有一天，小智听说了附近有一个俗称“宝岛”的小岛后，便和皮卡丘一起前往小岛探险。难得拥有了和皮卡丘两人共处的时间，小智和皮卡丘的牵绊也进一步加深了。在黄昏的时候，出现了悬浮在空中闪耀着光芒的宝可梦！？