（序）素子制服一名正从事破坏活动的男子。外交大臣及其秘书、后援会长、两名北美产业振兴会客人被艺妓机器人拘为人质，久保回代表军方表示要介入，与不愿放权的警方发生争执，最后此事交由9课处理。突击救出人质后定位了病毒释放者，博马、巴特等人抓住嫌犯，但后者烧毁电子脑中的记忆。久保回告诉荒卷外交大臣的秘书是情报人员，正在调查大臣突然对“一之濑报告书”感兴趣一事，这是一份在非常时期生效的外交军事计划，认为她的死有隐情，9课介入调查。陀古萨发现大臣被换脑，对方利用大臣的躯体接触到了那份报告书并准备逃往美帝，在机场被及时拦截，大臣的电子脑也被取回。

巴特给自己的塔奇克马使用天然机油。播磨研究学园剑菱重工一台新型战车在调试中失控，九课出动阻止。经调查得知同事根据战车设计者之一加护武的遗愿在他死后将大脑接入战车，取代原先的AI，加护武由于天生体质差对父母有怨恨，由于宗教的原因他无法进行义体化，他认为死后精神摆脱了宗教的束缚便作出这一举动，九课认为他是想向父母报仇。同时荒卷与剑菱高层进行交涉以获得战车的数据并得到应对方法，剑菱方面出于商业利益不愿透露，荒卷指出若此战车造成重大破坏，军队是不会采购它的，最终剑菱妥协，九课用他们提供的专用黏胶阻止了战车前进，素子正要取出加护武的大脑时，加护武的父母突然出现，为防万一素子烧毁了他的大脑，但在向它注入病毒的瞬间，素子感到加护武的大脑处在复杂的情绪下，只是这已无法再获悉了。根据猜测，其实加护武可能只是想让父母看一下自己义体化的样子，并不是想杀父母。

人形机器人（Jely型）接连自杀，九课介入调查。在对生产该型机器人的工厂进行调查时，发现生产线被注入了病毒。石川对病毒进行分析，发现是业余人士的作品，并且发现作者为了防止自己的Jely也受攻击特别设置了保护代码。于是九课针对Jely的用户展开调查（目的是确认此事与国会机器人骚动之间是否有关联），经调查发现病毒制造者是加拿大大使之子，通过交涉使加方放弃了他的外交豁免权。嫌犯准备拘捕，被他心爱的Jely制服。嫌犯承认是为了让自己的Jely成为世间唯一才实施此次犯罪。隐约中，九课成员感到Jely也有所谓Ghost存在。

新滨县警署警员山口正在加班整理“笑脸男人”事件线索，丹生主任突然回到办公室，且举止颇为神秘，山口离开时将一些照片寄给妻子。山口联系陀古萨，称警界高层有可疑之举，想进行面谈，但在路上山口的视觉突然受到阻碍，发生车祸身亡。陀古萨感到可疑，将情况告诉荒卷，荒卷让他去了解情况。在葬礼上陀古萨见到了未亡人，她交出了那些照片，在调查中陀古萨发现照片中没有出现照相机的倒影，了解了山口所称的可以便是调查人员被违规安装了Intercepter，这是由Serano Genomics 提供的微型视觉装置，可记录被安装者的活动情况。九课通过酒吧线人将情况透露给媒体。警视总监大堂就此召开记者招待会，而他在笑脸男人事发时正是新滨县警本部部长。大堂将责任推给丹生，这是坐在大堂身旁的一位高级警员突然被黑客入侵，笑脸男人事件再次上演，通过他，笑脸男人发出警告：若大堂不能在三日后的同学会上承认自己的罪行，他便会有性命之虞。

内务大臣要求荒卷与警方保持统一步调，要懂得适可而止。荒卷推测这次发生的笑脸男人事件是警视厅自导自演的丑剧，并对此展开调查。警方认为最有嫌疑者是一名中年男性，名叫七尾荣，他早年参加革命运动，之后进入Serano公司，使公司生产线的主要设计者，但之后公司为了独占权益，以其早年污点为理由将其解雇。警方已对其秘密监视三个月。九课一面监视七尾，一面调查其他情况。素子回顾了六年前的笑脸男人事件：Serano董事长遭绑架，一开始被索要巨额赎金，但之后联络中断，两日后他和笑脸男人在一档街头直播节目中出现，嫌犯用枪抵住他的头让他说出什么，但他拒绝了，之后嫌犯逃走，但由于嫌犯对目击者和监视器进行了网络入侵，目击者仅仅记住了一个笑脸男人的标志。之后Serano公司遭恐吓，有人声称在其生产线中注入了病毒，导致其股票崩盘。其后又有六家企业遭相同手段恐吓，三个月后政府决定向受害企业注资，笑脸男人也于此时销声匿迹了。

