身体机械化的“扩张者”与有着一般肉体的人类共同生活在社会之中。而乾十三则是以解决扩张者引发的问题的职业「处理屋」维生。有一天，一个全身扩张者的壮汉出现在十三面前，并委托十三保护一名少年。然而，在十三在接下委托之后，突然有一位修女出现在他眼前。修女表示少年是被人从孤儿院诱拐出去的，并要求十三将少年交给她，然而……