近未来日本首都，新埼玉。超高层霓虹灯街道中高耸入云的丸之内超级高层大厦。被卷入邪恶忍者组织“总会集团”的抗争而身负濒死重伤的藤木户健二，遭到前来抹杀事件目击者的嗜血忍者们的追杀。此时，由于突然被邪恶的忍者灵魂附身，藤木户从死亡深渊中被唤回！“你好，我是忍者杀手……！”寿司！空手道！忍者！毫不留情的死斗！忍者杀手的复仇之战开幕了……！