春天，樱花的季节。东京、大阪、京都的5名男子遭到杀害。5人是屡次盗窃佛像、美术品的“盗贼团·源氏萤”的成员，相互以义经和他的随从的名字称呼。警视厅的目暮警部一行人、大阪府警大泷警部、京都府警绫小路警部开始联合调查。与此同时，小五郎接到某个寺院的委托，与柯南等人一同到达了京都。东、西名侦探柯南、平次，齐心协力化解挑战。