小智一行人在结束了波尼岛的自由研究之后乘船返回了美乐美乐岛。然而却有一个不明的生命体(美录坦)跟着他们上了船。等到他们抵达港口的时候，那些美录坦就开始恶作剧。最终连小次郎放在火箭队的秘密基地的收藏品、学生们的工具还有宝可梦学校都被它吃掉。