住在松本的高中生仰木高耶身边怪异现象频繁发生。那是，以好友成田让的奇怪的言行开始的，在白天目击人突然被苍白的火焰包围，在日常生活中不可能发生的现象。并且和怪异现象出现的同时，高耶面前出现了一个自称是直江的男子。直江把高耶带到能看到川中岛的地方，向他讲述了自己和高耶的本来面目，以及被赋予的使命。

“400年来一直换宿体生存”这种难以置信的话语是不可能立刻接受的。虽然高耶对此表示反感，但直江在眼前突然调伏了出现的骸骨武者，揭开了“暗战国”在现实中发生的事。而高耶自己虽然失去了作为上杉景虎的记忆，但还是将主君武田信玄的灵魂附身于好友成田让的身体中，最终被无奈的卷入了换生时的宿体与武田方的战斗中。

为了救出被信玄的怨灵附身的让，在前往松本城的高耶面前，武田方的骸骨武者们挡住了他们去路。但是，在400年间的长久岁月中。不断地更换宿体生存的上杉景虎的换生者高耶，无法接受将怨净化并送往冥界的未知“力”，从而陷入了苦战中。直江用挑衅性的言词催促觉醒，面对自己坚持说“自己不是景虎”的高耶。出现在高耶面前的让......

又回到了平静的日子中，但高耶又遇到了奇怪的现象。对自称是高耶好友的千秋修平，让高耶完全没有头绪。但是，以让、纱织为首的其他同学也毫不奇怪地接受了千秋。在令人怀疑的高耶面前，冥界上杉军的一员柿崎晴家的换生者，现在女大学生门胁绫子和直江再次出现。她拥有上杉首屈一指的灵察能力，是直江为了“暗战国”而召集来的。

对“同班同学”千秋修平的存在，依然抱有不信任感的高耶。直江感觉到整个城北高中被奇怪的气氛包围住了，劝告高耶注意。不久，在校内各处被目击到幽灵的谣言渐渐传开，但这不仅仅是一场幽灵骚乱。是在背后与“暗战国”有关的某个人操纵着幽灵而引起的事件。渐渐活性化的幽灵事件中，发展到了直接危及到学生们的事态了，高耶将怀疑的目光转向千秋。

为了平息日益激进的幽灵骚乱，直江和绫子前往城北高中。与此同时，高耶也为了“以自己的方式决出胜负”而前往现场，但对上杉的反感太过不能坦诚面对直江等人。不久后，不知道被什么人操纵着，增加怨恨的幽灵们激烈的袭击了他们。不过根本不能调伏善良的幽灵，而被迫苦战。与30年前的织田激战一样，“吸力结界”封印了他们的“力”，而陷入了绝境。

尽管景虎自己封印的记忆仍未恢复，因织田的陷阱偶然间高耶取回了“调伏力”。结果织田那边却知道了景虎的存在。几日后，为了镇魂而和直江共同前往曾经的上杉之城的高耶，梦见自己过去发生的壮烈的梦。以此为契机，从寄予绝对信赖的直江那里，吐露了四百年间两人扭曲的主从关系和争执的冲击性的告白。

因为一直以来信赖的直江对自己抱有的感情而受伤的高耶，失去了对自己的控制，使“力”暴走。千秋看不下去会给普通人造成伤害的危险行为，强烈谴责高耶。高耶一个人在新宿的人群中徘徊，无法表达无处可去的感情。高耶认为直江是“背叛者”，但另一方面，被守护变得脆弱的自己而感到踌躇。

在新宿的街头倒下的高耶，被一位完全不认识的男人所救。明明应该是个完全不认识的男人却觉得高耶有种奇妙的令人怀念的感觉，并表明了这种想法。另一方面，为了调查日光发生的异变，直江化身为“橘义明”和委托人浅冈麻衣子共同出现在现场。因交通事故而丧失意识的麻衣子的弟弟慎也，出现在了麻衣子的梦中，并向麻衣子求助，还说出“杀掉红色的野兽…”。再加上察觉到了华严的瀑布有灵一类的异常后的直江，在那里和意想不到的人物再会了。

直江顺着思念波来到小田原，通过氏照见到了已经被吸走灵魂的高耶身体。成田在千秋的眼皮底下被伊达小次郎掠走，幸好成田手上带着可以追踪的手镯。北条氏政计划让景虎的灵魂作为箱根的牲礼，以称霸暗战国，氏昭坚决不从，远山康英搬出北条氏康，氏昭不得不遵从。守护着没有灵魂的高耶肉身，直江回忆起30年前两人与美柰子之间的纠葛，无法得到的痛苦支配着直江，终于想出了一个可以永远与景虎在一起的方法。

青色火焰之中,30年前的场景重现，发了疯的男人，不但夺走了女人的肉体，更将她的灵魂也消灭了。从远山康英那里得到情报，千秋和片仓来到北条氏政寓所救成田，景虎通过镜子告诉他们，成田所在的位置。由千秋分散主要注意力，片仓终于到成田的处所，同时也找到了他的主人伊达政宗的弟弟小次郎。被激怒的氏政放出了众多的恙兽对付千秋，此时成田被森兰丸植入了魔王之种，一时地动山摇。

激烈的思想斗争之后，直江决绝似地请求北条氏康将景虎的灵魂从恙镜中解放出来。湖水掀起巨浪，怀中的高耶缓缓苏醒，唯一救赎的机会也失去了，直江留下眼泪，不后悔自己的选择。醒来的高耶完全恢复了景虎的威仪，绫子赶到，高耶在箱根神社设置了束缚北条的封火结界。去往日光山的途中，高耶冷静指挥直江和绫子冲出风魔幻术的困扰。风魔小太郎向北条氏政报告计划失败一事，氏政决定首先完成关东三大角的咒术。高耶三人回到旅馆加紧作战部署，终于明了了北条氏政的野心和计划，决定活化天海僧正曾经使用过的国家镇护的咒法，以瓦解日光山灵力。

因为在镜中待过一段时间，高耶能够自由控制恙兽，众多恙兽宛然成为高耶的手下。风魔小太郎料到高耶要恢复秘术，便唤醒东照宫的灵兽与恙兽抗衡。氏政放火烧山，千秋放出护法童子扑灭火焰，双方陷入持久激烈战斗。千秋试图拿出家康骷髅受阻，高耶用谦信公的身姿，终于得到了家康骷髅，天海僧正的秘术再度活化，大势已去的氏政在知晓最后的据点中宫祠也被高耶他们占领。直江找到风魔，苦战之下终于破坏了恙镜。