FAF宇宙防卫军团所属的巨型核动力空母“Banshee”IV号机遭到JAM侵染后失控，将所有返航的己方战机击落，并向基地袭来。SAF命令零驾驶雪风将程序员汤姆上尉送上Banshee，试图夺回这个庞然大物。降落到Banshee后，两人随即展开行动。随着调查的深入，零遇到了一系列怪事，更惊恐地发现：JAM竟在复制舰上的人员！阴谋初露端倪，JAM正在利用复制人逐步渗透瓦解FAF，直到有一天彻底从内部颠覆人类！了解到相关情况的FAF决定击毁BansheeIV，零和汤姆被要求立即撤离。将零送上雪风后，汤姆坦言自己正是一个JAM的复制人并从容赴死，留下万分惊愕的零独自驾机返航。汤姆死前喃喃自语：“我…是个人类吧。”降落后，零蜷缩在坐舱里开始深思