七尾被杀人灭口，杀手也拥有光学迷彩且与七尾认识。大堂发表演讲前一名保镖病毒发作，但被合力制服。素子连接此人电子脑追查病毒时遭攻击性防壁攻击，所幸有惊无险，素子感到有人在窥探该人的电子脑。巴特发现七尾已被灭口。素子以为丑剧到此结束时，会场内又出现混乱，不断有人声称是笑脸男人并攻击大堂，控制局势后，受伤的大堂被送往医院。博马对病毒进行分析后发现该病毒只会攻击特定警卫，之后出现的情况似乎另有隐情。经调查发现那些攻击者被之前的暗杀预告唆使。警方事后宣布这是一起由七尾荣制造的病毒引发的群体电子脑污染，而七尾死于犯罪集团内部争斗。大堂住院后被劝提前退休。

杰诺马革命军事顾问马鲁塞罗是一位传奇英雄（也是南美毒品王），历经多次暗杀而不死。由于他周期性的出入日本，而外事情报部门又无法掌握他的行踪，于是九课奉命对其监视并调查出入境原因。陀古萨跟踪他到了新滨酒店（New Port Hotel），九课对其活动进行监视时发现他正与红鳞会干部、中心成员之一权藤接触，后者控制着日本电子脑毒品交易。此时发生意外，新滨县警察突然突击搜查，并与权藤的保镖发生冲突，双方互有伤亡，为了防止马鲁塞罗被捕并引发外交纠纷，荒卷指示九课成员协助其逃跑，素子突入，混乱中权藤带着马鲁塞罗从暗道逃离。陀古萨驾车跟踪，但被察觉，对方换车逃走，但被博马等人重新盯住。同时通过资料分析，九课锁定一大型仓库为其落脚地点。通过侦查果然发现两人进入仓库。

素子的一个护士朋友告诉她一个情况：在她工作的医院器官有偿提供出现了问题，卖方称不曾出售过心脏，而调查此事的警察也遭意外。荒卷命令她去拜访相关公司并调查钱的流动，因为这可能涉及最近的黑帮集体绑架、贩卖人体器官事件。在美特克公司素子等人见到了改装成机器人模样的岩崎董事长。通过调查发现资料有外部篡改的迹象。素子、陀古萨去遭意外住院的警察处了解情况，结果正碰上两名青年在那人的病房中动手脚，陀古萨向嫌犯的汽车上发射了定位器，并展开追捕。经调查嫌犯是医学院学生。逃跑中的学生很紧张，担心是遭黑帮报复，因为他们将义体化手术后废弃的器官保存下来重新编号后贩卖，这破坏了器官贩卖者的利益。素子指示可以给三个年轻人一个教训。巴特等人恐吓了三人，其中一人逃走，素子亲自出马故意装成黑帮成员让那个学生感到彻底的恐惧，使其不敢再犯。之后移交地方警察。

在聊天室中笑脸男人迷们讨论着最近出现的事件与六年前事件的关系。素子也加入以寻找有价值的情报。一名男子讲出警方事后发表的声明是谎言，并提供另一条情报：他潜入过七尾的一个数据库，发现许多利用迟效分割性病毒作案的计划，但却没有这次的暗杀大堂计划，他推测七尾也是众多模仿者中的一位。他猜测这是一个写好的剧本，素子为阻止他讲出机密情况对其进行攻击，之后与之单独对话。

城市中连续发生恶性杀人事件，死者上半身被剥去T-shirt 形皮肤。巴特对此做出奇怪反映。美方提供一名嫌犯：退役士官马鲁科。但美方要求犯人落网后要秘密引渡美方，所以此事交由九课处理。荒卷将两名CIA探员佐藤、渡边介绍给众人。鉴于巴特的强烈情绪，素子要求陀古萨随时准备制止他的过激行为。经过交涉，警方答应不再介入。地摊上发现正在出售的犯罪现场录像，众人为之震惊时渡边表现得仿佛早有预感。看了惨不忍睹的录像，巴特表示这才是罪犯的目的，并称他早年随特种部队在南美作战时曾与这种行为有过接触。

