2100年人类灭亡。无数的七彩光霞，闪耀漂浮在无重力的空间——“知识之箱”。杜娅尔和多萝茜，两人在那里与敌人战斗。敌人就是，侵蚀这个世界的存在——病毒。被病毒污染的世界只有被消灭的命运。而这，就是她们的使命。在“知识之箱”里，地球上的所有时代和各种各样的地方都记录（备份）着。一直在收集那些数据的存在正是“母亲”。“ViOS”是掌管这个世界的系统中的动态环境管理程序。在人类灭亡的世界中，“母亲”一直在收集着数据。在某个时刻，杜娅尔和多萝茜救出一位被病毒袭击的少女。这个自称“莉莫”的少女的记忆几乎都丧失了。杜娅尔和多萝茜开始围绕着“知识之箱”，探寻“莉莫”的真实面目。“母亲”的本意是什么、病毒为什么会发生、莉莫的真面目又是什么。——在旅途的尽头，少女们将目击到事情的真相。