今天是宝可梦学校的学生们留宿学习的日子。在辉克拉尼天文台，观察着流星宝可梦小陨星。之后，小智等人遇到了一颗偶然陨落到地面的小陨星。这是一只能和小智等人友好相处的小陨星，实际上小陨星宝可梦有着一个秘密…