陀古萨被派往司法事务省管辖的电子脑自闭症救济所进行秘密调查，因为此前一周有人从此处对厚生省数据库进行了大规模黑客攻击，但正常情况下那儿是无法连上外部网络的，而且厚生省的反应耐人寻味，虽然机密被非法接触却没有就此事发表声明。陀古萨伪装成实习生，所长马鲁塔带他在院内参观，这儿的不少患者在电脑技术方面表现出惊人的水平，该机构利用这一特点让患者编写防壁。所长将一个叫葵的少年交由陀古萨负责。从孩子们口中陀古萨得知一个绰号“团长”的人又来到了这里。

一台塔奇克马离开总部在街上闲逛，遇到一个寻找宠物狗Locky的女孩，塔奇克马答应陪她去找。一名少年在高处俯瞰这一幕。塔奇克马在地摊上找到一个电子装置并与之连接，发现里面竟然有Ghost存在。这时巡警过来询问女孩为何一人在此处，女孩很紧张，于是塔奇克马伪装成在战争中受伤被迫以机械取代身体的女孩的父亲并用长辈的语气训得两名巡警落荒而逃。女孩与之建立友谊。少年继续监视着一切。

16年前被极端团体兴国旅团绑架的户久良电子公司社长之女重新出现，海上保安厅在距冲绳岛200海里的一个废弃的海上工厂中发现了她与一群兴国旅团成员在一起，相貌非常接近当年，DNA结果也符合本人。但不久先遣侦查的SST成员与基地失去联系。

夜色中一个带着仇恨目光的女子进入新滨市。根据河南省公安的情报，九课包围了一座建筑物，素子伪装成清洁工进入屋内，之后其他人也突入，准备逮捕这几名预谋袭击金融机关的河南省暴力集团成员。不料嫌犯中混有一架先攻型机器人，素子被扔进垃圾堆，巴特制服机器人后见到素子的狼狈样。九课发现这伙人的作案计划中包含一个个人投资者的情报——横濑兼元，数学家、股市大鳄、黄金收集者，也是一个很少露面的人物。同时河南方面提供一条情报：暴力集团曾雇用杀手。之前的那伙人也许只是诱饵。于是九课开始对横濑进行保护。这名杀手名叫菲姆，左手内加装了枪支。她与九课成员先后到达横濑的豪宅，但那儿没有仆人，只有机器侍者和机器狗。素子赶在菲姆动手前制服了她，后援赶到后意外地发现横濑已死去三四个月了，只是死前预设了交易程序，所以在市场上还可看到他的身影。面对满屋的黄金和死者枯朽的尸体，众人不禁感叹。

齐藤在测试新狙击系统时感到机器对义体化较低的自己的发挥有干扰。由于塔奇克马的AI过度发展，少佐找人研究对策。而塔奇克马们则偷偷与那台狙击辅助设备连接，发现它是想消除来自齐藤的影响，致使无法把自己的想法表达出来。塔奇克马们开会讨论素子最近对它们的态度，认为这样下去它们可能被送回实验室，并由之谈到生与死的关系，又谈起美纪（那个找Locky的女孩），并谈起当时的监视者可能是素子的义体。塔奇克马们发现尽管所有经验都被共享，但似乎还是有个体差异存在，比如巴特的专用机总能意识到自己就是专用机。

唱着民谣的塔奇克马们被卸下装备送往实验室，巴特为此闷闷不乐。巴特奉命去调查一起间谍案，以航空队员身份混入军事基地，调查对象柴契夫是前拳击冠军，如今的格斗教官，巴特与之较量，给他留下深刻印象，但最后巴特故意败下阵来并向他讨教，柴契夫很欣赏巴特，邀请他到家中。在那儿，柴契夫回忆唯一的一次拿银牌的比赛改变了他的人生，从此他再未参加比赛。这时有人找他于是谈话结束。次日柴契夫在基地办公室内伺机盗取了情报，巴特则趁他不在自己办公室的机会潜入观察到他的盗取行为，但巴特的监视行为被察觉，柴契夫返回，所幸巴特及时隐藏了起来。

