椚丘中学3年E班，是一间暗杀教室，而这里的班主任正是炸掉了月球，并扬言明年3月要将地球也炸掉的超生物“杀老师”！ 政府委托E班全员暗杀杀老师，成功的报酬是100亿日元。于是各路同学想尽办法在保密的情况下进行暗杀老师的计划，这场教师与学生之间的非日常学园生活开始了……