在建造于小行星前线的弗尔克范格，凡娜迪斯机构的实验室中，进行着魔灵高达的运作实验。面对无法达成评议会要求条件的魔灵，测试驾驶员埃尔诺拉·萨玛雅显得十分焦虑。――那天正是她女儿迎来4岁生日的日子。

宇宙产业大公司贝纳里特集团经营着阿斯提卡西亚高等专门学园。来自水星的转学生斯莱塔·墨丘利为即将展开的校园新生活雀跃不已。然而就在快到达学校时，她发现有一道身影漂浮于宇宙中。

斯莱塔在与盖尔的决斗后获胜。然而她的MS风灵却涉嫌使用被禁止的魔女技术GUND型。在此同时，米奥莉奈则因为父亲德林而面对退学危机。

斯莱塔被迫再次进行决斗。为了取消对风灵的废弃处分，并让米奥莉奈免遭退学，斯莱塔和米奥莉奈进行了合作。另一方面，同时对于作为对手的盖尔而言，这是绝对不能输的一场决斗。

盖尔突然对斯莱塔求婚。不知所措的斯莱塔因一时慌乱而当场逃跑。当人人都对盖尔的行动感到吃惊时，地球宿舍的学生雀雀却对他们投以冰冷的目光。

佩尔公司策划利用伊兰得知风灵的秘密。斯莱塔很在意莫名对自己温柔相待的伊兰，有一天，她收到伊兰是否要一同外出的邀约。

斯莱塔答应与伊兰的决斗，她对伊兰骤变的态度感到困惑不已。因决斗场地选为前线外宙域，使不具备推进组件的风灵不得不增强机体。

在联络不上伊兰的状况下，斯莱塔茫然度日。对于贝纳里特集团寄来的创业育成派对的邀请函，米奥莉奈冷淡地表示不需出席，但斯莱塔却期盼能与伊兰相见。

高达股份有限公司仓促地成立。成为社长的米奥莉奈将地球宿舍的成员雇用为员工。然而由于是匆忙创立的公司，事业内容尚未确定。米奥莉奈为了寻找能破解高达诅咒的契机，前去拜访普洛斯佩拉。

沙迪克的计谋使高达股份有限公司陷入穷途末路的困境。米奥莉奈赌上公司的命运，向他申请决斗。决斗条件为六对六的团体战，但地球宿舍的机动战士与驾驶员数量却都不够。

自与沙迪克的决斗过了两个月后，高达股份有限公司逐步迈上正轨。兼顾事业与学业的斯莱塔过着充实的生活。另一边，作为社长忙碌工作的米奥莉奈则意外地再次遇到了冯。

地球宿舍的成员为了运回修理中的风灵，从学园离开，朝目的地出航。目的地就是贝纳里特集团的巨大开发设施奎达工厂。然而斯莱塔却依旧烦恼着和米奥莉奈间产生的误解……

两架高达袭击了奎达工厂。米奥莉奈与斯莱塔被迫分隔，米奥莉奈则以汇合为目标在设施内奔跑。另一边，斯莱塔为了拯救米奥利奈，迈出了前进的步伐。

自奎达工厂袭击事件以来两周后。学园看似维持着平稳的日常，然而被下封口令的地球宿舍成员却感到喘不过气。正当大伙在准备着隔天举行的开放校园活动时，两位插班生出现在斯莱塔面前。

在多姿多彩的校园开放日的背后，斯莱塔得知了苏菲通过决斗想获得的事物。与此同时，尼卡则认为自己需要对此事态负责……在各自的想法与计谋交错之中，混战式的决斗活动大乱斗揭开了序幕。

引发奎达工厂袭击事件的组织弗特的黎明，在遭到了贝纳里特集团的驻留部队的追杀后，被迫从据点撤退。盖尔被奥尔科特俘获，被囚禁在了他们的据点中。盖尔在杀害父亲后，陷入了深深的绝望……