某个漆黑之夜，日本警察内部遭间谍侵入。英国的MI6（军情六处）、德国的BND（德国联邦情报局）、美国的CIA（美国中央情报局）等各国情报机关，甚至FBI的机密数据都被窃取。千钧一发之际，安室透率领公安警察及时赶到。间谍夺车而逃。安室与其在高速公路上进行了激烈追逐，就在其它车辆也将被牵连其中而酿成惨案的瞬间，间谍的车被FBI赤井秀一的步枪子弹击中，从公路上坠下。第二天，柯南一行人到东都水族馆游玩。刚刚翻新的水族馆盛况空前。在其特色卖点巨大摩天轮之下，柯南发现了一名独自站在那里的外表端庄秀丽的受伤女子。定睛一看，她左右眼虹膜的颜色是不同的，即俗称的“双色瞳”。可是，女子已是连自己的名字也不记得的失忆状态，所带的手机也已损坏。柯南等人商定帮助她找回记忆，就这样与她一同行动。而这被贝尔摩德在暗中从头至尾监视着。随后贝尔摩德拿出了消音器，对着身上的通信器说道，“计划很顺利哦，琴酒。”