1999年。在世纪末的这年，于世间引发大骚动的大怪盗。其名为“怪盗基德”。基德发出了要偷取帝国彩蛋的预告函。柯南去大阪追逐基德。那里除基德外还有一个人瞄准了蛋。基德用魔术玩弄警察于股掌之间。基德在解开预告函的柯南和平次两个人面前，悠然地偷走了彩蛋。就在柯南追击基德之时，响起了枪声。柯南在一探究竟前，发现了映出的古堡。可是，当晚，发生了杀人案件。柯南等人来到古堡。但在城堡中发生了新的杀人案件。少年侦探团秘密潜入城中。