《高校舰队 剧场版》是由A-1Pictures制作，中川淳执导，鈴木貴昭、岡田邦彦负责脚本的剧场版动画，于2020年1月18日上映。距今100年前，在日俄战争后，日本因为过度开采甲烷水合物导致海平面上升及板块位移使得多数的国土沉入海中，并造成海上都市的增加。而海上都市不断增加的结果就是使海上交通的流量增大并威胁海的安全。为了守护海洋，发展了特别由女性所担当的“蓝色人鱼”这个职业，并成为大多数的女学生憧憬的目标。而来自长野县的岬明乃与知名萌香，为了想要成为“蓝色人鱼”，进入了横须贺市中专门培养蓝色人鱼的海洋高中就读。