗完克雷色利亚，总算入睡的2人做了达克莱伊和克雷色利亚相遇的不可思议的梦。她们从梦中醒来，和克雷色利亚一同度过了一段时间之后，达克莱伊突然在那里出现，事态一触即发!?另一方面，小智和小豪也追着达克莱伊来到了森林里…

小智和小智得知阿罗拉地区将要举办一场一边收服宝可梦一边以终点为目标前进的“宝可梦收服冒险竞跑”，于是决定参加。崇拜小智，能使用Ｚ招式的全力兄弟也参加了比赛。但是，他们的Ｚ招式好像让小智想到了什么事情…？

小智升级到宝可梦世界锦标赛高级级，他的高级级初战对手是神奥地区滨海市的道馆馆主电次！面对曾经展开过激战的强力电属性使者电次，小智拿出Ｚ手环一决胜负！

被盯上的樱木研究所！

小春和伊布为了去见太阳伊布和月亮伊布，而前往城都地区的日食城。

小豪因首次收到梦幻计划的选拔任务，而与小智再次来到合众地区的沙漠地带度假地。小豪成功得到火神蛾的黄金鳞粉，并上交梦幻计划获得图章。

激烈冲突!? 蓝色宝可狂热迷！

小智因收到波普菈的来电邀请，与小豪和小春来到伽勒尔地区参加霜奶仙满满蛋糕装饰大赛。小智与小豪再次遇见丹帝和奇巴纳，小豪收服了小仙奶，并旋转进化成了霜奶仙。小智在蛋糕装饰大赛中获胜，并与波普菈进行对战，最终因小智的皮卡丘吃了霜奶仙的超极巨幸福圆满无法对战，导致比赛中断。

竹兰为了调查夜晚的现象来到城都地区，小智与小豪也正好来到城都地区调查。小豪收服了黑暗鸦，小智与小豪与竹兰见面。

小智为了赢得接下来宝可梦世界锦标赛的高级级和大师级比赛，而与小豪再次来到卡洛斯地区访问可尔妮，让路卡利欧成为超级进化。可尔妮赠与小智钥石，并帮助小智前往超级岛屿挑战超级进化仙人获得路卡利欧进化石。小豪收服喷火驼，小智和小豪得知超级进化仙人的真面目就是可可布尔。小智收到宝可梦世界锦标赛高级级的通知，并得知对手为位于第30名的彩豆。

小智和小豪再次来到伽勒尔地区，小智与彩豆进行宝可梦世界锦标赛高级级对战。

小智的路卡利欧首次超级进化，并且成功学会了铁蹄光线。小智战胜彩豆，宝可梦世界锦标赛排名上升至第36名。

冰之女王和冰伊布

小豪因收到梦幻计划的入队测验，而与小智再次来到丰缘地区。小智再次与源治见面，小豪首次与源治见面。小豪收服了巨牙鲨和刺龙王，并通过梦幻计划的第二个入队测试。阿剑和朝日发现雷吉洛克。

小智、小豪与小春再次来到神奥地区，并再次与小光碰面。因为另一个世界的火箭队抓走路卡利欧和千面避役，小豪与小光进入到另一个世界，而与小智和小春分散。小智和小春以及火箭队三人组分别进入到另一个世界。

小智与小春和小豪与小光汇合。帝牙卢卡和帕路奇亚停止打斗并将小智、小光、小豪和小春送回原本的世界，以及所有退化成蛋的宝可梦恢复原状。

小智与小豪再次来到伽勒尔地区，首次遇见欧尼奥。

为了了解如何让耿鬼迈向超极巨化，小智拜访了溯传镇溯传竞技场的道馆馆主欧尼奥。 根据幽灵属性专家欧尼奥的说法，为了让小智的耿鬼完成超极巨化，他们需要让它喝用极巨菇菇做的极巨汤。 为了收集极巨菇菇，两人前往了有许多独特幽灵属性宝可梦栖息的森林... ..。 耿鬼到底能不能做到超极巨化呢?