刚刚参加完国际反恐怖会议的荒卷和素子在伦敦街头，荒卷要去看望一位做葡萄酒贮藏生意的好友，素子则得到两小时活动时间。在交谈中女友告诉荒卷银行上层官员可能在为黑社会洗钱，即通过将黑钱换成葡萄酒，待升值后再出售，她还反映应该存在着中间人。但荒卷表示不便因私人交情而越权，于是两人开始回忆往事。不料这时两名男子闯入已下班的银行，打晕了仅有的一名值班老人，并制服了荒卷和女子。男子告知他们是准备脱离黑社会团体的人，此行目的在于寻找团伙秘密交易的情报，日后以此作为脱离团伙的筹码。但在操作中触发了信号发射装置，银行方面发现了非法入侵。为了不使秘密资料外泄，银行找到了中间人——一名高级警官，让他摆平此事。突击队很快包围了大厦。屋内的女子对警方如此迅速赶到诧异，因为一般情况下英国银行并不信任警方，发现问题往往先找保安公司处理。

中国外交部金副部长访问日本，并将进行意义重大的扫墓活动。有人发出暗杀预告，九课奉命挫败阴谋。荒卷忙里偷闲参加辻崎（前殿田塾三羽鸦之首，另两人就是荒卷和久保田）的七周年忌，在那儿遇见辻崎的女儿沙织，她告诉荒卷近来弟弟变得越来越像死去的父亲，对军事产生浓厚兴趣并投入大量精力，暗中与一个神秘人物频频往来还受到从国外寄来的邮包。她请求荒卷帮她查明真相，但荒卷不愿因私交而滥用职权。另一方面九课成员推测最有效的暗杀手段是狙击，从这个角度出发果然查出最近有一支狙击枪被拆分后寄入日本，通过调阅监视系统数据找到收件人的相貌，荒卷返回后发现这就是辻崎的儿子勇。九课立刻赶往辻崎家中，但勇已不知去向，在房内发现了一枚狙击子弹证实了勇就是暗杀执行者。经调查发现勇多次使用辻崎当年留下的数据库，沙织也反映在勇16岁生日那天他意外地收到父亲当年使用过的移动终端，数据库的密码恐怕就在那里。由于没有密码，石川等人只得开始破解坚固的防壁。

繁华街头女子接连神秘失踪，从手法上看是“蒙眼的伊万”（俄国北方黑社会，被俄国政府默许存在）所为，但最近一名被绑者竟是前总理神崎的女儿，而他是一名否认北方黑社会存在的政治人物，这样的情况让人费解。为了不损害日俄关系和自己的政治生涯，神崎一贯表示不存在北方黑社会，所以对调查持不配合态度。荒卷分析如今绑架者可能不清楚被绑者的身份，为了防止黑社会底层在不知情的状况下绑架了她一旦知道闯下大祸可能在惊慌中杀死被绑者潜逃的情况发生，荒卷指示对媒体进行严格的管制，不要透露被绑者的身份。

一天夜里，一名清洁工将厚生省资料库中的一份文件混在垃圾中带出，并放在街边一角，但似乎她自己并不知道为什么要这样做。不久，一名男子取走了文件。九课正对一名女子的记忆进行分析，证实她并未在七尾荣案件证人记忆遭覆盖一事上撒谎，但也表明厚生省高层对此作出过干预，因为记忆表明该女子是在得到高层命令后才执行覆盖任务。加上之前救济机构对厚生省数据库的攻击事件，陀古萨认为厚生省中存在有关笑脸男人事件的重要情报，但石川等人多次潜入数据库，并未发现有价值的资料。晚上回到家，陀古萨抽空看了《麦田里的守望者》，发现神秘男子留下的“Or should I？”并非出自原文。

少佐、荒卷赶到急诊室，陀古萨让他们读取他的记忆。九课分析记忆之后决定调查今来栖，荒卷前往厚生省调查强制介入队出动原因，新见称因为向日葵协会从事毒品交易十分狡猾，为了不让他们事先获知情报才直接动用介入队。荒卷警告说，昨天有九课的成员在场，对方心中一惊，通知介入队加紧行动，此时介入队已在今来栖家中，但他已经不知所踪。九课赶到今来栖家时只看见一片废墟，但从现场情况九课判断今来栖已经出逃。为了找到他，荒卷向外务省提出申请，得到批准后石川开始使用美帝提供的全球卫星侦听系统侦听全日本的通话。

