弘濑琢磨这名少年自年幼时与母亲死别以来，内心即产生了极大的创伤。为了疗愈伤痛，他转学到充满着大自然环境的乡下学校，并在此遇见了三名少女。非常排斥与他人接触的“小日向早美”，喜欢帮助他人的“神乐日向”，以及自称是“时之音精灵”的“音羽”。琢磨虽然试着想融入新的学校，但在这个小小的社会中却有个他所不知道的秘密。