可尔妮接受超进化大叔给予的新试炼“强力的波导控制课题”，和小智一行人前往慕斯顿山，拜访某位超进化神奇宝贝的训练家。为了走近路，大家穿越黑漆漆的山洞。火箭队一路跟着他们，造成了洞窟的神奇宝贝大混乱，想办法逃出的小智和同伴们走散了，这下可糟糕了……