大介是英雄。有着保护大家这一使命。但是却遭到儿时玩伴的四人所冷眼。你们忘记了吗？小时候发生的那件绑架事件。以及救了我们的神秘女性·米萝的话语。在2017年的某一天，大介他们所居住的涩谷，被传送到了200年后的未来——

与米萝再次相遇的大介，被给予了只有他才能驾驭的强化服“提线木偶（String Puppet）”。穿上这个后战斗的对象是未来人“修订者（Revisions）”所操纵的怪物。为了存活下去，涩谷的遇难者们展开了死斗……

以大介为中心的“提线木偶”小队，即是S.D.S.结成了。为了提高战力，他们前往涩谷外面的废墟区域。在那里有着米萝所属的未来人组织AHRV所留给他们的两台提线木偶——

涩谷区临时政府总理·牟田由于与revisions的秘密交涉，提出了回去原本时代的返程计划。在那份返程者名单上有大介的好友·庆作的名字。牟田甚至还谋划着将提线木偶交给敌人的计划……为之动摇的涩谷。同伴的牵绊正在受到考验——

S.D.S.成为了涩谷区的英雄。大介的命运，果然和米萝的预言说的一样。同伴之间的牵绊也像是回到了以前的模样。然而，凯和黑岩担心着大介身上的不安定要素。与此同时，铃铃和露正在企划庆祝大介的生日……

修订者所操纵的怪物·械居者（Civilian）其实也是人类。在不知不觉中杀害了他人这件事让S.D.S.的同伴们感到很动摇。在这当中，被抓走的大介的叔父·干夫得以生还。从叔父那里得到了情报的大介，与庆作一起，为了拯救庆作的母亲而擅自展开了行动——

在与神秘敌人“亡灵（Gespenst）”的战斗中木偶遭到严重破坏的大介，正在为把居民也卷入战乱中这件事所问罪。与此同时，修订者正在逐渐地落实把涩谷传送这一事情确定为已成事实这一计划。这样下去的话就再也无法回到原来的时代了。S.D.S.到底能否保护大家的未来……

大家一致决定要进行起死回生的特攻作战“拿非利人作战”。S.D.S.赶往修订者的据点。目标是人工量子脑。如果破坏了它，涩谷应该就能回到原来的时代。然而，在大介等人的侵入下，修订者们以残忍的方式来对待他们。

要守护大家这一命运被打破了。遭受打击的大介。同伴之间的关系也逐渐恶化。就在这时，涩谷的一部分居民开始造反。他们以露和泉海为人质，要求交换木偶。在人类之间的斗争面前，大介感到非常的无力——

修订者宣言要无差别捕捉涩谷的居民。失去了支柱的涩谷完全没有沉浸在悲伤之中的时间，被迫要赶紧作出对策。然而木偶的动力已经所剩无几。而且，米萝马上就要进行前往2010年的时间跳跃了。S.D.S.到底能否守住被逼上绝路的涩谷……

米萝还是走了。木偶也无法行动。涩谷已经没有希望了。然而大介还是没有放弃。涩谷居民们也奋起反抗。所有人的心都联系在了一起。他们拼尽全力，向最终决战发起挑战—！

为了追上令人惊愕地再次相遇了的“朋友”，大介穿过了时空的大门。在那里是2010年。他被赋予命运般的预言，那个诱拐事件当晚。现在，错综复杂的过去和未来得以解明，真相就要浮出水面。还没有确定下来的过去。在这前方，有着大介他们的未来吗——？