关东多地开始发生怪异现象，推测是由无明领域中扩散出的金属离子所造成。无明领域还在持续扩大，赤司依然行踪不明。剩下的岩户等人，被称作“神隐之子”，他们都是十年前从无明领域中平安生还的奇迹儿童。1X召集他们的原因渐渐明朗，真亚梦为了实现艾米露的愿望，决心搭乘二号机“SABLE”。