被总会屋派来的杀手追杀，度过着逃亡生活的矢本小季，在流落的教会中与自称为“灭绝者”的恐怖忍者相遇了。问过之后，发现他几乎没有到这里来之前的记忆。事实上他是在老元手下工作的疯狂科学家“李医师”制造出来的僵尸忍者，后来觉醒了自我，从李医师的实验室逃走了。矢本和灭绝者在教会获得了喘息之机，此时李医师的助手吹雪·纳哈塔所制造的最新生化忍者“巨蝎”，以及追杀矢本而来的总会屋刺客“投弹者”，两名刺客被送来了！南无阿弥陀佛！决定并肩作战的矢本和灭绝者的命运究竟如何！？