你的名字是法兰丝瓦

新加入樱木公园的裙儿小姐让赫拉克罗斯为之着迷，看到这种情况，喜欢赫拉克罗斯的凯罗斯心情很是低落。如果自己也有美丽花朵的话...... 凯罗斯烦恼着，小智和小豪为了让这样的凯罗斯打起精神，决定和小春一起带着凯罗斯去玉虹市的道馆馆主莉佳举办的「宝可梦插花教室」学习，凯罗斯能让赫拉克罗斯回心转意吗？

为了筹集活动资金，每日埋头打工的火箭队，已经对任务总是失败的日子感到了厌倦。 为了向扭蛋机负责人抱怨「任务失败是因为扭蛋机里没有强力宝可梦」，决定跟随大嘴鸥过去。但是在去往的路上，遇到了以前火箭队的小三郎和亚马多，他们开始考虑「人生不是只有火箭队」，火箭队的命运到底会如何？。

小智等人来到了丰缘地区的绿岭宇宙中心，马玛内和电龙一起参与了小行星探测器「烈箭鹰2」的返回工程，但是，电龙的点灯失败了，受到了很大打击，他们究竟能顺利完成吗？

小智和小豪再次来到呆呆兽们居住的「呆呆兽之岛」，然而这个岛和「伽勒尔呆呆兽居住的浮岛」发生了冲突，伽勒尔呆呆王率领的伽勒尔呆呆兽群登陆，为了帮助两边关系变好，两人身上发生了奇妙的变化……!?

小智和小豪、小春来到了宝可梦马戏团。 他们在那里遇到了两个马戏团的团员，两人分别喜欢火属性宝可梦和电属性宝可梦。两人想让自己的伊布分别进化成火伊布和雷伊布来进行表演，但是在进化时却搞反了。距离马戏团开演时间已经所剩无几，表演还能成功吗？

宝可梦世界锦标赛，小智要和伽勒尔地区的玛俐进行对战。但是，想让玛丽不战而胜的呐喊队们告知了他错误的会场地址，结果小智来到了尖钉镇，在那里遇到了玛俐的哥哥，尖钉镇的道馆馆主聶梓，小智骑着他的摩托去了真正的会场——宫门市，途中从聶梓那里知道了玛俐对于锦标赛的看法，激烈的高级级对战要开始了！

本计划与小豪一起在伽勒尔地区探索宝可梦的小智，意外地与丹帝相遇，接着在一起进行训练。 小智一边训练一边与宝可梦们接触，对尽情享受玩耍的丹帝感到惊讶，同时又感到亲切。另一边，小豪在寻找宝可梦的过程中遇到了索妮亚，得知了无敌冠军丹帝意想不到的一面。

来到伽勒尔地区旷野地带的小智和小豪遇见了一只啪咚猴。小豪的敲音猴对自己的进化型啪咚猴抱有向往，但是这只本该有2根木棒的啪咚猴不知道为何只剩1根了…？啪咚猴好像有什么隐情，小智和小豪、敲音猴会怎么办呢！？

梦幻计划的下一个试验任务是与传说中的宝可梦急冻鸟战斗！ 为了寻找急冻鸟，小智和小豪前往了双子岛。 途中他们遇到了时央与小茂，大家展开了合作。

小智与小豪再次来到卡洛斯地区。小智与希特隆和柚丽嘉重逢。小豪首次见到希特隆和柚丽嘉。 小智得知下一场宝可梦世界锦标赛高级级对战的对手是卡洛斯四天王之一朵拉塞娜。

小智与朵拉塞娜进行宝可梦世界锦标赛高级级对战，最终由小智获胜，排名上升至第9名。

小智、小豪和小春再次来到丰缘地区，并首次见到琉琪亚。小智再次见到米可利，小豪首次见到米可利。小春首次参加宝可梦华丽大赛。

在全世界增加火箭队的队员。收到坂木老大的命令，武藏、小次郎、喵喵和果然翁为了招募队员而开播了广播节目。“将火箭队的优秀之处向全世界传达，得到队员了！”的满满干劲却换来了零人的收听……不能就这样结束！火箭队忘记了原本的目的而热衷起做有趣的广播，但是…！？

来电汪是樱木公园宝可梦们信赖的大哥！要华丽地解决公园内发生的问题时，却发现公园的河水被污染了！为了生活在水边的宝可梦们，小智、小豪、小春决定一起阻止问题的源头。到底来电汪能否守护住樱木公园的和平呢！？

小智和路卡利欧去见甲贺忍蛙，为晋级八大师提升力量，路卡利欧挑战甲贺忍蛙失败，小智想告诉路卡一些关于甲贺忍蛙的事，路卡利欧和甲贺忍蛙的波导重合了!

