初中2年级的早濑真理，对3年前失踪的科学家父亲·永司的事情在意着。真理的脖子上，吊着从永司那里得到的挂坠——浑仪罗盘。某天，真理在好朋友水城和花的哥哥·旬的房间里发现了曾在永司的研究室见到的名为《磁石与电的发明发现物语》的书。一打开那本书，浑仪罗盘便激烈地旋转，真理被溢出的波纹包围，竟在和花的眼前消失了。