九课成员进驻劳动厚生省，逮捕了新见并开始搜查活动。荒卷独自返回，在电梯中，神崎议员故意走近，暗示执政党药岛干事长是幕后黑手，并让荒卷注意自保。到医院探视的巴特将青年给他的那份材料交由陀古萨保管。在总部地下停车场中，荒卷被一名记者拦住询问对于他的哥哥荒卷洋介因涉嫌贩毒被捕一事有何看法，并出示了一张洋介的照片。荒卷立刻赶往记者所说洋介目前所在地——警方医院进行确认，但值班警员称已得到命令，禁止任何人前往探视。于是荒卷找到了照片上的地点——招慰难民居住区。在那儿，一个老人错将课长认作洋介，另一人则问课长是否是洋介的弟弟，课长向他们了解洋介被捕的详情，他们带他进入室内详谈，告诉他洋介是难民的领袖，给他们带来了秩序，却不知何故在昨天被警方逮捕，他们出示了一张光盘，里面有警方进行栽赃的记录。

由于新见的自杀，调查无法继续沿着这一线索继续进行。荒卷命令直接调查现任联合执政党干事长药岛薰议员，他是笑脸男人事件发生时的厚生大臣且与海上自卫队关系密切，因为他曾出任海上自卫队幕僚长，且在此期间涉嫌盗用资金，但负责调查的检察官死于非命，此时最终不了了之。他也是今来栖的高尔夫球友、大堂的学长。为了调查荒卷决定询问Serano董事长濑良野，他自从被绑架后一直受到严密保卫，甚至应该说是软禁。为了防止濑良野再被灭口，荒卷下令可以不择手段。早晨，笑脸男人来到今来栖卧室中要求他兑现六年前的承诺，两人一同来到正门，坐上前来迎接的专车，但由于警卫的视觉都被入侵，大家只看到濑良野一人。路上又用黑客手段甩掉了跟踪的车辆。这时，荒卷带人来到濑良野住处，却发现他已离去，他们将异常反映给警卫：濑良野比平时早了两小时上班。之后读取了警卫眼中Intercepter存储的数据，发现了笑脸男人，但电子脑中没有得到相关数据。警卫立刻开始寻找专车。

荒卷和陀古萨前往首相官邸送交材料，但上车后内务大臣打来电话告诉荒卷快看新闻，在新闻中他们看到少佐伪装的笑脸男人与濑良野会面的场景被偷拍了下来，如今正在各电视台播放，媒体被猜测为笑脸男人的幕后策划者。针对九课丑闻的临时内阁会议也在召开。荒卷让下属不要惊慌，之后赶往首相官邸。临时会议上药岛一派提出应撤消九课，虽然内务大臣为其辩护但寡不敌众，总理正在为难突闻荒卷来访，于是两人面谈。总理看了证明药岛干事长违法行为的资料后承诺会在适当的时机处理药岛，但由于大选在即，此时不宜动手。之后他告诉荒卷“特殊部队法案”将要通过，九课会被取缔，荒卷愤怒地质问怎能抛弃他，总理告诉他并未被抛弃，并承诺将来仍将启用他“只要你在，部队就可以重建。”

荒卷在路边等到法务部长的专车，在车内请求能否保住成员，但部长表示难以说服总理，因为总理的剧本是平静地度过大选，之后扳倒药岛，九课成员的生死并不在他的视野中。法务部长说检察院也想起诉药岛，荒卷将证据给了他一份。齐藤被抓获，石川在游戏室进行“种子”散布，离开时也被抓获。三台塔奇克马不约而同回到九课大楼，相约去救巴特。晚上巴特来到素子的一处隐蔽住处，但这里也被发现，巴特取回了素子留在这里的手表。

素子在网络中与青年进行对话，青年对其表示感谢。赋闲在家已有三个月的陀古萨回忆着课长在九课成立时说过的话：“我们之间不存在团队合作这种说法，需要的只有基于个人表现的团队默契。”他在想难道课长真的抛弃了他们？他被逮捕之后再也没见过课长和队友，拘留十五天后又被莫名其妙地释放，之后一直在家等待消息，他也不断查找这期间发生了什么，但无法找到满意的答案，从媒体上了解到石川、齐藤、巴特、帕兹、博马已被逮捕，但没有荒卷的下落，而且他得知素子已经死亡。这三个月来他忍受着痛苦还得在家人面前装出一副失业老公的样子。