有一天早上，小智发现库库伊博士和芭内特博士一直没有精神。阿罗拉地区少有的阴天下，小智来到了宝可梦学校，在和同学们交谈时，听闻大家的父母也都没有精神。为了调查这个谜团，究极防卫队出动了。那里有新的成员出现！？