在突然出现的人类之敌——魔甲虫的威胁下被驱逐到空中的人类，其间诞生了以魔力与之对抗的“空战魔导士”。在空战魔导士的育成机关、学园浮游都市“密斯特岗”就读的彼方·英司，曾经是S128特务小队的前王牌，却也是被刻上“背叛者”烙印的学园中最不受欢迎的人。他所接到的任务是，担任美空、蕾克蒂、莉子她们所属的连战连败学园最弱“吊车尾小队”的指导教官！