小智与奇巴纳进行宝可梦世界锦标赛的八大师换位战，最终小智获胜，晋级至大师级第8名，奇巴纳下降至高级级第9名。宝可梦世界锦标赛主持人公布当前其余八大师名字及排名：第7名艾莉丝、第6名艾岚、第5名卡露妮、第4名阿渡、第3名大吾、第2名竹兰以及第1名丹帝。透露大叶已经从大师级下降至高级级，而艾莉丝已经晋级至大师级。宝可梦世界锦标赛官方宣布大师级淘汰赛正式开幕。

为了「梦幻计划」的新任务，小豪和小智来到了丰缘地区的海紫堇。这次的任务是生存！和设施内的其他挑战者对战，最后留存下来的人就是胜者。跟千面避役一起挑战的小豪和朋友时央重逢了…围绕着策略和背叛的皇家对战，获胜并留存下来的会是谁呢！？

在伽勒尔地区的冠之雪原，出现了谜一般的宝可梦情报。小智、小豪以及小春3人将前往调查。与此同时，小智在阿罗拉地区的朋友莉莉艾和她的哥哥格拉吉欧也为了寻找失踪的父亲莫恩来到了冠之雪原…。

小智久违地与阿罗拉的宝可梦和学校的同学们再会。他们决定参加4个训练家同时战斗的皇家对战。因为阿罗拉宝可梦联盟冠军小智回来了，会场显得异常混乱！像库库伊博士这样强劲的训练家也参加了，小智能在这场战斗中生存下来吗！？

收服雷吉艾勒奇和雷吉铎拉戈吧──。接受了「梦幻计划」最后的任务的小豪，独自一人前往了冠之雪原的「抉择遗迹」，对手小茂也来到了此处，小豪能顺利完成任务吗？然后，选为梦幻计划的正式成员的究竟会是谁呢？

小智和小豪为大师锦标赛特训时被叫到了大木研究所。皮卡丘、路卡利欧、耿鬼、快龙、葱游兵、鳃鱼龙从研究所里小智的宝可梦们那收获了加油呐喊而猛地充满干劲。之后，小智在神奥地区旅行时的劲敌真司竟然出现在了研究所！在和真司的重逢中小智能得到什么呢！？

决出宝可梦战斗的顶点，史上最大的锦标赛大师淘汰赛开幕，小智来到决战之地伽勒尔地区的宫门竞技场。小智在那里，与丹帝的弟弟赫普相遇，战斗突然开始？之后，小豪等人将与赫普一起观看比赛。

阿渡与卡露妮开始进行大师淘汰赛第二场初赛。

大师淘汰赛第一轮的第3场比赛，是神奥冠军竹兰与合众冠军艾莉丝之间的比赛，对艾莉丝来说，竹兰是曾经指点过她且值得尊敬的前辈，也是需要超越的目标之一。尽管艾莉丝不断发起进攻，但竹兰依然沉着冷静应对，气势VS经验，谁能进入半决赛!?

这是大师淘汰赛的第四场比赛，小智的战斗终于开始了，对手是丰缘地区的的冠军大吾，小智被大吾不断派出的强大宝可梦们逼入绝境。为了支持自己的伙伴们，为了宝可梦们，小智渴望获得这场胜利——！究竟小智能突破大吾的阻挡，取得首场胜利吗!?

