映着朝霞的海面上，漂浮着装有炸弹的神秘可疑船只。那艘船是一切的开端。京都舞鹤港海域。海上自卫队举行宝贵的宙斯盾舰航海体验。柯南、小兰、小五郎、少年侦探团一行人享受着用电子武装的高科技军舰施展的大震撼力。然而突然，响起轰鸣声，舰内空气流动不稳。不久，发现了没有左臂的遗体。那里，留下了一些疑点。着手调查的柯南，得知舰上乘上了某国的间谍“X”。这次航海中，隐藏着远超想象的足以颠覆整个日本的巨大阴谋。