无人岛的考试结束后，绫小路清隆他们1年D班的学生在豪华客轮上享受着暑假。然而这只是短暂的休息，新的考试很快就展开。绫小路和轻井泽惠等人被叫到同一个居室，接受考试说明。没想到这次考试完全跳脱班级框架。

“思考”考试的第一天结束。就在绫小路和平田等人为了打破胶着状况而聚在一起讨论时，他们的手机收到一封邮件。堀北看到邮件内容后，深感不悦。另一方面，绫小路觉得轻井泽的行动有异，向堀北打探她的情报。

绫小路意外目击到C班女生霸凌轻井泽。幸田本想冲出去阻止，却被绫小路阻止。绫小路看见轻井泽的反应，似乎有什么想法。他设计让真锅等人霸凌轻井泽，借着让她濒临崩溃，正视自己的弱点，并为自己所用。双方就这么达成合作关系，绫小路负责保护轻井泽，而轻井泽会依照绫小路的指示做事。在下次小组讨论时，绫小路来到讨论室，巧遇一之濑。两人说了几句话后，小组成员也逐渐到齐，便开始讨论。B班的滨口提出：“互看手机信息，找出小组的‘优待者’，取得所有人平等的胜利。”然而要是有人偷跑，在规定时间前，先传答案给学校，便会获得莫大的点数。当所有人都犹豫是否该冒这么大的风险时，绫小路首先答应，却被一之濑揪出其中有诈。当考试结果出炉，C班竟大获全胜。

第二学期展开，进入运动会准备期间。由于比赛成绩无论好坏，都会影响下次笔试分数，学生们明显慌乱不已。加上分组方式独特，又让学生自己挑选参赛者，压在学生们身上的压力也非比寻常地大。

绫小路对栉田产生疑虑。他以侦查别班为名目，把栉田约出来跟堀北见面。此时堀北采取了出乎意料的行动。运动会当天，由于堀北和须藤大显身手，红队在序盘就取得优势，但绫小路却只是冷眼看待一切。

因为佐仓鼓起勇气作证，最后决定择日再开审议会。为了争取更多优势，绫小路和堀北再次到暴力事件的现场调查。佐仓爱里的另一个身份是名为“雫”的写真偶像，她的狂热粉丝在这时潜入校内。暴力事件的审议会，与跟踪狂伸向佐仓的魔手，在这两个事件交错纵横中，绫小路与堀北下了起死回生的一步棋。

学生会长交接仪式结束后，绫小路被佐藤叫过去。此时期中考的结果公布，D班成功达成无人退学的目标。但茶柱却说重头戏是被视为期末考的特别考试，通称“Paper shuffle”。

D班召开应付Paper shuffle的读书会，绫小路被分配到以幸村为中心的小组。同组的长谷部、三宅这对搭档，他们擅长的科目和不擅长的科目都相同，根据考试题目，可能两人会一起完蛋。但绫小路却说有办法可以找出出题倾向。

在Paper shuffle的台面下，展开了栉田和堀北以退学为赌注的竞赛。另一方面，龙园出现在正参加着读书会的绫小路面前，询问自己传送出的邮件，但……

圣诞节即将到来，学生们显得较为浮躁。轻井泽也是其中一人，享受着街上的圣诞节气氛。但当她放学后和佐藤一起走时，却发现有C班的人在跟踪她。而且绫小路在读书会时，也受到别人监视。

轻井泽和绫小路的关系突然解除，完全失去和他的交集后，轻井泽的心慌表露无遗。此时，正当D班讨论着往后的方针，龙园他们C班的人狂妄地现身。

龙园为了揪出幕后主使的真面目，囚禁轻井泽，对她施压。被霸凌的记忆重回轻井泽的脑海——为了将轻井泽逼至绝境，龙园更挑明了幕后主使根本是在利用她。即使如此，轻井泽还是继续隐瞒幕后主使的真实身份其实是绫小路。

经过这次事件，轻井泽开始察觉自己内心有了巨大变化。此时，佐藤来找她商量圣诞节和绫小路约会的细节。轻井泽抱着复杂的心思，努力认真响应佐藤，但……