鲁路修（zero）在山洞中被朱雀抓住并被献给不列颠国王查尔斯·D·不列颠（鲁路修的父亲），查尔斯使用geass消除了鲁路修有关zero的记忆，并在身边安排了人员监视鲁路修（zero宣布已死）；鲁路修在恐怖袭击时由C.C的一吻解开了封印的记忆……

鲁路修用巧妙的战术打败了东京租借监督，并在中华联邦的大使馆（这是已经换成了C.C，鲁路修已经返回了学院）向不列颠宣布日本独立计划，罗洛（安排的监视人员，虚拟的弟弟）赶到中华联邦要来杀敌zero。

罗洛接到鲁路修在学院打到的电话，便返回了学院，鲁路修为了娜娜莉的安危必须继续隐藏恢复记忆的事，这时吉尔伯特向zero宣布，如过zero在明天不来这，就把黑暗骑士团的人质处死，鲁路修想先向罗洛下手，结果被罗洛反擒，鲁于是答应罗洛帮助他抓住C.C，罗洛决定暂时放了鲁路修。

鲁路修孤身出现在出现场上，利用地形将不里塔尼亚军阵型彻底打乱，当马上既要救出所有人质时，罗洛驾驶着文森特孤身突入，鲁路修运用苦肉计收服了罗洛，最后一幕朱雀出现在阿修弗德学院前......

鲁路修重新取得了黑色骑士团的信任..转阿修弗德学院内朱雀转到了鲁路修的班级，11区政厅内到来了两位圆桌骑士分别是第三骑士基诺和第六骑士阿尼亚朱雀把这两人叫来做援军准备在欢迎会上试探鲁路修记忆是否恢复.....晚会上鲁路修和朱雀在屋顶相遇朱雀让鲁路修于11区新总督对话但从电话里传来的声音是........

当鲁路修将要暴露的时候罗洛出现使用geass帮助鲁路修瞒了过去，鲁路修在太平洋上奇袭总督护卫舰这把将娜娜莉夺回，当即将成功时吉尔福德的率领近卫队前来援助，就连发现事情不对的朱雀也带领两位圆桌骑士前来支援......在旗舰内娜娜莉对zero说出了自己真正的愿望......

计划失败后的鲁路修为了娜娜莉的理想决定舍弃黑色骑士团，娜娜莉在继任仪式上是说出了想要重建特区日本的想法。当黑色骑士团即将全灭时鲁路修重拾那以被遗弃的假面并却决定黑色骑士团全体加入特区日本。

在加入特区前zero和朱雀他们进行密谈准备动用100万人加入要求是放过自己.....转会场上烟雾弥漫散去后会场上的100万人全部。

zero带着100万人逃亡到中华联邦提供的蓬莱岛上，这是传来了中华联邦的天子和布里塔尼亚大皇子联姻的消息，婚礼上星刻前来阻止婚礼的进行中途zero出现。

zero成功夺取天子后撤退的路上遇到到了星刻驾驶的神虎，红莲与之交战中电车电力用尽被俘，zero遭星刻追击退入帝天八十八陵，这时大宦官对星刻的部队开火。

当星刻面临绝望的时刻鲁路修回应了星刻想要就天子的愿望使用蜃气楼救下了星刻，这时整个中华联邦却出现了叛乱。

会长为了庆祝自己毕业举行了庆典，鲁路修和咲世子兑换身份和会长玩起了游戏，当Orange进行geass清除时刚好清除了夏莉的geass。

恢复记忆后的夏利陷入迷茫，Orange正式投靠鲁路修，但夏利却因geass身亡，因此鲁路修决定是…

命运多次被geass改变了的夏莉, 因为Geass惨死. 在她死后伤心欲绝的鲁路修, 发誓要铲平那个研究Geass的团体---Geass教团，有了罗洛和Orange提供的情报，鲁路修找到了教团总部的所在, 带领著黑骑士团冲进去,在门口等待的是教团的少年领导, 和C.C同样拥有不死能力的V.V, 帝国皇帝的哥哥。

在和皇帝对决时, 鲁路修被送到了C的世界. 他必须要和拥有着神秘能力的敌人战斗，当鲁路修绝望的时候, 那个出现在他面前的人是…

建立一个超合众国来对于布里塔尼亚的目标终于实现了, 47个国家合幷到了一起, 以日本合众国和中华合众国为首. 世界被分成两部分, 布里塔尼亚和超合众国, 世界的政治形式将进入一个新的时代。

在11区, 一场黑骑士团与帝国最强的军队之间的战役将要开始。同时, 为了娜娜莉, 鲁路修向枢木家的神社走去, 朱雀在那儿等候。他们的见面酝酿着种种想法, 他们的命运将在何方? 鲁路修和朱雀决定再次联手时却…

在混乱的战争中，娜娜莉被“爱之女神”的炮弹炸中身亡（没有身亡，鲁路修以为身亡了），鲁路修悲痛欲绝。

修乃泽尔亲自前往黑色骑士团说明了zero就是鲁路修以及geass和黑色骑士团的事，鲁路修在在斑鸠内被扇要、藤堂等骑士团的残党所包围，同是帝国剩余圆桌骑士亦出现在鲁路修面前，危难之时罗洛现身使用了众多次GEASS帮助鲁路修逃生最终身亡。

玛丽安娜在阿妮亚体内醒来唤醒了C.C.的记忆，朱雀认为皇帝已失去作为王者的资格而去刺杀皇帝，鲁路修决定去往黄昏神殿与皇帝同归于尽，在布里塔尼亚军中制造了混乱。

在C的世界中鲁路修了解了九年前的真相以及玛丽安娜和皇帝的愿望，鲁路修否定了这愿望并强行命令C的世界停下，在此鲁路修真正的力量觉醒，皇帝与玛丽安娜被C的世界吞噬。

鲁路修继任布里塔尼亚皇帝后完全的重组了布里塔尼亚，朱雀击败来犯的4名圆桌骑士。鲁路修决定加入超合众国，在阿修弗德学院内将超合众国全体要员作为人质要求，同时修乃泽尔启动了达摩克里斯并否定鲁路修作为皇帝，而修乃泽尔口中更适合的人选竟是娜娜莉。

修乃泽尔利用黑色骑士团与鲁路修在11区进行了大规模交战，交战中鲁路修败退，鲁路修使用地下资源樱石将战局拉了回来，这时达摩克里斯向鲁路修军不断投放Fleija。

激战中星刻突入了Avalon，鲁路修和朱雀利用妮娜制造的Freyja(爱之女神）武器成功进入达摩克里斯的内部，但却遭遇了在达摩克里斯中等待着他们的基诺。卡莲与朱雀激战，鲁路修处于无奈，对手里拿着freyja控制器却被修奈泽鲁误导了的娜娜莉使用了geass。

鲁路修把自己变成了人民的公敌，然后让朱雀杀死自己从而打造了一个全新的世界，这就是零之镇魂曲。人们过着幸福的生活，娜娜莉也最终理解了鲁路修，新的世界走向未来。