小春和伊布经历了与各种进化形态的相遇，伊布想要进化成哪种形态，宝可梦的进化到底是？……小春为此而烦恼着，看着这样的小春，身为父亲的樱木博士邀请她去露营，在露营中，小春得知了樱木博士在小时候与宝可梦的相遇、离别、进化的故事。可能性其实是无限大的，小春和伊布，会选择怎样的未来？

大师赛半决赛当天。比赛在即的小智，在与宝可梦们进行特训的过程中，遇到了对手神奥冠军·竹兰。小智从同样进行比赛前最终调整的竹兰听到了她与搭档烈咬陆鲨相遇的消息。另一边，在竞技场内，第一场丹帝VS卡露妮的比赛即将开始，激斗的半决赛，现在，拉开帷幕！

这是大师赛半决赛第二场比赛。小智为了能否进入决赛而挑战与竹兰的比赛，但被竹兰巧妙的战术所玩弄，从一开始就陷入了困境。为了逆转不利局势，试图抓住任何机遇的小智做出了......

准决赛第二场，面对神奥冠军竹兰，小智陷入苦战，在竹兰的经验、战略面前被逼到绝境，在压倒性的危机面前想要打开突破口该怎样做？

半决赛第二场比赛也是高潮！即使在绝体绝命(陷入绝境）的情况下也不准备放弃的小智。打算从正面将竹兰击败，在激战中获胜，获得最后决赛入场券的到底会是！？

小豪和闪焰王牌再次来到了两人首次相遇的伽勒尔地区的那一家司康店。在那里闪焰王牌与还是炎兔儿的时候一同生活的偷儿狐他们再会。偷儿狐们已经不再作恶，早已成为了镇上的明星。这久违的再会让闪焰王牌他们非常开心，而此时以喵头目为首的伽勒尔喵喵军团，以及火箭队他们正在悄悄接近……？

终于八大师淘汰赛决赛就要开始了。马上就要和自己心中的目标丹帝进行对战，小智斗志十足。绝对王者丹帝和不断战胜各路传奇的小智之间的战斗让观众席的热情达到最高潮。而在这时，丹帝有了一个提案...？在以前的伙伴和劲敌们的见证下，巅峰决战即将拉开帷幕

小智和丹帝的决赛，两人从一开始就展开了拉锯战，但随着战斗的继续，小智发现自己逐渐在被丹帝的宝可梦和策略玩弄…?!最终他试图通过交换宝可梦来想办法来改变局面，但是没想到这原来也是丹帝计划中的一部分......?!

与丹帝的大师赛决赛，小智的宝可梦们都已处于精疲力竭的状态。面对尽管如此也毫不胆怯地迎接挑战的小智和宝可梦们，丹帝露出了笑容。“最强的王者”与“最强的挑战者”如相互呼应一般，变得更加强大，更加激烈，赌上最强的战斗的走向将会是何方——！？

突然出现在宫门竞技场的无极汰那究竟有何目的？之后小智和丹帝的战斗来到了最高潮，面对丹帝的王牌喷火龙，小智和皮卡丘继续发挥着最后的力量。迄今为止的相遇、战斗，和冒险的全部！究竟小智能否与最好的伙伴一起荣膺桂冠？！

在小智的大师锦标赛决赛的同时，小豪为了探寻梦幻，前往了【边境的小岛】，小豪，小茂，时央，阿剑，朝日他们登陆岛上后，却与穗高博士的实验室失去了联系，精灵球也无法正常工作。在这穷途末路般的绝境之下，为了与梦幻相遇而继续探索梦幻的小豪他们的命运将何去何从！？

在寻找梦幻的过程中，由于在岛上遭遇许多状况，追迹者因而兵分两路。小豪、时央和朝日遇到了盖欧卡，小茂和阿剑遇到了固拉多！为什么传说的宝可梦会出现在这里？在继续深入腹地的过程中，小豪和其他人看到了什么？究竟小豪能否找到梦幻并实现他的梦想？

实现再会的小智和小豪，和小春三个人一起去野营，但是小豪有无法对小智说出口的某个想法……大家一起来到小春以前和樱木所长一起来的森林里，那里有很多野生的宝可梦，遇见凯西的小豪说出了小时候的回忆……

由于感情上的一些误解，小智与小豪的友情遭遇到了问题。就在这时传说的宝可梦洛奇亚出现在两人面前，就像两人首次见面的那一天一样。这两人在一起冒险后成长了许多，立刻向洛奇亚发起团体战。