在普通高中上学的平凡女孩草薙结衣，一向努力的她并没有好好考虑过应试和恋爱，不知何处的呼唤让她发现了自己仓库里的古剑。恢复意识的结衣来到了一个陌生的世界里，在这里她看到的都是美貌的男子和神奇的生物，而召唤她过来的宙斯正在实施着某个计划。众神学院里召集的都是和人类缺少联系的神，为了避免恶之未来结衣被委以重任。

将众神困在庭院内的宙斯出现了，想要改变未来的宙斯完全不听众神的抗议，还为他们带上了封印神力的美丽枷锁，在模仿人类的学院里他们要在一年内建立起和人类的羁绊，当他们各自了解人类内心的时候宙斯留下的容器便会充满，而他们也能够回到各自的世界。草薙和阿波罗等人布置好了开学典礼，众神的校园生活正式开始。

来到课堂上的众神并没有好好学习，还有一些神根本就不愿意进入教室，看到这一情况的托特老师让草薙在暑假期间改善现在的状况。对假期活动兴趣满满的阿波罗策划了海滩活动，被集结的众神看到大海之后都非常开心，但宙斯趁机又改变了天气，萧瑟的秋季并不适合游泳，无聊的众神们开始烦躁起来，但阿波罗却极力想要给大家带来快乐。

常把不幸挂在嘴边的哈迪斯拒绝参加集体的社团活动，热爱天文的他却害怕自己会带来不幸，想要说服哈迪斯的草薙也的确身陷不幸之中。看着草薙送来的草莓大福饼后哈迪斯敞开了心扉，而草薙也知道了他不幸的源头，掌管冥府的他被死者们的怨念所诅咒。即便知道哈迪斯会带来不幸众神和草薙也没有疏远的意思，不愿笼罩在不幸中的人们让星空再次展现出来。

众神的学园生活已经有资有色的开始了，但不愿与人合作的戸冢尊却还没有参加社团活动，在托特老师的要求下草薙要纠正这个问题学生。视草薙为杂草的傲娇尊看到剑道后改变了想法，两人决斗之后尊想要把眼前这个软妹变的更结实便开始一起锻炼，在下雨的时候草薙不慎从山崖上摔了下去，为了保护草薙的尊挣脱了宙斯的枷锁，但这也恰恰为他带来了麻烦。

被托特任命为风纪委员的月人在工作的时候晕了过去，常把使命和责任挂在嘴边的月人不光希望做好风纪委员的事情还准备举办赏月大会，而他的这种性格却没有得到托特的认可。当月人思索着到底自己哪里不足时调皮的洛基又开始了恶作剧，他给月人和草薙带上了“恋人之戒”，只有成为恋人后他们才能分开，但一本正经的月人能与草薙心意相同吗？

善变的宙斯又让校园换上了冬装，冬季的文化祭即将开始，在女生中拯救出巴德尔后草薙和众神们开始商议文化祭奠的提案。草薙提出按国度分组的方法让巴德尔非常不悦，直白表达了自己的爱意后巴德尔决定让草薙每天都陪他吃晚饭，但他的计划却被洛基横打乱。看到巴德尔将最爱的烤肉让给草薙后洛基非常吃惊，而洛基也是第一次知道草薙竟是人类。

因为洛基阻止巴德尔而成功逃脱的结衣回到了自己的摊位，碰巧遇到拿着一袋钱来买年糕汤的托特，在托特走了后发现被人群围绕的巴德尔正在过来，于是结衣再次逃走了。在躲避巴德尔时看到希腊的摊位和托特的摊位，看到北欧的摊位时被托尔发现并被叫过去顶替他，结果在与洛基的谈话中而被巴德尔找到并被拉走。洛基找到他们的时候，巴德尔开始暴走了……

结衣和众神们经过半年的学习生活迎来了第一个期中考试，在大家信誓旦旦的准备学习时，结衣和阿波罗同时做了一个落满粉白色花瓣的忧伤的梦。梦中的阿波罗将装有神之力的宝盒交给了一位美丽的人类女孩卡桑德拉，亦是他心仪的女生。之后阿波罗神志混乱，女孩儿的死令阿波罗无限悲伤，坠入了不能挽回的深渊，卡桑德拉借助结衣的身体向阿波罗表示虽然人类生命是有限的，但正是因为有限才弥足珍贵，希望阿波罗能够永远幸福… …粉白色的花瓣飘飘洒洒，大家对即将到来的毕业充满希望… …

由于结衣和众神们期中考试的课业成绩优异，教师托特为了奖励学生，便让他们自导自演一部话剧。经过一系列争执，众人决定选取童话《灰姑娘》。众神们将角色演绎的惟妙惟肖，这时托特的猫咪阿努比斯偷拿了狄狄自制的葡萄酒，擅自摧毁了托特演讲的剧本还把舞台弄得一团糟，结果众神们只好即兴表演。没想到却歪打正着，取得了观众们热烈的掌声。结衣和众神为这段快乐的时光欢呼，没想到巴德尔却意外地倒下了……

结衣和阿波罗不放心巴德尔一个人在房间，于是拿着苹果前去探望，途中却意外碰到了争执不休的托尔和洛基。结衣听闻如果巴德尔不能真正明白人类的感情，就会丧失自己的人格，那时只有洛基持着槲寄生亲手了结他的生命。巴德尔在众神的焦虑下苏醒了过来，结衣不知所措不敢回望他。洛基带着巴德尔到达夕阳落山的海域，巴德尔对即将到来的一切了然于心，懂得洛基是为了他着想，托尔和洛基在这时摆脱了宙斯给予的枷锁，巴德尔说出另一个了解自己生命的方式，最终跳入大海……

为了阻止巴德尔求死,洛基与托尔两人也跟着巴德尔跳下了山崖，在巴德尔昏迷后破坏之神借着巴德尔苏醒，在托尔发现巴德尔在与破坏之神斗争时，众神为了阻止破坏之神解救巴德尔奋不顾身的战斗，因为众神的团结一致结衣胸前的古剑起了反应，而结衣也终于明白了自己的使命。在众神与结衣的共同努力下巴德尔会获救吗？