某个海域上航行的船只遭到了海盗船模样的幽灵船袭击。宇宙警备队在海上、海底开始了调查。勇太郎在海底发现了一艘古沉船，在那里遇到了船长·摩根的幽灵，摩根告诉他自己是无辜的。在海上调查的天野博士和国枝医生遇到了幽灵船，发现那是三兽合体魔王的手下为了制造机械兽而收集船只材料的伪装船。勇太郎及时赶到，变身终极旋风火鸟号将其敌人打败。