神秘的敌人光柱“皮拉”突然出现在世界上，为了击退敌人，神将战斗少女“女武神”交付给了人类。五年后，世界各地对抗光柱的战争依旧持续着，一名女武神被转调往了日本馆山基地。她就是世上仅有9人的菁英女武神之一，克劳迪娅.布拉福德。一本正经的她，在超乎常理的馆山基地与其他三名问题战斗少女相遇，却无法掩饰内心的不知所措。